Objetivo
Gene circuits exhibit fluctuations (‘noise’) in the levels of key components such as regulatory proteins. Increasingly, noise appears to play functional roles, e.g it can enable a subpopulation of cells to enter a transient antibiotic-resistant state, enhancing their survival. By ensuring that cells do not all exist in the same transcriptional state, the colony can ‘bet-hedge’ against future environmental changes.
Studying bet-hedging is critical to our understanding of how bacterial gene circuits have evolved in an ever changing and hostile environment. It is also important for public health. The spread of infectious diseases can depend on activation of alternative genetic programs, such as competence, general stress response, and antibiotic persistence in bacteria. I seek to understand the mechanisms by which cells enter these alternate states.
Previous gene expression assays used bulk averages over thousands of cells, causing individual cell behaviour to be lost. I will develop new approaches to attack this problem. I will use single-cell time-lapse microscopy to examine the generality of bet-hedging (Aim 1). I will construct and screen reporter strains for ~120 key pathways in B. subtilis. After screening for pathways that show variable gene expression, I will use synthetic biology and mathematical modelling techniques to discover the gene circuit mechanisms that allow cells to probabilistically enter these alternative states (Aim 2).
In order to test the function of the variable gene expression observed in our reporter strain for each candidate gene I will test whether, upon addition of antibiotics or other stresses, cells that are highly expressing the candidate protein survive or grow faster than cells that are not. I will do this using a novel microfluidic device (Aim 3). This work will lead to a comprehensive understanding of how and why alternative transcriptional states are generated in bacteria.
Ámbito científico (EuroSciVoc)
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
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Programa(s)
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
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Tema(s)
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
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Convocatoria de propuestas
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
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FP7-PEOPLE-2012-CIG
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Régimen de financiación
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
MC-CIG - Support for training and career development of researcher (CIG)
Coordinador
CB2 1TN CAMBRIDGE
Reino Unido
Los costes totales en que ha incurrido esta organización para participar en el proyecto, incluidos los costes directos e indirectos. Este importe es un subconjunto del presupuesto total del proyecto.