Learning Isoform Fingerprints to Discover the Molecular Diversity of Life

Informations projet

ORIGIN

N° de convention de subvention: 101077037

DOI

10.3030/101077037

Date de signature de la CE 15 Decembre 2022

Date de début 1 Juin 2023

Date de fin 31 Mai 2028

Financé au titre de

• European Research Council (ERC)

Coût total

€ 1 498 939,00

Contribution de l’UE

€ 1 498 939,00

Coordonné par

TECHNISCHE UNIVERSITAET MUENCHEN
Germany

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Publications

Peer reviewed articles (8)

Unifying the analysis of bottom-up proteomics data with CHIMERYS

Auteurs: Martin Frejno; Michelle T. Berger; Johanna Tüshaus; Alexander Hogrebe; Florian Seefried; Michael Graber; Patroklos Samaras; Samia Ben Fredj; Vishal Sukumar; Layla Eljagh; Igor Brohnshtein; Lizi Mamisashvili; Markus Schneider; Siegfried Gessulat; Tobias Schmidt; Bernhard Kuster; Daniel P. Zolg; Mathias Wilhelm
Publié dans: Nature Methods, 2024, ISSN 1548-7105
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/S41592-025-02663-W

SWAPS: A Modular Deep-Learning Empowered Peptide Identity Propagation Framework Beyond Match-Between-Run

Auteurs: Zixuan Xiao, Johanna Tüshaus, Bernhard Kuster, Matthew The, Mathias Wilhelm
Publié dans: Journal of Proteome Research, 2025, ISSN 1535-3893
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/ACS.JPROTEOME.4C00972

Peptide Property Prediction for Mass Spectrometry Using AI: An Introduction to State of the Art Models

Auteurs: Jesse Angelis; Eva Ayla Schröder; Zixuan Xiao; Wassim Gabriel; Mathias Wilhelm
Publié dans: PROTEOMICS, 2025, ISSN 1615-9861
Éditeur: Wiley
DOI: 10.1002/PMIC.202400398

Deep Learning Enhances Precision of Citrullination Identification in Human and Plant Tissue Proteomes

Auteurs: Wassim Gabriel; Rebecca Meelker González; Sophia Laposchan; Erik Riedel; Gönül Dündar; Brigitte Poppenberger; Mathias Wilhelm; Chien-Yun Lee
Publié dans: Molecular&Cellular Proteomics, 2024, ISSN 1535-9484
Éditeur: Elsevier Inc
DOI: 10.1101/2024.10.11.617769

Oktoberfest: Open‐source spectral library generation and rescoring pipeline based on Prosit

Auteurs: Picciani, Mario; Gabriel, Wassim; Giurcoiu, Victor‐George; Shouman, Omar; Hamood, Firas; Lautenbacher, Ludwig; Jensen, Cecilia Bang; Müller, Julian; Kalhor, Mostafa; Soleymaniniya, Armin; Kuster, Bernhard; The, Matthew; Wilhelm, Mathias
Publié dans: PROTEOMICS, 2023, ISSN 1615-9861
Éditeur: Wiley
DOI: 10.1002/PMIC.202300112

ProSIMSIt: The Best of Both Worlds in Data-Driven Rescoring and Identification Transfer

Auteurs: Firas Hamood, Wassim Gabriel, Pia Pfeiffer, Bernhard Kuster, Mathias Wilhelm, Matthew The
Publié dans: Journal of Proteome Research, 2025, ISSN 1535-3893
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/ACS.JPROTEOME.4C00967

To Fly, or Not to Fly, That Is the Question: A Deep Learning Model for Peptide Detectability Prediction in Mass Spectrometry

Auteurs: Naim Abdul-Khalek, Mario Picciani, Omar Shouman, Reinhard Wimmer, Michael Toft Overgaard, Mathias Wilhelm, Simon Gregersen Echers
Publié dans: Journal of Proteome Research, 2025, ISSN 1535-3893
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/ACS.JPROTEOME.4C00973

Pairwise Attention: Leveraging Mass Differences to Enhance De Novo Sequencing of Mass Spectra

Auteurs: Joel Lapin, Alfred Nilsson, Mathias Wilhelm, Lukas Käll
Publié dans: Journal of Proteome Research, 2025, ISSN 1535-3893
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/ACS.JPROTEOME.5C00063

Conference proceedings (1)

PROSPECT PTMs: Rich Labeled Tandem Mass Spectrometry Dataset of Modified Peptides for Machine Learning in Proteomics

Auteurs: Wassim Gabriel, Omar Shouman, Eva Ayla Schröder, Florian Bößl, Mathias Wilhelm
Publié dans: Advances in Neural Information Processing Systems 37 (NeurIPS 2024), 2024
Éditeur: NeurIPS 2024