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Cartographier le microbiome pour améliorer la quantité, la qualité et la sécurité alimentaires

Selon une récente étude, les aliments fermentés peuvent représenter une source importante de bactéries lactiques (LAB) probiotiques pour l’intestin humain.

Santé

Grâce à son rôle clé dans le développement, l’immunité et la nutrition, le microbiome, à savoir le matériel génétique de tous les micro-organismes vivant dans le corps humain, a fait l’objet de toutes les attentions ces dernière années. Le microbiome intestinal, et la façon dont il affecte la santé globale, est notamment devenu un sujet prisé par la recherche scientifique et médicale dans un contexte d’intérêt croissant pour les aliments fermentés en raison de leurs avantages décrits sur la santé de l’appareil digestif. La production d’aliments et de boissons fermentés s’accompagne d’une croissance microbienne contrôlée et d’une transformation de composants alimentaires par action enzymatique. La plupart des aliments fermentés tels que le yaourt, le kéfir, le kombucha et la choucroute contient des probiotiques. Selon une définition utilisée par l’Association scientifique internationale pour les probiotiques et les prébiotiques, il s’agit «de micro-organismes vivants qui, lorsqu’ils sont administrés en quantité suffisante, sont bénéfiques pour la santé de l’hôte». Les LAB sont indispensables pour produire des aliments fermentés. Plusieurs souches sont considérées comme probiotiques, les plus courantes appartenant au genre Lactobacillus. Combien de ces bactéries atteignent effectivement l’intestin et font partie du microbiome? Comme indiqué dans un article publié dans la revue «Nature Communications», une équipe de chercheurs, soutenue par le projet MASTER, financé par l’UE, a abordé cette question et a montré que «les aliments fermentés peuvent être considérés comme une source potentielle de LAB pour le microbiome intestinal». «Nous avons réalisé une méta-analyse à grande échelle sur les microbiomes provenant de sources alimentaires et de sites corporels humains. Nous avons étudié la prévalence et la diversité des espèces de LAB dans le microbiome humain et leur chevauchement avec les espèces et les souches présentes dans l’alimentation.» Comme décrit dans un article par l’organisme Teagasc – the Agriculture and Food Development Authority, coordinateur du projet MASTER, «les génomes des LAB sont reconstitués à partir d’environ 300 aliments et presque 10 000 échantillons fécaux humains provenant de différents continents, pour analyser la répartition des LAB chez les humains en fonction de leur origine géographique, de leur âge et de leur style de vie». Ce même article énonce: «On a retrouvé des LAB en quantité relativement faible dans les selles humaines et leur prévalence dépendait de l’âge, du mode de vie et de la géographie. Les LAB les plus fréquemment retrouvées dans les selles humaines sont Streptococcus thermophilus et Lactococcus lactis, qui sont souvent présentes dans les yaourts et le fromage.»

Bénéfiques pour la santé

Les chercheurs ont aussi comparé les séquences ADN d’environ 3 000 génomes de LAB «et les analyses ont montré qu’il existe un degré de similitude élevé entre les LAB provenant d’aliments et celles de l’intestin humain. Cette nouvelle découverte suggère que les aliments riches en LAB consommés peuvent enrichir notre intestin avec ces micro-organismes potentiellement probiotiques». Dans le même article, le professeur Danilo Ercolini, auteur principal de l’article paru dans la revue «Nature Communications», déclare: «Nos résultats confirment l’hypothèse selon laquelle l’alimentation est la principale source de LAB pour le microbiome intestinal. Cette recherche propose aussi des pistes et des méthodologies pour mettre en œuvre de nouvelles stratégies utiles pour suivre la vie des probiotiques et d’autres LAB alimentaires et/ou suppléments dans leur cheminement au sein du corps humain.» Il conclut: «Cette recherche ouvre de nouveaux horizons pour étudier les aliments qui favorisent potentiellement la santé.» Le projet MASTER (Microbiome Applications for Sustainable food systems through Technologies and EnteRprise) va être conduit jusqu’en janvier 2023. Comme le résume le site web du projet, il utilise des techniques d’extraction et développe des outils de gestion des mégadonnées «pour identifier les relations croisées entre les microbiomes des chaînes alimentaires, et génère, sur cette base, des applications qui favorisent la viabilité et la circularité, et qui contribuent à la gestion des déchets et à l’atténuation du changement climatique». Pour plus d’informations, veuillez consulter: site web du projet MASTER

Mots‑clés

MASTER, microbiome, alimentation fermentée, probiotique intestin

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