Des outils basés sur l’ADN pourraient révolutionner la surveillance de l’eau
La qualité de l’eau est essentielle à notre bien-être. L’état des écosystèmes aquatiques(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre), comme les rivières, les lacs et les eaux côtières, a un impact direct sur la santé humaine, le développement sociétal et la croissance économique. Après tout, notre existence même dépend de l’accès à une eau potable saine. Au cours des dernières décennies, la croissance économique et industrielle a exercé une forte pression sur nos ressources en eau et mené à un déclin général de sa qualité. L’évaluation de l’impact des activités humaines sur les écosystèmes aquatiques représente une étape majeure dans la capacité à mettre en place des mesures efficaces de protection et d’assainissement.
Des outils de surveillance de nouvelle génération
Les méthodes d’évaluation traditionnelles (étudier et inventorier la biodiversité, prendre des échantillons et identifier les organismes) peuvent s’avérer destructrices pour l’environnement. Les procédures actuelles ont également tendance à être laborieuses, coûteuses et lentes. «C’est pourquoi les outils d’identification basés sur l’ADN(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) pourraient réellement révolutionner le domaine de la surveillance biologique», remarque Alina Pawlowska, coordinatrice du projet AquaGen chez ID-Gene Ecodiagnostics(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre), en Suisse. «Ces outils rendent la détection des espèces cibles et l’inventaire de la biodiversité plus simples, plus rapides et plus économiques. Par exemple, il est désormais possible d’identifier l’ensemble des espèces halieutiques vivant dans un lac simplement en analysant l’ADN extrait de quelques litres d’eau.» Alina Pawlowska et son équipe ont compris que ces outils devaient être parfaitement accessibles et compréhensibles par les responsables environnementaux du secteur, afin de pouvoir exploiter pleinement les technologies basées sur l’ADN dans la surveillance environnementale. Le projet AquaGen entend y parvenir en mettant sur le marché une plateforme conviviale basée sur le Web. Cette plateforme associera des technologies de génomique environnementale et d’apprentissage automatique, dans le but d’estimer l’état écologique des écosystèmes aquatiques à partir d’échantillons extrêmement réduits. «Le projet a été inspiré par des échanges avec les responsables environnementaux», explique Alina Pawlowska. «Ces personnes étaient vraiment très intéressées par l’utilisation de nouveaux outils génomiques(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre), mais leur complexité les décourageait. Nous avons donc souhaité créer une plateforme facile d’utilisation et conçue de manière à ce que les résultats soient faciles à interpréter.»
Une future technologie verte
L’un des objectifs clés du projet financé par l’UE, qui a duré quatre mois, a été d’évaluer la faisabilité de la plateforme AquaGen d’un point de vue technique et commercial. «Les aspects technologiques ont été traités en collaboration avec plusieurs sociétés informatiques», ajoute Alina Pawlowska. «Cela a abouti à une spécification technique estimant les coûts, définissant un calendrier et identifiant des fournisseurs de services potentiels.» Concernant la commercialisation, le projet a permis l’organisation de plusieurs ateliers et séances d’encadrement. Ces derniers ont permis à la société d’identifier le modèle «logiciel en tant que service» (SaaS) comme étant la meilleure stratégie commerciale. Ce modèle est associé à des paiements réguliers et continus, en échange de l’utilisation d’une application. «Nos études de faisabilité ont également démontré que la création de la plateforme AquaGen était non seulement possible, mais que son coût ne serait pas excessif», affirme Alina Pawlowska. «La demande en matière d’outils innovants d’évaluation de l’impact environnemental est en augmentation.» Les études ont, par ailleurs, souligné l’importance d’adopter les nouvelles technologies basées sur l’ADN dans les réglementations environnementales européennes. «Nous croyons fermement que les outils génomiques sont les candidats parfaits pour devenir la technologie verte de choix dans l’évaluation des écosystèmes aquatiques européens», ajoute-t-elle. «Étant donné l’intérêt sociétal grandissant vis-à-vis de la santé environnementale, de la biodiversité et du développement durable, ces outils deviendront des éléments essentiels de la surveillance biologique environnementale à l’avenir. Les projets pionniers, comme AquaGen, seront au cœur du marché émergent de la surveillance biologique basée sur l’ADN.»
