Network models for the computational design of proficient enzymes

Informations projet

NetMoDEzyme

N° de convention de subvention: 679001

DOI

10.3030/679001

Projet clôturé

Date de signature de la CE 9 Février 2016

Date de début 1 Mai 2016

Date de fin 31 Decembre 2022

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 1 445 587,50

Contribution de l’UE

€ 1 445 587,50

Coordonné par

UNIVERSITAT DE GIRONA
Spain

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Publications

Peer reviewed articles (30)

Enzyme Conformation Influences the Performance of Lipase-powered Nanomotors

Auteurs: Lei Wang; Marzia Marciello; Miquel Estévez-Gay; Paul Eduardo David Soto Rodriguez; Yurena Luengo Morato; Javier Iglesias-Fernández; Xin Huang; Sílvia Osuna; Sílvia Osuna; Marco Filice; Marco Filice; Samuel Sanchez
Publié dans: Angew. Chem. Int. Ed., Numéro 1, 2020, ISSN 1433-7851
Éditeur: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/anie.202008339

Exploring the Conversion of a d -Sialic Acid Aldolase into a l -KDO Aldolase

Auteurs: Adrian Romero-Rivera, Javier Iglesias-Fernández, Sílvia Osuna
Publié dans: European Journal of Organic Chemistry, Numéro 2018/20-21, 2018, Page(s) 2603-2608, ISSN 1434-193X
Éditeur: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/ejoc.201800103

Intrinsic enzymatic properties modulate the self-propulsion of micromotors

Auteurs: Xavier Arqué, Adrian Romero-Rivera, Ferran Feixas, Tania Patiño, Sílvia Osuna, Samuel Sánchez
Publié dans: Nature Communications, Numéro 10/1, 2019, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-019-10726-8

Regio‐ and Stereoselective Steroid Hydroxylation at C7 by Cytochrome P450 Monooxygenase Mutants

Auteurs: Aitao Li, Carlos G. Acevedo-Rocha, Lorenzo D'Amore, Jinfeng Chen, Yaqin Peng, Marc Garcia-Borràs, Chenghua Gao, Jinmei Zhu, Harry Rickerby, Sílvia Osuna, Jiahai Zhou, Manfred T. Reetz
Publié dans: Angew. Chem. Int. Ed, 2020, ISSN 1433-7851
Éditeur: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/anie.202003139

Insights into the molecular determinants of thermal stability in halohydrin dehalogenase HheD2.

Auteurs: Julia Wessel; Giovanna Petrillo; Miquel Estévez-Gay; Sandra Bosch; Margarita Seeger; Willem P. Dijkman; Javier Iglesias-Fernández; Aurelio Hidalgo; Isabel Usón; Sílvia Osuna; Anett Schallmey
Publié dans: FEBS Journal, Numéro 19, 2021, ISSN 1742-464X
Éditeur: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/febs.15777

Molecular Dynamics Simulations on Aspergillus niger Monoamine Oxidase: Conformational Dynamics and Inter‐monomer Communication Essential for Its Efficient Catalysis

Auteurs: Christian Curado-Carballada,FerranFeixas, and Sílvia Osuna
Publié dans: Adv. Synth. Catal, 2019, ISSN 1615-4150
Éditeur: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/adsc.201900158

Conformational Landscapes of Halohydrin Dehalogenases and Their Accessible Active Site Tunnels

Auteurs: Miquel Estévez-Gay; Javier Iglesias-Fernández; Sílvia Osuna
Publié dans: Catalysts, Numéro 13, 2020, ISSN 2073-4344
Éditeur: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/catal10121403

In Vivo Selection for Formate Dehydrogenases with High Efficiency and Specificity toward NADP +

Auteurs: Liliana Calzadiaz-Ramirez, Carla Calvó-Tusell, Gabriele M. M. Stoffel, Steffen N. Lindner, Sílvia Osuna, Tobias J. Erb, Marc Garcia-Borràs, Arren Bar-Even, Carlos G. Acevedo-Rocha
Publié dans: ACS Catalysis, Numéro 10/14, 2020, Page(s) 7512-7525, ISSN 2155-5435
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acscatal.0c01487

From the Design to the In Vivo Evaluation of Benzohomoadamantane-Derived Soluble Epoxide Hydrolase Inhibitors for the Treatment of Acute Pancreatitis.

