Objectif
Research on DNA repair in animals and on photomorphogenesis in plants led to the discovery of common factors, the DNA Damage Binding complex formed by DDB1 and associated proteins, which associates with chromatin remodelling and ubiquitination activities.
In mammals this complex is tightly bound to chromatin upon UV irradiation and could participate in early steps to make the DNA lesions more accessible to the repair machinery. A plant-specific CDD complex containing proteins COP10, DDB1 and DET1 has been recently discovered, exhibits similar ubiquitination activities and binds nonacetylated histone H2B.
We will investigate the multifaceted roles that this complex may play in plant cells to interface protein ubiquitination, chromatin remodelling, DNA repair and the regulation of light-responsive genes at a global level during de-etiolation. Purification of the complex from dark- or light-grown seedlings, and irradiation of mononucleosomes with UV prior to binding assays will allow to determine the relative af finity of the plant CDD complex for these substrates.
Analysis of the bound histones and of their ubiquitination and acetylation states will be performed. CDD function will also be assessed using a plant in vitro DNA repair system recently established in t he host laboratory, focusing on the possible requirement of the CDD activity in mono- or polyubiquitination to efficiently repair naked or chromatin-packaged DNA in vitro.
Its genomic targets will be identified by ChIP, compared to the repertoire of genes known to be misregulated in photomorphogenic mutants and their methyl-cytosine content will be examined. In complement, FRET and other in vivo approaches will be used to investigate the CDD complex association with euchromatin and transcriptionaly-inactive heterochromatin.
This project contributes to the current strong interest in studying epigenetic controls in plants and would allow investigating a challenging new field of gene regulatory mechanisms.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
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- sciences naturelles sciences biologiques génétique ADN
- sciences naturelles sciences biologiques biochimie biomolécule protéines
- sciences naturelles sciences biologiques zoologie mammalogie
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Mots‑clés
Les mots-clés du projet tels qu’indiqués par le coordinateur du projet. À ne pas confondre avec la taxonomie EuroSciVoc (champ scientifique).
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Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
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Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
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Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
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FP6-2004-MOBILITY-5
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Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Coordinateur
NAPLES
Italie
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.