Un diagnostic rapide et fiable sur site des infections du bétail
La production de viande (notamment de poulet) fait aujourd’hui appel à des technologies d’élevage intensif, qui entraînent des maladies virales et bactériennes fréquentes. Pour empêcher la mort précoce des animaux et favoriser leur croissance, le secteur de l’élevage de poulets utilise des antibiotiques. Compte tenu de l’émergence de la résistance aux antibiotiques et de la transmission de résidus d’antibiotiques à l’homme, le règlement européen sur les médicaments vétérinaires n’autorise pas l’utilisation systématique de médicaments antimicrobiens pour compenser une hygiène insuffisante ou une zootechnie inadéquate. Les agriculteurs sont donc contraints de réduire l’utilisation des antibiotiques. Il faut donc améliorer le diagnostic et le rendre plus rapide, car les méthodes traditionnelles de microbiologie sont laborieuses et nécessitent quelques jours pour produire des résultats.
La spectroscopie de masse permet une identification bactérienne rapide
L’objectif du projet RAID, financé par l’UE, était de répondre au besoin non satisfait de détection des infections bactériennes chez le poulet. Les méthodes existantes sont soit peu fiables, soit coûteuses, soit lentes. «Nous avons développé un système d’aide à la décision vétérinaire comme alternative aux approches existantes pour détecter les infections bactériennes chez les volailles en moins de deux heures et à un coût abordable», souligne Márton Muhari, coordinateur du projet et directeur général de EL-CO Tech. La méthode RAID utilise la spectroscopie de masse (SM) pour identifier des phospholipides spécifiques présents à des concentrations élevées sur la surface externe des cellules bactériennes. Elle produit des «empreintes moléculaires» uniques pour chaque espèce bactérienne, qui peuvent être analysées ultérieurement à l’aide de la méthodologie de traitement du signal SM. La corrélation de ces empreintes avec les souches bactériennes permet de poser un diagnostic et d’appuyer la décision vétérinaire concernant l’utilisation des antibiotiques.
Des avancées technologiques dans la détection bactérienne
L’équipe a réalisé des avancées techniques et méthodologiques significatives sur les étapes d’échantillonnage et de traitement des échantillons. En outre, ils ont automatisé la méthode d’évaluation du spectre de masse et étendu l’algorithme à la détection de plusieurs espèces bactériennes pertinentes. La validation de la sensibilité et de la précision de la méthode RAID a été entreprise sur un grand nombre d’échantillons de poulet par rapport à la culture standard et à d’autres solutions basées sur la SM. La méthode RAID a atteint 99 % de précision et de sensibilité, avec une spécificité proche de 100 %. «Nous avons mis en place un laboratoire mobile RAID dans un véhicule qui peut fonctionner sur site et fournir des données immédiates sur l’infection bactérienne. Cela nous a permis de collecter et d’analyser des échantillons provenant de différents pays européens», déclare László Lengyel, responsable du laboratoire RAID.
Supériorité de RAID par rapport aux autres techniques
Outre un délai d’exécution court, la solution RAID offre d’autres avantages, notamment une mesure fiable des espèces bactériennes anaérobies. Il s’agit d’une approche multiplex très précise, car elle peut détecter plusieurs espèces bactériennes en même temps. Elle est automatisée et conviviale au niveau opérationnel en ce qui concerne la mesure et le traitement des données. Il est important de noter que le coût est nettement inférieur à celui d’autres méthodes précises, telles que la réaction en chaîne par polymérase (PCR), et que la méthode peut être intégrée dans une unité mobile destinée à être utilisée dans les exploitations avicoles. La méthode RAID est susceptibles de réduire l’utilisation inutile d’antibiotiques chez les volailles. À long terme, l’équipe espère étendre la méthode à d’autres applications vétérinaires, comme l’élevage bovin, où les antibiotiques sont également utilisés régulièrement en raison de l’apparition fréquente de mammites.
Mots‑clés
RAID, antibiotique, volaille, poulet, infection bactérienne, SM, spectroscopie de masse, diagnostic sur site
