Nucleases in homologous recombination: from basic principles to genome editing

Informations projet

HRMECH

N° de convention de subvention: 681630

DOI

10.3030/681630

Projet clôturé

Date de signature de la CE 8 Août 2016

Date de début 1 Octobre 2016

Date de fin 31 Mars 2022

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 1 999 014,00

Contribution de l’UE

€ 1 999 014,00

Coordonné par

FONDAZIONE PER L'ISTITUTO DI RICERCA IN BIOMEDICINA
Switzerland

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Publications

Peer reviewed articles (32)

Phosphorylation of the RecQ Helicase Sgs1/BLM Controls Its DNA Unwinding Activity during Meiosis and Mitosis

Auteurs: Rokas Grigaitis, Lepakshi Ranjha, Philipp Wild, Kristina Kasaciunaite, Ilaria Ceppi, Vera Kissling, Adrian Henggeler, Aitor Susperregui, Matthias Peter, Ralf Seidel, Petr Cejka, Joao Matos
Publié dans: Developmental Cell, Numéro 53/6, 2020, Page(s) 706-723.e5, ISSN 1534-5807
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.devcel.2020.05.016

Crossover or non-crossover outcomes: tailored processing of homologous recombination intermediates

Auteurs: Sanchez, A.,Reginato, G., Cejka, P.
Publié dans: Curr Opin Genet Dev, 2021, ISSN 0959-437X
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.gde.2021.06.012

Regulation of the MLH1–MLH3 endonuclease in meiosis

Auteurs: Elda Cannavo, Aurore Sanchez, Roopesh Anand, Lepakshi Ranjha, Jannik Hugener, Céline Adam, Ananya Acharya, Nicolas Weyland, Xavier Aran-Guiu, Jean-Baptiste Charbonnier, Eva R. Hoffmann, Valérie Borde, Joao Matos, Petr Cejka
Publié dans: Nature, Numéro 586/7830, 2020, Page(s) 618-622, ISSN 0028-0836
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-020-2592-2

CtIP promotes the motor activity of DNA2 to accelerate long-range DNA end resection

Auteurs: Ilaria Ceppi, Sean M. Howard, Kristina Kasaciunaite, Cosimo Pinto, Roopesh Anand, Ralf Seidel, Petr Cejka
Publié dans: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numéro 117/16, 2020, Page(s) 8859-8869, ISSN 0027-8424
Éditeur: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2001165117

MCM8IP activates the MCM8-9 helicase to promote DNA synthesis and homologous recombination upon DNA damage

Auteurs: Jen-Wei Huang, Ananya Acharya, Angelo Taglialatela, Tarun S. Nambiar, Raquel Cuella-Martin, Giuseppe Leuzzi, Samuel B. Hayward, Sarah A. Joseph, Gregory J. Brunette, Roopesh Anand, Rajesh K. Soni, Nathan L. Clark, Kara A. Bernstein, Petr Cejka, Alberto Ciccia
Publié dans: Nature Communications, Numéro 11/1, 2020, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-020-16718-3

The Pif1 helicase is actively inhibited during meiotic recombination which restrains gene conversion tract length

Auteurs: Dipti Vinayak Vernekar, Giordano Reginato, Céline Adam, Lepakshi Ranjha, Florent Dingli, Marie-Claude Marsolier, Damarys Loew, Raphaël Guérois, Bertrand Llorente, Petr Cejka, Valérie Borde
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 49/8, 2021, Page(s) 4522-4533, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkab232

A Disease-Causing Single Amino Acid Deletion in the Coiled-Coil Domain of RAD50 Impairs MRE11 Complex Functions in Yeast and Humans

Auteurs: Marie Chansel-Da Cruz, Marcel Hohl, Ilaria Ceppi, Laëtitia Kermasson, Laurence Maggiorella, Mauro Modesti, Jean-Pierre de Villartay, Talia Ileri, Petr Cejka, John H.J. Petrini, Patrick Revy
Publié dans: Cell Reports, Numéro 33/13, 2020, Page(s) 108559, ISSN 2211-1247
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2020.108559

