Modern Pattern Matching

Informations projet

MPM

N° de convention de subvention: 683064

DOI

10.3030/683064

Projet clôturé

Date de signature de la CE 19 Decembre 2016

Date de début 1 Juillet 2017

Date de fin 31 Août 2025

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 1 994 609,00

Contribution de l’UE

€ 1 994 609,00

Coordonné par

BAR ILAN UNIVERSITY
Israel

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Publications

Conference proceedings (27)

Faster Approximate Pattern Matching: A Unified Approach

Auteurs: Charalampopoulos, Panagiotis; Kociumaka, Tomasz; Wellnitz, Philip
Publié dans: 2020 IEEE 61st Annual Symposium on Foundations of Computer Science (FOCS), Numéro 61, 2020, Page(s) 978-989
Éditeur: IEEE
DOI: 10.1109/focs46700.2020.00095

String Factorization via Prefix Free Families

Auteurs: Matan Kraus, Moshe Lewenstein, Alexandru Popa, Ely Porat, Yonathan Sadia
Publié dans: 34th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching, CPM 2023, Marne-la-Vall{'}ee, France, June 26-28, 2023, Numéro 259, 2023, Page(s) 19:1--19:10
Éditeur: "Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum f{""}ur Informatik"
DOI: 10.4230/lipics.cpm.2023.19

Time-Space Tradeoffs for Finding a Long Common Substring

Auteurs: Ben-Nun, Stav; Golan, Shay; Kociumaka, Tomasz; Kraus, Matan
Publié dans: 31st Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching, {CPM} 2020, Numéro 1, 2020
Éditeur: "Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum f{\""{u}}r Informatik"
DOI: 10.4230/lipics.cpm.2020.5

Support Optimality and Adaptive Cuckoo Filters

Auteurs: Tsvi Kopelowitz; Samuel McCauley; Ely Porat
Publié dans: Algorithms and Data Structures - 17th International Symposium, {WADS}, Numéro 1, 2021
Éditeur: Springer
DOI: 10.1007/978-3-030-83508-8_40

String Problems in the Congested Clique Model

Auteurs: Shay Golan, Matan Kraus
Publié dans: 36th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching, CPM 2025, Milan, Italy, June 17-19, 2025, Numéro 331, 2025, Page(s) 6:1--6:23
Éditeur: "Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum f{""}ur Informatik"
DOI: 10.4230/lipics.cpm.2025.6

Towards a Definitive Measure of Repetitiveness

Auteurs: Tomasz Kociumaka; Gonzalo Navarro; Nicola Prezza
Publié dans: 14TH LATIN AMERICAN THEORETICAL INFORMATICS SYMPOSIUM, Numéro 1, 2020
Éditeur: Springer
DOI: 10.1007/978-3-030-61792-9_17

Improved Circular $k$-Mismatch Sketches

Auteurs: Golan, Shay; Kociumaka, Tomasz; Kopelowitz, Tsvi; Porat, Ely; Uznański, Przemysław
Publié dans: Approximation, Randomization, and Combinatorial Optimization. Algorithms and Techniques, {APPROX/RANDOM} 2020, Numéro 5, 2020
Éditeur: "Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum f{\""{u}}r Informatik"
DOI: 10.4230/lipics.approx/random.2020.46

Incremental Edge Orientation in Forests

Auteurs: Michael A. Bender, Tsvi Kopelowitz, William Kuszmaul, Ely Porat, Clifford Stein:
Publié dans: 29th Annual European Symposium on Algorithms (ESA 2021), 2021, Page(s) 12:1--12:18, ISBN 978-3-95977-204-4
Éditeur: "Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum f{\""u}r Informatik"
DOI: 10.4230/lipics.esa.2021.12

An $O(\log^{3/2}n)$ Parallel Time Population Protocol for Majority with $O(\log n)$ States

Auteurs: Ben-Nun, Stav; Kopelowitz, Tsvi; Kraus, Matan; Porat, Ely
Publié dans: {PODC} '20: {ACM} Symposium on Principles of Distributed Computing, Numéro 1, 2020
Éditeur: ACM
DOI: 10.1145/3382734.3405747

Removing the log Factor from (min, +)-Products on Bounded Range Integer Matrices

Auteurs: Dvir Fried ,Tsvi Kopelowitz ,Ely Porat
Publié dans: 2024
Éditeur: "Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum f{""o""}r Informatik"
DOI: 10.4230/lipics.esa.2024.57

Hairpin Completion Distance Lower Bound

Auteurs: Itai Boneh, Dvir Fried, Shay Golan, Matan Kraus
Publié dans: 35th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching, CPM 2024, Fukuoka, Japan, June 25-27, 2024, Numéro 296, 2024, Page(s) 11:1--11:16
Éditeur: "Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum f{""}ur Informatik"
DOI: 10.4230/lipics.cpm.2024.11

RLE edit distance in near optimal time

Auteurs: Clifford, Raphaël; Gawrychowski, Pawel; Kociumaka, Tomasz; Martin, Daniel P.; Uznanski, Przemyslaw
Publié dans: 44th International Symposium on Mathematical Foundations of Computer Science, {MFCS} 2019, 2019
Éditeur: "Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum f{\""{u}}r Informatik}"
DOI: 10.4230/lipics.mfcs.2019.66

FiSSC: Finding smallest sequence covers to sets of degenerate reads with applications to RNA editing

Auteurs: Ido Tziony, