Description du projet
Comment les différents types de cellules végétales distinguent l’ami de l’ennemi
Les réponses des plantes à leurs «amis ou ennemis» sont régulées par différents types de cellules. Le projet PlantCellResponse, financé par l’UE, utilisera une technique de pointe de marquage de proximité des protéines in vivo pour étudier les réponses aux bactéries bénéfiques et pathogènes dans le modèle végétal Arabidopsis thaliana. La recherche déterminera les réponses des végétaux aux bactéries ayant des effets favorables à la croissance des plantes (plant growth-promoting effects, PGPB), les processus ou les métabolites spécialisés impliqués et les protéines régulatrices qui les contrôlent. Elle étudiera également la régulation de la réponse aux PGPB et à un pathogène dans certains types précis de cellules racinaires en générant des données sur le protéome nucléaire spécifique au type de cellule. Enfin, via des expériences individuelles gène par gène, PlantCellResponse caractérisera le rôle des protéines régulatrices candidates spécifiques et leur type de cellule cible spécifique.
Objectif
Plants respond to and must distinguish between beneficial and pathogenic bacteria (‘friend and foe’) surrounding them. Bacteria may manipulate the plant’s immune system to allow colonialization or can be resistant to plant defence responses such as the biosynthesis of specialized metabolites. It has been increasingly shown that plant responses occur in a cell type specific manner but single cell research has not yet been extensively explored in plant. Here, I propose to apply a state of the art in vivo protein proximity labelling technique to investigate responses to beneficial and pathogenic bacteria in the Arabidopsis thaliana root including the cell type specific level. The first objective of the proposed research is to determine if and to which extent there are differential plant responses to pathogenic and beneficial bacteria with Plant Growth Promoting effects (PGPB), which processes or specialized metabolites are involved in these responses and which regulatory proteins control these responses. This will be achieved through a multi-omics approach for which I will generate nuclear proteome data through protein proximity labelling, RNA-seq and metabolite data from A. thaliana seedlings exposed to a pathogen versus a PGPB. The second objective of this research will be to investigate the response regulation to a PGPB and a pathogen in specific root cell types by generating cell type specific nuclear proteome data. As the third objective I will determine the role of specific regulatory protein candidates from objectives 1 and 2 and their target cell type specific processes such as specialized metabolism or root development through individual gene by gene experiments. The proposed research will provide new insights into how plant responses to ‘friend or foe’ are regulated in different cell types. The generated datasets will be valuable for the community and provide a starting point for my own future independent research career.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: https://op.europa.eu/en/web/eu-vocabularies/euroscivoc.
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Mots‑clés
Programme(s)
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MSCA-IF - Marie Skłodowska-Curie Individual Fellowships (IF)Coordinateur
80539 Munchen
Allemagne