Compressed Indexes for Regular Languages with Applications to Computational Pan-genomics

Informations projet

REGINDEX

N° de convention de subvention: 101039208

DOI

10.3030/101039208

Date de signature de la CE 28 Janvier 2022

Date de début 1 Septembre 2022

Date de fin 31 Août 2027

Financé au titre de

• European Research Council (ERC)

Coût total

€ 1 385 743,00

Contribution de l’UE

€ 1 385 743,00

Coordonné par

UNIVERSITA CA' FOSCARI VENEZIA
Italy

CORDIS fournit des liens vers les livrables publics et les publications des projets HORIZON.

Les liens vers les livrables et les publications des projets du 7e PC, ainsi que les liens vers certains types de résultats spécifiques tels que les jeux de données et les logiciels, sont récupérés dynamiquement sur OpenAIRE .

Livrables

Documents, reports (1)

Data management plan

Publications

Conference proceedings (12)

Sorting Finite Automata via Partition Refinement

Auteurs: Ruben Becker; Manuel Cáceres; Davide Cenzato; Sung-Hwan Kim; Bojana Kodric; Francisco Olivares; Nicola Prezza
Publié dans: Proceedings of the 31st Annual European Symposium on Algorithms (ESA 2023), 2023, ISSN 1868-8969
Éditeur: Schloss Dagstuhl – Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.48550/arXiv.2305.05129

Random Wheeler Automata

Auteurs: Ruben Becker, Davide Cenzato, Sung-Hwan Kim, Bojana Kodric, Riccardo Maso, Nicola Prezza
Publié dans: Proceedings of the 35th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM 2024), 2024, ISSN 1868-8969
Éditeur: Schloss Dagstuhl – Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/LIPIcs.CPM.2024.5

The Rational Construction of a Wheeler DFA

Auteurs: Giovanni Manzini, Alberto Policriti, Nicola Prezza, Brian Riccardi
Publié dans: Proceedings of the 35th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM 2024), Numéro 35, 2024, ISSN 1868-8969
Éditeur: Schloss Dagstuhl – Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/LIPIcs.CPM.2024.23

Top-k Frequent Patterns in Streams and Parameterized-Space LZ Compression

Auteurs: Patrick Dinklage, Johannes Fischer, Nicola Prezza
Publié dans: Proceedings of the 22nd International Symposium on Experimental Algorithms (SEA 2024), 2024, ISSN 1868-8969
Éditeur: Schloss Dagstuhl – Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/LIPIcs.SEA.2024.9

On Computing the Smallest Suffixient Set

Auteurs: Davide Cenzato, Francisco Olivares, Nicola Prezza
Publié dans: Proceedings of the 31st International Symposium on String Processing and Information Retrieval (SPIRE 2024), 2024, ISSN 1611-3349
Éditeur: Springer Cham
DOI: 10.48550/arXiv.2407.18753

Faster Prefix-Sorting Algorithms for Deterministic Finite Automata

Auteurs: Sung-Hwan Kim; Francisco Olivares; Nicola Prezza
Publié dans: Proceedings of the 34th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM 2023), 2023, ISSN 1868-8969
Éditeur: Schloss Dagstuhl – Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.48550/arxiv.2304.10962

Computing matching statistics on Wheeler DFAs

Auteurs: Conte A.; Cotumaccio N.; Gagie T.; Manzini G.; Prezza N.; Sciortino M.
Publié dans: Proceedings of the 2023 Data Compression Conference (DCC), 2023, ISSN 2375-0359
Éditeur: IEEE
DOI: 10.48550/arXiv.2301.05338

Optimal Wheeler Language Recognition

Auteurs: Ruben Becker; Davide Cenzato; Sung-Hwan Kim; Bojana Kodric; Alberto Policriti; Nicola Prezza
Publié dans: Proceedings of String Processing and Information Retrieval 2023 ISBN: 9783031439797, 2023, ISSN 1611-3349
Éditeur: Springer
DOI: 10.48550/arXiv.2306.04737

Sketching and Streaming for Dictionary Compression

Auteurs: Ruben Becker, Matteo Canton, Davide Cenzato, Sung-Hwan Kim, Bojana Kodric, Nicola Prezza
Publié dans: Proceedings of the Data Compression Conference 2024, 2024, ISSN 2375-0359
Éditeur: IEEE
DOI: 10.48550/arXiv.2310.17980

Computing the LCP Array of a Labeled Graph

Auteurs: Jarno N. Alanko, Davide Cenzato, Nicola Cotumaccio, Sung-Hwan Kim, Giovanni Manzini, Nicola Prezza
Publié dans: Proceedings of the 35th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM 2024), 2024, ISSN 1868-8969
Éditeur: Schloss Dagstuhl – Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/LIPIcs.CPM.2024.1

Indexing Finite-State Automata Using Forward-Stable Partitions

Auteurs: Ruben Becker, Sung-Hwan Kim, Nicola Prezza, Carlo Tosoni
Publié dans: Proceedings of the 31st International Symposium on String Processing and Information Retrieval (SPIRE 2024), 2024, ISSN 1611-3349
Éditeur: Springer Cham
DOI: 10.48550/arXiv.2406.02763

Space-time Trade-offs for the LCP Array of Wheeler DFAs

Auteurs: Nicola Cotumaccio, Travis Gagie, Dominik Köppl, Nicola Prezza
Publié dans: Proceedings of String Processing and Information Retrieval 2023, 2023, ISSN 1611-3349
Éditeur: Springer
DOI: 10.48550/arXiv.2306.05684

Peer reviewed articles (3)

A survey of BWT variants for string collections

Auteurs: Cenzato, Davide; Lipták, Zsuzsanna
Publié dans: Bioinformatics, 2024, ISSN 1367-4811
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.48550/arXiv.2202.13235

Toward a Definitive Compressibility Measure for Repetitive Sequences

Auteurs: Tomasz Kociumaka; Gonzalo Navarro; Nicola Prezza
Publié dans: IEEE Transactions on Information Theory, 2023, ISSN 0018-9448
Éditeur: IEEE
DOI: 10.48550/arXiv.1910.02151

Co-lexicographically Ordering Automata and Regular Languages -- Part I

Auteurs: Nicola Cotumaccio; Giovanna D’Agostino; Alberto Policriti; Nicola Prezza
Publié dans: Journal of the ACM, 2023, ISSN 0004-5411
Éditeur: Association for Computing Machinery, New York, NY, United States
DOI: 10.1145/3607471