Objectif
Tissues are multicellular systems organized into niches, highly specialized communities of spatially co-localized cells (spatial neighborhood) that interact with one another (intercellular signaling), shaping their coordinated functions (intracellular states). Advances in single-cell sequencing and spatially resolved technologies now enable the reconstruction of whole-tissue spatial atlases spanning millions of cells and thousands of molecular features (e.g. transcriptomics, epigenomics). However, identifying functional niches from these data remains challenging due to the complexity and multidimensionality of biological processes, as well as the scale of modern datasets. INSPiRe project proposes a novel graph deep learning–based computational framework that integrates single-cell multi-omics with spatial transcriptomics to systematically identify and characterize cellular niches. Unlike existing approaches, our method jointly encodes three complementary dimensions of tissue organization: (i) cellular neighborhood and proximity, (ii) intercellular communication via ligand–receptor interactions, and (iii) intracellular, pathway-specific signaling activity, a combination not addressed by current tools. Leveraging adversarial learning and efficient graph representations, the framework generates interpretable and scalable cell embeddings from large multi-tissue datasets, quantitatively capturing niche structure and providing a functional understanding of how cellular niches emerge within tissue microenvironments. This is a timely and innovative project that will advance our understanding of tissue biology and disease mechanisms, with applications across healthy, developmental, and diseased tissues. Moreover, the project will provide the newly-formed researcher hands-on experience in advanced computational methods, gaining in-depth knowledge of modeling complex systems, while also developing project management and leadership skills, through a structured training plan.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
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- sciences naturelles informatique et science de l'information science informatique
- sciences naturelles informatique et science de l'information intelligence artificielle apprentissage automatique apprentissage profond
- sciences naturelles sciences biologiques histologie
- sciences naturelles sciences biologiques génétique épigénétique
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Mots‑clés
Les mots-clés du projet tels qu’indiqués par le coordinateur du projet. À ne pas confondre avec la taxonomie EuroSciVoc (champ scientifique).
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Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
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HORIZON.1.2 - Marie Skłodowska-Curie Actions (MSCA)
PROGRAMME PRINCIPAL
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Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
HORIZON-TMA-MSCA-PF-EF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - European Fellowships
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Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) HORIZON-MSCA-2025-PF
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La contribution financière nette de l’UE est la somme d’argent que le participant reçoit, déduite de la contribution de l’UE versée à son tiers lié. Elle prend en compte la répartition de la contribution financière de l’UE entre les bénéficiaires directs du projet et d’autres types de participants, tels que les participants tiers.
52074 Aachen
Allemagne
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.