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Development of a nanobody-based, slide-free approach for 3D-Histological analysis of the spatial tumor microenvironment using lightsheet imaging

Description du projet

Analyse histologique en 3D pour un microenvironnement tumoral détaillé

Une évaluation rapide et précise des tissus prélevés par biopsie est essentielle pour un diagnostic exact de la maladie. Alors que l’histopathologie traditionnelle en 2D manque souvent de résolution spatiale, l’histopathologie en 3D offre une imagerie sans coupe et un meilleur aperçu volumétrique des structures critiques. Le projet 3D-SpatiOmics, financé par le CER, entend révolutionner l’histologie du cancer grâce à une approche innovante basée sur les nanocorps, en utilisant la microscopie volumétrique non destructive à nappe de lumière. Cette technique avancée fournira des descriptions spatiales détaillées du microenvironnement tumoral, ce qui permettra non seulement d’améliorer les diagnostics à partir d’échantillons de tumeurs, mais aussi les résultats pour les patients. Le projet développera des nanocorps pour la coloration du système immunitaire et des marqueurs tumoraux. En utilisant des colorants fluorescents clivables et la chimie click, il permettra plusieurs cycles de coloration multiplexée sur le même échantillon, ouvrant ainsi la voie à un phénotypage diagnostique avancé.

Objectif

For histopathological analysis and subsequent diagnosis of diseased tissues a rapid, accurate histopathological and genetic analysis of biopsied tissues are essential. However, traditional 2-dimensional slide-based histopathological analysis does not represent spatial tissue structures and molecular targets sufficiently, which aggravates an accurate and spatial analysis of tissue, a detailed description of the tumor microenvironment as well as patient stratification.
To overcome these limitations, I propose an innovative, nanobody-based 3D-histopathology approach using non-destructive volumetric lightsheet-microscopy. This approach bears the potential to revolutionize the way pathological analysis of tumor samples are done. In comparison to conventional 2D-pathology, non-destructive 3D-histopathology allows rapid slide-free histological imaging of an entire tissue sample, volumetric analysis of diagnostic relevant structures such as immune cells, vessels and an improved spatial analysis of cell distribution relevant to study e.g. the microenvironment.
To achieve this, we will generate nanobodies for improved wholemount tissue staining of the immune system as well as tumor-relevant markers. By labelling nanobodies with cleavable fluorescent dyes using click chemistry and integration of linkers for stoichiometric and directed labelling, we will be able to perform several rounds of multiplex staining of the identical sample and therefore provide cutting-edge diagnostic phenotyping of the specimen. Due to non-destructive nature of the optical-sectioning methodology, the sample is available for downstream applications such as molecular diagnostics of the previously imaged specimen.
In summary, this innovative project holds the great potential to revolutionize cancer histology by providing a spatial and detailed description of the tumor microenvironment, improving diagnosis of tumor samples and consequently patient stratification and outcome.

Champ scientifique (EuroSciVoc)

Programme(s)

Thème(s)

Régime de financement

HORIZON-ERC-POC - HORIZON ERC Proof of Concept Grants

Voir tous les projets financés dans le cadre de ce programme de financement

Appel à propositions

(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) ERC-2024-POC

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Institution d’accueil

CHARITE - UNIVERSITAETSMEDIZIN BERLIN
Contribution nette de l'UE
€ 150 000,00
Coût total
Aucune donnée

Bénéficiaires (1)