Auteurs: Sandra Codony; Carla Calvó-Tusell; Elena Valverde; Sílvia Osuna; Christophe Morisseau; M. Isabel Loza; José Brea; Concepción Pérez; María Isabel Rodríguez-Franco; Javier Pizarro-Delgado; Javier Pizarro-Delgado; Rubén Corpas; Rubén Corpas; Christian Griñán-Ferré; Mercè Pallàs; Coral Sanfeliu; Coral Sanfeliu; Manuel Vázquez-Carrera; Manuel Vázquez-Carrera; Bruce D. Hammock; Ferran Fe
Publié dans: J. Med. Chem, Numéro 10, 2021, ISSN 0022-2623
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jmedchem.0c01601

Discovery and in Vivo Proof of Concept of a Highly Potent Dual Inhibitor of Soluble Epoxide Hydrolase and Acetylcholinesterase for the Treatment of Alzheimer's Disease

Auteurs: Codony Gisbert, Sandra; Pont Masanet, Caterina; Griñán Ferré, Christian; Di Pede-Mattatelli, Ania; Calvó-Tusell, Carla; Feixas, Ferran; Osuna, Sílvia; Jarné-Ferrer, Júlia; Naldi, Marina; Bartolini, Manuela; Loza, María Isabel; Brea, José; Bartolini; Pérez, Belén; Bartra, Clara; Sanfeliu i Pujol, Coral; Juárez Jiménez, Jordi; Morisseau, Christophe; Hammock, Bruce D.; Pallàs i Lliberí
Publié dans: J. Med. Chem., Numéro 3, 2022, ISSN 0022-2623
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jmedchem.1c02150

In Silico Identification and Experimental Validation of Distal Activity-Enhancing Mutations in Tryptophan Synthase.

Auteurs: Miguel A. Maria-Solano; Miguel A. Maria-Solano; Thomas Kinateder; Javier Iglesias-Fernández; Reinhard Sterner; Sílvia Osuna
Publié dans: ACS Catalysis, Numéro 19, 2021, ISSN 2155-5435
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acscatal.1c03950

Biocatalysis

Auteurs: Elizabeth L. Bell, William Finnigan, Scott P. France, Anthony P. Green, Martin A. Hayes, Lorna J. Hepworth, Sarah L. Lovelock, Haruka Niikura, Sílvia Osuna, Elvira Romero, Katherine S. Ryan, Nicholas J. Turner, Sabine L. Flitsch
Publié dans: Nature Reviews Methods Primers, 2021, ISSN 2662-8449
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s43586-021-00044-z

Synthesis, In Vitro Profiling, and In Vivo Evaluation of Benzohomoadamantane-Based Ureas for Visceral Pain: A New Indication for Soluble Epoxide Hydrolase Inhibitors

Auteurs: Sandra Codony; José M. Entrena; Carla Calvó-Tusell; Beatrice Jora; Rafael González-Cano; Sílvia Osuna; Rubén Corpas; Christophe Morisseau; Belén Pérez; Marta Barniol-Xicota; Christian Griñán-Ferré; Concepción Pérez; María Isabel Rodríguez-Franco; Antón L. Martínez; M. Isabel Loza; Mercè Pallàs; Steven H. L. Verhelst; Coral Sanfeliu; Ferran Feixas; Bruce D. Hammock; José Brea; En
Publié dans: J. Med. Chem, Numéro 8, 2022, ISSN 0022-2623
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jmedchem.2c00515