Mre11-Rad50 oligomerization promotes DNA double-strand break repair

Auteurs: Kissling, V. M., Reginato, G., Bianco, E., Kasaciunaite, K., Tilma, J., Cereghetti, G., Schindler, N., Lee, S. S., Guerois, R., Luke, B. ,Seidel, R., Cejka, P., Peter, M.
Publié dans: Nat Commun, 2022, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-29841-0

Molecular basis of the dual role of the Mlh1-Mlh3 endonuclease in MMR and in meiotic crossover formation

Auteurs: Dai, J., Sanchez, A., Adam, C., Ranjha, L., Reginato, G., Chervy, P., Tellier-Lebegue, C., Andreani, J., Guerois, R., Ropars, V., Le Du, M. H., Maloisel, L., Martini, E., Legrand, P., Thureau, A., Cejka, P., Borde, V., Charbonnier, J. B.
Publié dans: Proc Natl Acad Sci U S A, 2021, ISSN 0027-8424
Éditeur: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2022704118

Inhibition of MRN activity by a telomere protein motif

Auteurs: Khayat, F., Cannavo, E., Alshmery, M., Foster, W. R., Chahwan, C., Maddalena, M., Smith, C., Oliver, A. W., Watson, A. T., Carr, A. M., Cejka, P., Bianchi, A.
Publié dans: Nat Commun, 2021, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-24047-2

MRE11-RAD50-NBS1 Complex Is Sufficient to Promote Transcription by RNA Polymerase II at Double-Strand Breaks by Melting DNA Ends

Auteurs: Sheetal Sharma, Roopesh Anand, Xuzhu Zhang, Sofia Francia, Flavia Michelini, Alessandro Galbiati, Hannah Williams, Daryl A. Ronato, Jean-Yves Masson, Eli Rothenberg, Petr Cejka, Fabrizio d’Adda di Fagagna
Publié dans: Cell Reports, Numéro 34/1, 2021, Page(s) 108565, ISSN 2211-1247
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2020.108565

The MRE11 complex: A versatile toolkit for the repair of broken DNA

Auteurs: Giordano Reginato, Petr Cejka
Publié dans: DNA Repair, Numéro 91-92, 2020, Page(s) 102869, ISSN 1568-7864
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.dnarep.2020.102869

Exo1 recruits Cdc5 polo kinase to MutLγ to ensure efficient meiotic crossover formation

Auteurs: Aurore Sanchez, Céline Adam, Felix Rauh, Yann Duroc, Lepakshi Ranjha, Bérangère Lombard, Xiaojing Mu, Mélody Wintrebert, Damarys Loew, Alba Guarné, Stefano Gnan, Chun-Long Chen, Scott Keeney, Petr Cejka, Raphaël Guérois, Franz Klein, Jean-Baptiste Charbonnier, Valérie Borde
Publié dans: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numéro 117/48, 2020, Page(s) 30577-30588, ISSN 0027-8424
Éditeur: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2013012117

Physiological protein blocks direct the Mre11–Rad50–Xrs2 and Sae2 nuclease complex to initiate DNA end resection

Auteurs: Giordano Reginato, Elda Cannavo, Petr Cejka
Publié dans: Genes & Development, Numéro 31/23-24, 2017, Page(s) 2325-2330, ISSN 0890-9369
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gad.308254.117

Restoration of Replication Fork Stability in BRCA1- and BRCA2-Deficient Cells by Inactivation of SNF2-Family Fork Remodelers

Auteurs: Angelo Taglialatela, Silvia Alvarez, Giuseppe Leuzzi, Vincenzo Sannino, Lepakshi Ranjha, Jen-Wei Huang, Chioma Madubata, Roopesh Anand, Brynn Levy, Raul Rabadan, Petr Cejka, Vincenzo Costanzo, Alberto Ciccia
Publié dans: Molecular Cell, Numéro 68/2, 2017, Page(s) 414-430.e8, ISSN 1097-2765
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2017.09.036

Main steps in DNA double-strand break repair: an introduction to homologous recombination and related processes

Auteurs: Lepakshi Ranjha, Sean M. Howard, Petr Cejka
Publié dans: Chromosoma, Numéro 127/2, 2018, Page(s) 187-214, ISSN 0009-5915
Éditeur: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00412-017-0658-1

