Proteomics Standards International Molecular Exchange - Systematic Capture of Published Molecular Interaction Data

Informations projet

PSIMEX

N° de convention de subvention: 223411

Projet clôturé

Date de début 1 Mars 2009

Date de fin 31 Août 2013

Financé au titre de

• Specific Programme "Cooperation": Health

Coût total € 1 748 045,92

Contribution de l’UE € 1 476 384,00

Coordonné par

EUROPEAN MOLECULAR BIOLOGY LABORATORY
Germany

Objectif

The aim of the PSIMEx proposal is to systematically make published molecular interaction data computationally accessible. We plan to further develop the existing standard for molecular interactions developed by the HUPO Proteomics Standards Initiative, and to promote its implementation in the entire chain from experiment planning via data formatting and analysis to data representation in journal publications and public databases. Key aspects will be the dissemination of and user training on minimum requirements for publication of molecular interaction data; the further development of the PSI-MI standard for representation of data fulfilling these minimal requirements; the specification of efficient data deposition tools and data flow from data producers to public repositories as part of the publication process; implementation of international data exchange among databases; training and exchange of curation staff in the participating databases; and the definition of analysis tools for the efficient use of data following the PSI-MI standards.

Champ scientifique

• natural sciences › biological sciences › biochemistry › biomolecules › proteins › proteomics
• natural sciences › computer and information sciences › databases
• natural sciences › computer and information sciences › data science › data exchange

Mots‑clés

• International Data Exchange
• Molecular Interaction
• Systems Biology

Programme(s)

• FP7-HEALTH - Specific Programme "Cooperation": Health

Thème(s)

• HEALTH-2007-2.1.2-6 - Coordination and Support Actions in large-scale data gathering and systems biology

Appel à propositions

FP7-HEALTH-2007-B
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Régime de financement

CSA-CA - Coordination (or networking) actions

Coordinateur

EUROPEAN MOLECULAR BIOLOGY LABORATORY

• Contribution de l’UE: € 859 341,00
• Adresse: Meyerhofstrasse 1 ; 69117 Heidelberg ; Allemagne
• Région: Baden-Württemberg › Karlsruhe › Heidelberg, Stadtkreis
• Type d’activité: Research Organisations
• Contact administratif: Tom Ratcliff (Mr.)
• Coût total: Aucune donnée

Participants (14)

UNIVERSITA DEGLI STUDI DI ROMA TOR VERGATA

Italie

• Contribution de l’UE: € 191 530,00
• Adresse: VIA CRACOVIA 50 ; 00133 Roma
• Région: Centro (IT) › Lazio › Roma
• Type d’activité: Higher or Secondary Education Establishments
• Contact administratif: Gianni Cesareni (Prof.)
• Coût total: Aucune donnée

THE REGENTS OF THE UNIVERSITY OF CALIFORNIA

États-Unis

• Contribution de l’UE: € 161 035,00
• Adresse: FRANKLIN STREET 1111 12 FLOOR ; 94607 OAKLAND CA
• Type d’activité: Higher or Secondary Education Establishments
• Contact administratif: Martha Hansen (Ms.)
• Coût total: Aucune donnée

SIB SWISS INSTITUTE OF BIOINFORMATICS

Suisse

• Contribution de l’UE: € 63 130,00
• Adresse: RUE MICHEL SERVET 1 CMU ; 1206 Geneve
• Région: Schweiz/Suisse/Svizzera › Région lémanique › Genève
• Type d’activité: Research Organisations
• Contact administratif: Ioannis Xenarios (Dr.)
• Coût total: Aucune donnée

SPRINGER NATURE LIMITED

Royaume-Uni

• Contribution de l’UE: Aucune donnée
• Adresse: 4 CRINAN STREET ; RG21 6XS Basingstoke Hants
• Région: South East (England) › Hampshire and Isle of Wight › North Hampshire
• Type d’activité: Private for-profit entities (excluding Higher or Secondary Education Establishments)
• Contact administratif: Howard Ratner (Mr.)
• Coût total: Aucune donnée

