Une génomique avancée pour l'élevage, la santé et le bien-être du bétail
L'Europe abrite une grande proportion des principaux organismes d'élevage du monde. Les recherches menées par le projet QUANTOMICS, financé par l'UE, aident ces éleveurs à rester compétitifs sur les marchés mondiaux. «L'amélioration des animaux par l'élevage sélectif est un processus continu qui apporte des améliorations permanentes et cumulatives de la performance de l'élevage», explique Chris Warkup, directeur du Biosciences Knowledge Transfert Network (KTN), un partenaire du projet. «Par exemple», dit-il, «nous obtenons aujourd'hui environ deux fois plus de viande maigre à partir d'une tonne de viande de porc que dans les années 1960. Ces améliorations de l'efficacité biologique se traduisent également par la réduction de l'empreinte environnementale par unité alimentaire produite. Au cours des 20 dernières années, le potentiel de réchauffement planétaire par oeuf ou par kilo de poulet a été réduit de plus de 20 pour cent, plus de 1 pour cent chaque année dans un processus qui se poursuit ». Le Biosciences KTN, appartenant à l'Institut Roslin de l'Université d'Édimbourg, coordonne le projet QUANTOMICS ('From Sequence to Consequence - Tools for the exploitation of livestock genomes'). Ce projet de 8,14 millions d'euros implique 17 groupes de recherche et entreprises et est co-financé par le septième programme-cadre de la Commission européenne. Son objectif est d'obtenir un changement radical dans la disponibilité des technologies de pointe et des outils pour l'exploitation économique des génomes des animaux d'élevage. Historiquement parlant, l'élevage du bétail était relativement simple car il se concentrait sur des caractéristiques facilement mesurables telles que le taux de production du lait de vache ou le taux de croissance des porcs et des poulets. Il est beaucoup plus complexe aujourd'hui car les éleveurs doivent tenir compte d'objectifs de sélection beaucoup plus équilibrés et durables incluant la santé et des caractéristiques de bien-être. Certaines de ces caractéristiques sont difficiles, voire impossibles à mesurer chez un jeune animal, là ou les décisions de sélection doivent être prises, et c'est justement pour ces caractéristiques que les outils de génétique moléculaire du genre de ceux développés par le projet QUANTOMICS sont les plus précieux. «Ce qui est inhabituel au sein du consortium QUANTOMICS est qu'il ne comprennent pas tous les suspects habituels», explique M. Warkup. «Nous avons recruté volontairement les meilleurs groupes européens sur certains aspects de génomique humaine ou animale, même s'ils n'avaient jamais encore travaillé sur la génomique des animaux d'élevage. Ça a été un réel plaisir de travailler avec un groupe de si grands scientifiques». Et les résultats sont impressionnants. QUANTOMICS a fourni de nouvelles informations biologiques de base sur les génomes de bovins et des poulets, y compris le séquençage du génome global de près de 20 taureaux. Des informations intéressantes sur les sections répétées du génome, appelées variations du nombre de copies, ont été obtenues mais selon M. Warkup: «Nous devons encore déterminer leur importance sur les variations des caractéristiques de santé et de productivité du bétail. Le projet a également fourni de nouveaux outils d'analyse et de visualisation bioinformatiques ainsi que de nouveaux outils d'analyse génétique moléculaire et quantitative déjà utilisés par les éleveurs. Le projet a appliqué ces nouveaux outils sur d'importantes caractéristiques de maladies chez les bovins laitiers et les poulets. Les résultats sont encore en cours d'analyse et de validation, selon l'équipe. Les partenaires du projet QUANTOMICS estiment que le réel avantage à long terme pour les citoyens de l'UE sera l'amélioration de la durabilité économique, environnementale et sociétale de la viande, du lait et des ufs. En appliquant les connaissances en séquençage d'ADN pour améliorer l'élevage, le projet contribue également à une meilleure protection des animaux et à une alimentation plus sûre, de qualité supérieure provenant de fermes européennes plus durables.Pour de plus amples informations, consulter: QUANTOMICS http://www.quantomics.eu/ The Roslin Institute http://www.roslin.ed.ac.uk/about-roslin/