Proteomics Standards International Molecular Exchange - Systematic Capture of Published Molecular Interaction Data

Objectif

The aim of the PSIMEx proposal is to systematically make published molecular interaction data computationally accessible. We plan to further develop the existing standard for molecular interactions developed by the HUPO Proteomics Standards Initiative, and to promote its implementation in the entire chain from experiment planning via data formatting and analysis to data representation in journal publications and public databases. Key aspects will be the dissemination of and user training on minimum requirements for publication of molecular interaction data; the further development of the PSI-MI standard for representation of data fulfilling these minimal requirements; the specification of efficient data deposition tools and data flow from data producers to public repositories as part of the publication process; implementation of international data exchange among databases; training and exchange of curation staff in the participating databases; and the definition of analysis tools for the efficient use of data following the PSI-MI standards.

Champ scientifique

• sciences naturelles › sciences biologiques › biochimie › biomolécule › protéines › protéomique
• sciences naturelles › informatique et science de l'information › bases de données
• sciences naturelles › informatique et science de l'information › science des données › échange de données

Mots‑clés

• International Data Exchange
• Molecular Interaction
• Systems Biology

Programme(s)

• FP7-HEALTH - Specific Programme "Cooperation": Health

Thème(s)

• HEALTH-2007-2.1.2-6 - Coordination and Support Actions in large-scale data gathering and systems biology

Appel à propositions

FP7-HEALTH-2007-B
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Régime de financement

CSA-CA - Coordination (or networking) actions

Coordinateur

EUROPEAN MOLECULAR BIOLOGY LABORATORY

Adresse

Meyerhofstrasse 1
69117 Heidelberg
Allemagne

Type d’activité

Research Organisations

Contact administratif

Tom Ratcliff (Mr.)

Liens

Contribution de l’UE

€ 859 341

Participants (14)

UNIVERSITA DEGLI STUDI DI ROMA TOR VERGATA

Italie

Contribution de l’UE

€ 191 530

Adresse

Via Cracovia 50
00133 Roma

Type d’activité

Higher or Secondary Education Establishments

Contact administratif

Gianni Cesareni (Prof.)

Liens

THE REGENTS OF THE UNIVERSITY OF CALIFORNIA

États-Unis

Contribution de l’UE

€ 161 035

Adresse

Franklin Street 1111 12 Floor
94607 Oakland Ca

Type d’activité

Higher or Secondary Education Establishments

Contact administratif

Martha Hansen (Ms.)

Liens

SIB SWISS INSTITUTE OF BIOINFORMATICS

Suisse

Contribution de l’UE

€ 63 130

Adresse

Rue Michel Servet 1 Cmu
1206 Geneve

Type d’activité

Research Organisations

Contact administratif

Ioannis Xenarios (Dr.)

Liens

SPRINGER NATURE LIMITED

United Kingdom

Adresse

4 Crinan Street
RG21 6XS Basingstoke Hants

Type d’activité

Private for-profit entities (excluding Higher or Secondary Education Establishments)

Contact administratif

Howard Ratner (Mr.)

Liens

WILEY-VCH VERLAG GMBH & CO KGAA

Allemagne

Adresse

Boschstrasse 12
69469 Weinheim

Type d’activité

Private for-profit entities (excluding Higher or Secondary Education Establishments)

Contact administratif

Hans-Joachim Kraus (Dr.)

Liens

GE HEALTHCARE BIO-SCIENCES AB

Suède

Contribution de l’UE

€ 31 244

Adresse

Bjorkgatan 30
751 84 Uppsala

Type d’activité

Private for-profit entities (excluding Higher or Secondary Education Establishments)

Contact administratif

Christina Burtsoff Asp (Ms.)

Liens

THE UNIVERSITY OF EDINBURGH

United Kingdom

Contribution de l’UE

€ 31 030

Adresse

Old College, South Bridge
EH8 9YL Edinburgh

Type d’activité

Higher or Secondary Education Establishments

Contact administratif

Angela Noble (Ms.)

Liens

University of Maryland Biotechnology Institute

Participation terminée

États-Unis

Adresse

East Pratt Street - Columbus Center, Suite 200 701
21202-3101 Baltimore

Type d’activité

Higher or Secondary Education Establishments

Contact administratif

Dean Drake (Mr.)

Liens

FUNDACION DE INVESTIGACION DEL CANCER DE LA UNIVERSIDAD DE SALAMANCA

Espagne

Contribution de l’UE

€ 26 750

Adresse

Campus Miguel De Unamuno
37007 Salamanca

Type d’activité

Research Organisations

Contact administratif

Gerardo Arevalo Vicente (Mr.)

Liens

TECHNISCHE UNIVERSITAET MUENCHEN

Allemagne

Contribution de l’UE

€ 32 285

Adresse

Arcisstrasse 21
80333 Muenchen

Type d’activité

Higher or Secondary Education Establishments

Contact administratif

Ulrike Ronchetti (Ms.)

Liens

HELMHOLTZ ZENTRUM MUENCHEN DEUTSCHES FORSCHUNGSZENTRUM FUER GESUNDHEIT UND UMWELT GMBH

Participation terminée

Allemagne

Contribution de l’UE

€ 6 316

Adresse

Ingolstadter Landstrasse 1
85764 Neuherberg

Type d’activité

Research Organisations

Contact administratif

Juergen Ertel (Dr.)

Liens

CENTRE NATIONAL DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE CNRS

France

Contribution de l’UE

€ 37 450

Adresse

Rue Michel Ange 3
75794 Paris

Type d’activité

Research Organisations

Contact administratif

Nadine Brochet (Ms.)

Liens

SHANGHAI CENTER FOR BIOINFORMATION TECHNOLOGY

Chine

Contribution de l’UE

€ 19 260

Adresse

Qinzhou Road - Building 2 - Floor 4 100
200235 Shanghai

Type d’activité

Research Organisations

Contact administratif

Zhiwei Cao (Prof.)

Liens

J. CRAIG VENTER INSTITUTE INC CORPORATION

États-Unis

Contribution de l’UE

€ 17 013

Adresse

Medical Center Drive 9704
20814 Rockville Maryland

Type d’activité

Research Organisations

Contact administratif

Leslie Bisignano (Ms.)

Liens