Deciphering the Allosterically Driven Conformational Ensemble in Tryptophan Synthase Evolution

Auteurs: Miguel A. Maria-Solano, Javier Iglesias-Fernández, Sílvia Osuna
Publié dans: Journal of the American Chemical Society, Numéro 141/33, 2019, Page(s) 13049-13056, ISSN 0002-7863
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/jacs.9b03646

Inducing high activity of a thermophilic enzyme at ambient temperatures by directed evolution

Auteurs: Guangyue Li, Miguel A. Maria-Solano, Adrian Romero-Rivera, Sílvia Osuna, Manfred T. Reetz
Publié dans: Chemical Communications, Numéro 53/68, 2017, Page(s) 9454-9457, ISSN 1359-7345
Éditeur: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/C7CC05377K

Role of Conformational Dynamics in the Evolution of Retro-Aldolase Activity

Auteurs: Adrian Romero-Rivera, Marc Garcia-Borràs, Sílvia Osuna
Publié dans: ACS Catalysis, Numéro 7/12, 2017, Page(s) 8524-8532, ISSN 2155-5435
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acscatal.7b02954

Exploring the origins of selectivity in soluble epoxide hydrolase from Bacillus megaterium

Auteurs: Eila Serrano-Hervás, Marc Garcia-Borràs, Sílvia Osuna
Publié dans: Organic & Biomolecular Chemistry, Numéro 15/41, 2017, Page(s) 8827-8835, ISSN 1477-0520
Éditeur: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/C7OB01847A

Computational tools for the evaluation of laboratory-engineered biocatalysts

Auteurs: Adrian Romero-Rivera, Marc Garcia-Borràs, Sílvia Osuna
Publié dans: Chem. Commun., Numéro 53/2, 2017, Page(s) 284-297, ISSN 1359-7345
Éditeur: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/C6CC06055B

Exploring the reversal of enantioselectivity on a zinc-dependent alcohol dehydrogenase

Auteurs: Miguel A. Maria-Solano, Adrian Romero-Rivera, Sílvia Osuna
Publié dans: Organic & Biomolecular Chemistry, Numéro 15/19, 2017, Page(s) 4122-4129, ISSN 1477-0520
Éditeur: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/c7ob00482f

Epoxide Hydrolase Conformational Heterogeneity for the Resolution of Bulky Pharmacologically Relevant Epoxide Substrates

Auteurs: Eila Serrano-Hervás, Guillem Casadevall, Marc Garcia-Borràs, Ferran Feixas, Sílvia Osuna
Publié dans: Chemistry - A European Journal, Numéro 24/47, 2018, Page(s) 12254-12258, ISSN 0947-6539
Éditeur: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/chem.201801068

Role of conformational dynamics in the evolution of novel enzyme function

Auteurs: Miguel A. Maria-Solano, Eila Serrano-Hervás, Adrian Romero-Rivera, Javier Iglesias-Fernández, Sílvia Osuna
Publié dans: Chemical Communications, Numéro 54/50, 2018, Page(s) 6622-6634, ISSN 1359-7345
Éditeur: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/c8cc02426j

Hidden Conformations in Aspergillus niger Monoamine Oxidase are Key for Catalytic Efficiency

Auteurs: Christian Curado-Carballada, Ferran Feixas, Javier Iglesias-Fernández, Sílvia Osuna
Publié dans: Angewandte Chemie International Edition, Numéro 58/10, 2019, Page(s) 3097-3101, ISSN 1433-7851
Éditeur: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/anie.201812532

2-Oxaadamant-1-yl Ureas as Soluble Epoxide Hydrolase Inhibitors: In Vivo Evaluation in a Murine Model of Acute Pancreatitis.

