Objetivo
We plan to employ a combination of computational and experimental approaches to identify features of the cis-regulatory regions that underlie common patterns of gene expression observed during hippocampal development. Rather than grouping genes on the b asis of the overall similarity of expression profiles, we plan to first decompose the profiles into simpler modes, using the singular value decomposition (SVD), and then to look for the features associated with individual modes. We performed SVD of the p ublished expression data set from gene profiling of the hippocampal development in mouse (Mody et al., 2001, PNAS 98: 8862-7), which revealed that most of the differences in expression patterns can be represented by the first two modes, reflecting variat ion in the amplitude of expression, and the difference between up and down regulation in the course of development, respectively. In further work, we plan to identify features specifically associated with each of these two modes. The computational work will constitute of identification of putative regulatory regions, annotation of these regions with known transcription factor binding sites (motives), and then with putative higher order features built from these motives. Such features will be scored fo r their statistical association with loadings of a particular mode. For a small number of the top scoring features we will also perform in silico hypotheses tests (on another part of the data set). The role of the most promising features, in the regulati on of the genes that contain them (putative target genes), will be verified in the experimental part of the project, performed in the hippocampal neuronal culture. Previous work of the applicant demonstrated that this culture system is a good model for g ene regulation in the developing hippocampus (Dabrowski et al., 2003, J.Neurochem. 85:1279-88).
Ámbito científico (EuroSciVoc)
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
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Palabras clave
Palabras clave del proyecto indicadas por el coordinador del proyecto. No confundir con la taxonomía EuroSciVoc (Ámbito científico).
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Programa(s)
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
Tema(s)
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Convocatoria de propuestas
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
FP6-2002-MOBILITY-11
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Régimen de financiación
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Coordinador
WARSZAWA
Polonia
Los costes totales en que ha incurrido esta organización para participar en el proyecto, incluidos los costes directos e indirectos. Este importe es un subconjunto del presupuesto total del proyecto.