Stepwise 5′ DNA end-specific resection of DNA breaks by the Mre11-Rad50-Xrs2 and Sae2 nuclease ensemble

Auteurs: Elda Cannavo, Giordano Reginato, Petr Cejka
Publié dans: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numéro 116/12, 2019, Page(s) 5505-5513, ISSN 0027-8424
Éditeur: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.1820157116

Regulatory control of DNA end resection by Sae2 phosphorylation

Auteurs: Elda Cannavo, Dominic Johnson, Sara N. Andres, Vera M. Kissling, Julia K. Reinert, Valerie Garcia, Dorothy A. Erie, Daniel Hess, Nicolas H. Thomä, Radoslav I. Enchev, Matthias Peter, R. Scott Williams, Matt J. Neale, Petr Cejka
Publié dans: Nature Communications, Numéro 9/1, 2018, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-018-06417-5

Seeing is believing: DNA zipping promotes DNA repair

Auteurs: Petr Cejka
Publié dans: Journal of Biological Chemistry, Numéro 294/9, 2019, Page(s) 3321-3322, ISSN 0021-9258
Éditeur: American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc.
DOI: 10.1074/jbc.h119.007814

NBS1 promotes the endonuclease activity of the MRE11‐RAD50 complex by sensing CtIP phosphorylation

Auteurs: Roopesh Anand, Arti Jasrotia, Diana Bundschuh, Sean Michael Howard, Lepakshi Ranjha, Manuel Stucki, Petr Cejka
Publié dans: The EMBO Journal, Numéro 38/7, 2019, Page(s) e101005, ISSN 0261-4189
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/embj.2018101005

BRCA2 controls DNA:RNA hybrid level at DSBs by mediating RNase H2 recruitment

Auteurs: Giuseppina D’Alessandro, Donna Rose Whelan, Sean Michael Howard, Valerio Vitelli, Xavier Renaudin, Marek Adamowicz, Fabio Iannelli, Corey Winston Jones-Weinert, MiYoung Lee, Valentina Matti, Wei Ting C. Lee, Michael John Morten, Ashok Raraakrishnan Venkitaraman, Petr Cejka, Eli Rothenberg, Fabrizio d’Adda di Fagagna
Publié dans: Nature Communications, Numéro 9/1, 2018, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-018-07799-2

Sumoylation regulates the stability and nuclease activity of Saccharomyces cerevisiae Dna2

Auteurs: Lepakshi Ranjha, Maryna Levikova, Veronika Altmannova, Lumir Krejci, Petr Cejka
Publié dans: Communications Biology, Numéro 2/1, 2019, ISSN 2399-3642
Éditeur: Nature publishing group
DOI: 10.1038/s42003-019-0428-0

Competing interaction partners modulate the activity of Sgs1 helicase during DNA end resection

Auteurs: Kristina Kasaciunaite, Fergus Fettes, Maryna Levikova, Peter Daldrop, Roopesh Anand, Petr Cejka, Ralf Seidel
Publié dans: The EMBO Journal, Numéro 38/13, 2019, ISSN 0261-4189
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/embj.2019101516

Sae2 and Rif2 regulate MRX endonuclease activity at DNA double-strand breaks in opposite manners

Auteurs: Antonio Marsella, Elisa Gobbini, Corinne Cassani, Renata Tisi, Elda Cannavo, Giordano Reginato, Petr Cejka, Maria Pia Longhese
Publié dans: Cell Reports, Numéro 34/13, 2021, Page(s) 108906, ISSN 2211-1247
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2021.108906

Phosphorylated CtIP bridges DNA to promote annealing of broken ends

Auteurs: Robin Öz, Sean M. Howard, Rajhans Sharma, Hanna Törnkvist, Ilaria Ceppi, Sriram KK, Erik Kristiansson, Petr Cejka, Fredrik Westerlund
Publié dans: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numéro 117/35, 2020, Page(s) 21403-21412, ISSN 0027-8424
Éditeur: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2008645117