Auteurs: Sandra Codony; Eugènia Pujol; Javier G. Pizarro; Javier G. Pizarro; Ferran Feixas; Elena Valverde; M. Isabel Loza; José Brea; Elena Sáez; Julen Oyarzabal; Antonio Pineda-Lucena; Belén Pérez; Concepción Pérez; María Isabel Rodríguez-Franco; Rosana Leiva; Sílvia Osuna; Christophe Morisseau; Bruce D. Hammock; Manuel Vázquez-Carrera; Manuel Vázquez-Carrera; Santiago Vázquez
Publié dans: J. Med. Chem., Numéro 11, 2020, ISSN 0022-2623
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jmedchem.0c00310

Mutational Analysis of Linalool Dehydratase Isomerase Suggests That Alcohol and Alkene Transformations Are Catalyzed Using Noncovalent Mechanisms

Auteurs: Anibal Cuetos, Javier Iglesias-Fernández, Hamid-Reza Danesh-Azari, Erna Zukic, Adam Dowle, Sílvia Osuna, Gideon Grogan
Publié dans: ACS Catalysis, Numéro 10/19, 2020, Page(s) 11136-11146, ISSN 2155-5435
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acscatal.0c02958

Pervasive cooperative mutational effects on multiple catalytic enzyme traits emerge via long-range conformational dynamics

Auteurs: Carlos G. Acevedo-Rocha; Aitao Li; Aitao Li; Lorenzo D’Amore; Sabrina Hoebenreich; Joaquin Sanchis; Paul Lubrano; Paul Lubrano; Matteo P. Ferla; Marc Garcia-Borràs; Sílvia Osuna; Manfred T. Reetz; Manfred T. Reetz; Manfred T. Reetz
Publié dans: Nature Communications, Numéro 5, 2021, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/2020.04.14.041590

Estimating conformational heterogeneity of tryptophan synthase with a template-based Alphafold2 approach

Auteurs: Guillem Casadevall; Cristina Duran; Miquel Estévez‐Gay; Sílvia Osuna
Publié dans: Prot. Sci., Numéro 5, 2022, ISSN 1359-5040
Éditeur: Wiley-Blackwell
DOI: 10.1002/pro.4426

SBMOpenMM: A Builder of Structure-Based Models for OpenMM.

Auteurs: Martin Floor; Kengjie Li; Miquel Estévez-Gay; Luis Agulló; Pau Marc Muñoz-Torres; Jenn K. Hwang; Sílvia Osuna; Jordi Villà-Freixa; Jordi Villà-Freixa
Publié dans: J. Chem. Inf. Model., Numéro 1, 2021, ISSN 1549-9596
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jcim.1c00122

Time Evolution of the Millisecond Allosteric Activation of Imidazole Glycerol Phosphate Synthase

Auteurs: Carla Calvó-Tusell; Miguel A. Maria-Solano; Sílvia Osuna; Ferran Feixas
Publié dans: J. Am. Chem. Soc., Numéro 10, 2022, ISSN 0002-7863
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/jacs.1c12629

p38γ is essential for cell cycle progression and liver tumorigenesis

Auteurs: Antonia Tomás-Loba; Elisa Manieri; Elisa Manieri; Bárbara González-Terán; Alfonso Mora; Luis Leiva-Vega; Ayelén M Santamans; Rafael Romero-Becerra; Elena Rodríguez; Aránzazu Pintor-Chocano; Ferran Feixas; Juan Antonio López; Beatriz Caballero; Marianna Trakala; Oscar Blanco; Jorge L Torres; Lourdes Hernández-Cosido; Valle Montalvo-Romeral; Nuria Matesanz; Marta Roche-Molina; Juan A. Berna
Publié dans: Nature, Numéro 15, 2019, ISSN 0028-0836
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-019-1112-8

The challenge of predicting distal active site mutations in computational enzyme design

Auteurs: Sílvia Osuna
Publié dans: WIREs Computational Molecular Science, 2020, ISSN 1759-0876
Éditeur: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1002/wcms.1502