Objetivo
Non-covalent protein-protein interactions underlie most of biological activity on the molecular level. A binding event between two proteins typically consists of two stages: 1) a diffusional, non-specific search of the binding partners for each other, and 2) specific recognition of the compatible contact surfaces followed by complex-formation. Despite significant progress in studying these processes, a number of open questions remain. How do partners find each other in the crowded and interaction-rich cellular environment? What are the exact mechanisms of the specific recognition of binding surfaces? What is the role of induced fit as opposed to conformational selection in the process? We propose to utilize atomistic-level and coarse-grained molecular dynamics simulations and advanced computational techniques in close collaboration with experiment to address these questions, with the ultimate goal of developing a unified picture combining both specific and non-specific contributions to protein-protein interactions. We will focus on several test-cases of broad biological significance, such as the ubiquitin system, to test two central ideas: 1) that protein dynamics is the principal determinant of specific molecular recognition in many systems, and 2) that co-localization, which non-specifically affects the binding process, is a direct consequence of the general physico-chemical properties of the binding partners, irrespective of the features of their binding sites. Methodologically, we will further develop and utilize distributed computing techniques on the world-wide-web and computation on streaming processors to meet the high demand for computational power, inherent in studying protein interactions in silico. In our work, we will closely collaborate with experimentalists, ranging from NMR and X-ray crystallography experts to molecular biologists to both validate our simulations and theoretical work as well as assist in interpreting experimental findings.
Ámbito científico (EuroSciVoc)
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
- ciencias naturales ciencias biológicas bioquímica biomoléculas proteínas proteómica
- ciencias naturales ciencias de la tierra y ciencias ambientales conexas geología mineralogía cristalografía
- ciencias naturales ciencias biológicas ecología
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Programa(s)
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
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Tema(s)
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Convocatoria de propuestas
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
ERC-2011-StG_20101014
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Régimen de financiación
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Institución de acogida
1010 WIEN
Austria
Los costes totales en que ha incurrido esta organización para participar en el proyecto, incluidos los costes directos e indirectos. Este importe es un subconjunto del presupuesto total del proyecto.