The internal region of CtIP negatively regulates DNA end resection

Auteurs: Sean Michael Howard, Ilaria Ceppi, Roopesh Anand, Roger Geiger, Petr Cejka
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 48/10, 2020, Page(s) 5485-5498, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkaa273

DNA End Resection: Mechanism and Control

Auteurs: Cejka, P., Symington, L. S.
Publié dans: Annu Rev Genet, 2021, ISSN 0066-4197
Éditeur: Annual Reviews, Inc.
DOI: 10.1146/annurev-genet-071719-020312

Regulated Proteolysis of MutSγ Controls Meiotic Crossing Over

Auteurs: Wei He, H.B.D. Prasada Rao, Shangming Tang, Nikhil Bhagwat, Dhananjaya S. Kulkarni, Yunmei Ma, Maria A.W. Chang, Christie Hall, Junxi Wang Bragg, Harrison S. Manasca, Christa Baker, Gerrik F. Verhees, Lepakshi Ranjha, Xiangyu Chen, Nancy M. Hollingsworth, Petr Cejka, Neil Hunter
Publié dans: Molecular Cell, Numéro 78/1, 2020, Page(s) 168-183.e5, ISSN 1097-2765
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2020.02.001

The iron–sulphur cluster in human DNA2 is required for all biochemical activities of DNA2

Auteurs: Laura Mariotti, Sebastian Wild, Giulia Brunoldi, Alessandra Piceni, Ilaria Ceppi, Sandra Kummer, Richard E. Lutz, Petr Cejka, Kerstin Gari
Publié dans: Communications Biology, Numéro 3/1, 2020, ISSN 2399-3642
Éditeur: Nature publishing group
DOI: 10.1038/s42003-020-1048-4

The CDK1-TOPBP1-PLK1 axis regulates the Bloom's syndrome helicase BLM to suppress crossover recombination in somatic cells

Auteurs: Balbo Pogliano, C., Ceppi, I., Giovannini, S., Petroulaki, V.,Palmer, N.,Uliana, F.,Gatti, M. Kasaciunaite, K.,Freire, R.,Seidel, R.,Altmeyer, M.,Cejka, P.,Matos, J.
Publié dans: Sci Adv, 2022, ISSN 2375-2548
Éditeur: American Association for the Advancement of Science’s (AAAS)
DOI: 10.1126/sciadv.abk0221

MRNIP is a replication fork protection factor

Auteurs: L. G. Bennett, A. M. Wilkie, E. Antonopoulou, I. Ceppi, A. Sanchez, E. G. Vernon, A. Gamble, K. N. Myers, S. J. Collis, P. Cejka, C. J. Staples
Publié dans: Science Advances, Numéro 6/28, 2020, Page(s) eaba5974, ISSN 2375-2548
Éditeur: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/sciadv.aba5974

Distinct RPA domains promote recruitment and the helicase-nuclease activities of Dna2

Auteurs: Acharya, A., Kasaciunaite, K., Gose, M., Kissling, V., Guerois, R., Seidel, R., Cejka, P.
Publié dans: Nat Commun, 2021, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-26863-y

Book chapters (2)

Methods to Study DNA End Resection I: Recombinant Protein Purification

Auteurs: Roopesh Anand, Cosimo Pinto, Petr Cejka
Publié dans: Mechanisms of DNA Recombination and Genome Rearrangements: Methods to Study Homologous Recombination, Numéro 600, 2018, Page(s) 25-66, ISBN 9780-128144299
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.1016/bs.mie.2017.11.008

Methods to Study DNA End Resection II: Biochemical Reconstitution Assays

Auteurs: Cosimo Pinto, Roopesh Anand, Petr Cejka
Publié dans: Mechanisms of DNA Recombination and Genome Rearrangements: Methods to Study Homologous Recombination, Numéro 600, 2018, Page(s) 67-106, ISBN 9780-128144299
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.1016/bs.mie.2017.11.009

Non-peer reviewed articles (1)

Single-molecule studies illuminate the function of RAD51 paralogs

Auteurs: Petr Cejka
Publié dans: Molecular Cell, Numéro 81/5, 2021, Page(s) 898-900, ISSN 1097-2765
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2021.01.037