WILEY-VCH VERLAG GMBH & CO KGAA

Allemagne

• Contribution de l’UE: Aucune donnée
• Adresse: BOSCHSTRASSE 12 ; 69469 Weinheim
• Région: Baden-Württemberg › Karlsruhe › Rhein-Neckar-Kreis
• Type d’activité: Private for-profit entities (excluding Higher or Secondary Education Establishments)
• Contact administratif: Hans-Joachim Kraus (Dr.)
• Coût total: Aucune donnée

GE HEALTHCARE BIO-SCIENCES AB

Suède

• Contribution de l’UE: € 31 244,00
• Adresse: BJORKGATAN 30 ; 751 84 Uppsala
• Région: Östra Sverige › Östra Mellansverige › Uppsala län
• Type d’activité: Private for-profit entities (excluding Higher or Secondary Education Establishments)
• Contact administratif: Christina Burtsoff Asp (Ms.)
• Coût total: Aucune donnée

THE UNIVERSITY OF EDINBURGH

Royaume-Uni

• Contribution de l’UE: € 31 030,00
• Adresse: OLD COLLEGE, SOUTH BRIDGE ; EH8 9YL Edinburgh
• Région: Scotland › Eastern Scotland › Edinburgh
• Type d’activité: Higher or Secondary Education Establishments
• Contact administratif: Angela Noble (Ms.)
• Coût total: Aucune donnée

University of Maryland Biotechnology Institute

Participation terminée

États-Unis

• Contribution de l’UE: Aucune donnée
• Adresse: East Pratt Street - Columbus Center, Suite 200 701 ; 21202-3101 BALTIMORE
• Type d’activité: Higher or Secondary Education Establishments
• Contact administratif: Dean Drake (Mr.)
• Coût total: Aucune donnée

FUNDACION DE INVESTIGACION DEL CANCER DE LA UNIVERSIDAD DE SALAMANCA

Espagne

• Contribution de l’UE: € 26 750,00
• Adresse: Campus Miguel de Unamuno ; 37007 Salamanca
• Région: Centro (ES) › Castilla y León › Salamanca
• Type d’activité: Research Organisations
• Contact administratif: Gerardo Arevalo Vicente (Mr.)
• Coût total: Aucune donnée

TECHNISCHE UNIVERSITAET MUENCHEN

Allemagne

• Contribution de l’UE: € 32 285,00
• Adresse: Arcisstrasse 21 ; 80333 Muenchen
• Région: Bayern › Oberbayern › München, Kreisfreie Stadt
• Type d’activité: Higher or Secondary Education Establishments
• Contact administratif: Ulrike Ronchetti (Ms.)
• Coût total: Aucune donnée

HELMHOLTZ ZENTRUM MUENCHEN DEUTSCHES FORSCHUNGSZENTRUM FUER GESUNDHEIT UND UMWELT GMBH

Participation terminée

Allemagne

• Contribution de l’UE: € 6 316,00
• Adresse: INGOLSTADTER LANDSTRASSE 1 ; 85764 Neuherberg
• Région: Bayern › Oberbayern › München, Landkreis
• Type d’activité: Research Organisations
• Contact administratif: Juergen Ertel (Dr.)
• Coût total: Aucune donnée

CENTRE NATIONAL DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE CNRS

France

• Contribution de l’UE: € 37 450,00
• Adresse: RUE MICHEL ANGE 3 ; 75794 Paris
• Région: Ile-de-France › Ile-de-France › Paris
• Type d’activité: Research Organisations
• Contact administratif: Nadine Brochet (Ms.)
• Coût total: Aucune donnée

SHANGHAI CENTER FOR BIOINFORMATION TECHNOLOGY

Chine

• Contribution de l’UE: € 19 260,00
• Adresse: Qinzhou Road - Building 2 - Floor 4 100 ; 200235 Shanghai
• Type d’activité: Research Organisations
• Contact administratif: Zhiwei Cao (Prof.)
• Coût total: Aucune donnée

J. CRAIG VENTER INSTITUTE INC CORPORATION

États-Unis

• Contribution de l’UE: € 17 013,00
• Adresse: MEDICAL CENTER DRIVE 9704 ; 20814 ROCKVILLE MARYLAND
• Type d’activité: Research Organisations
• Contact administratif: Leslie Bisignano (Ms.)
• Coût total: Aucune donnée