Description du projet
Mieux comprendre les règles d’interaction entre anticorps et antigènes pour améliorer la conception des vaccins
La liaison anticorps-antigène est fondamentale pour les anticorps monoclonaux et les vaccins. Pour accélérer la découverte de traitements, la conception in silico d’anticorps (Ab) et d’antigènes (Ag) doit être réalisée tout en relevant le défi de prédire les interactions de liaison Ab-Ag. Actuellement, les performances de prédiction de la liaison Ab-Ag sont limitées et les règles régissant ces interactions restent largement méconnues. Le projet AB-AG-INTERACT, financé par le CER, vise à développer une méthode de criblage à haut débit pour plus de 1 000 variants Ab à paratope muté se liant à plus de 1 000 variants Ag à épitope muté, générant ainsi des données pour plus d’un million de paires de liaisons Ab-Ag. Cela permettra de combler le manque de données structurelles et de séquences à grande échelle. Les résultats amélioreront la compréhension de ces règles et feront progresser la conception in silico d’anticorps et de vaccins.
Objectif
Antibody-antigen binding is the basis of two fundamental biotherapeutic pillars: monoclonal antibodies (1) and vaccines (2). To accelerate therapeutics discovery, we need to perform antibody (Ab) and antigen (Ag) design in silico. Specifically, we need to address a fundamental immuno-biotechnological challenge: understanding the interaction rules that predict Ab-Ag binding. Solving this challenge demands the convergence of biotechnology, computational structural biology, and machine learning (ML). My lab is one of the few worldwide to have this transdisciplinary expertise.
Research problem: Currently, the predictive performance of Ab-Ag binding is poor, and an understanding of the underlying rules of Ab-Ag binding is mostly absent. We previously showed that both unprecedentedly large datasets (>10^5 Ab-Ag sequence pairs) and extensive structural information on the Ab-Ag binding interface (paratope, epitope) are needed to increase prediction accuracy and recover binding rules.
Targeted breakthrough: To address the lack of large-scale Ab-Ag sequence and structural data, we will develop a method for high-throughput screening of >10^3 Ab paratope-mutated variants binding to >10^3 of Ag epitope-mutated variants, generating sequence data of Ab-Ag binding pairs at an unprecedented scale (>10^6 sequence Ab-Ag pairs). Structural information of the entirety of the sequence-based Ab-Ag binding data will be generated by building and innovating on recent breakthroughs in computational structural biology. To derive Ab-Ag interaction rules from the generated data, we will develop ML techniques for Ab-Ag binding prediction and rule recovery. We will demonstrate experimentally that we have begun to understand Ab-Ag interaction rules.
Impact: The proposed research generates the exact data necessary to recover the rules of Ab-Ag binding and provides a first groundbreaking insight into those rules, moving us closer to in silico on-demand antibody and vaccine design.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
- sciences médicales et de la santé médecine fondamentale pharmacologie et pharmacie produit pharmaceutique vaccins
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Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
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HORIZON.1.1 - European Research Council (ERC)
PROGRAMME PRINCIPAL
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Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
HORIZON-ERC - HORIZON ERC Grants
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Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) ERC-2023-COG
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La contribution financière nette de l’UE est la somme d’argent que le participant reçoit, déduite de la contribution de l’UE versée à son tiers lié. Elle prend en compte la répartition de la contribution financière de l’UE entre les bénéficiaires directs du projet et d’autres types de participants, tels que les participants tiers.
0313 Oslo
Norvège
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.