Descripción del proyecto
Primer marco integral para la inferencia de trayectorias multiómicas
La naturaleza destaca en la optimización de los procesos, como el desarrollo celular a través de redes genéticas dinámicas y la translocación de las moléculas. Comprender estos procesos es una tarea monumental. La teoría del transporte óptimo, una formalización matemática desarrollada hace casi doscientos cincuenta años para estudiar el transporte y la asignación óptimos de recursos, ofrece una vía prometedora. La aplicación de flujos de transporte óptimos —tratando las células como partículas que evolucionan en un paisaje energético dentro de un espacio «ómico»— podría aportar información nueva sobre el desarrollo celular. Sin embargo, los enfoques actuales ignoran las relaciones biológicas entre los genes. El equipo del proyecto WOLF, financiado por el Consejo Europeo de Investigación, pretende abordar este problema incorporando relaciones genéticas complejas y fusionando múltiples conjuntos de datos ómicos, con lo que se crearán nuevos tipos de flujos de transporte óptimos no euclidianos y multilineales.
Objetivo
"Single cell molecular profiling allows to map cellular development at an unprecedented level of detail. Optimal transport (OT) enables the analysis of this dynamical process as a trajectory inference problem, using OT flows. These flows treat cells as particles evolving on an energy landscape over an ""omics'' space (such as transcriptomic, epigenomic, proteomic and location). Learning this model from large scale omics datasets poses however formidable mathematical and computational challenges, which will be tackled by WOLF. The first one is the joint learning of both the gene embedding space and the energy landscape. Existing approaches use ad-hoc Euclidean embeddings, ignoring biological relationships between genes. WOLF will develop a new type of non-Euclidean OT flows, which takes into account complex genetic relations. The second challenge is the fusion of multiple omics dataset (for instance transcriptomics, proteomic and space) without having access to an explicit pairing between the cells across the omics. Multi-omics is the next frontier in developmental analysis, and the corresponding trajectories cannot be captured with existing OT flows. WOLF will develop a new class of multi-linear OT flows where interaction terms couple particles together across different omics. These advances will be integrated in an efficient computational package where the parameters of the models are learned using parallelizable OT flow solvers. Leveraging the connexion between OT flows and attention mechanisms in deep learning, these methods will be approximated using transformers architectures and optimized using implicit differentiation. These theoretical and numerical contributions will work hand in hand to offer the first comprehensive framework for multi-omics trajectory inference. This will unlock biological findings for the characterization of developmental molecular pathways and the understanding of disease mechanisms."
Palabras clave
Palabras clave del proyecto indicadas por el coordinador del proyecto. No confundir con la taxonomía EuroSciVoc (Ámbito científico).
Palabras clave del proyecto indicadas por el coordinador del proyecto. No confundir con la taxonomía EuroSciVoc (Ámbito científico).
Programa(s)
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
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HORIZON.1.1 - European Research Council (ERC)
PROGRAMA PRINCIPAL
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Tema(s)
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Régimen de financiación
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
HORIZON-ERC - HORIZON ERC Grants
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Convocatoria de propuestas
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
(se abrirá en una nueva ventana) ERC-2023-ADG
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Aportación financiera neta de la UE. Es la suma de dinero que recibe el participante, deducida la aportación de la UE a su tercero vinculado. Considera la distribución de la aportación financiera de la UE entre los beneficiarios directos del proyecto y otros tipos de participantes, como los terceros participantes.
75794 PARIS
Francia
Los costes totales en que ha incurrido esta organización para participar en el proyecto, incluidos los costes directos e indirectos. Este importe es un subconjunto del presupuesto total del proyecto.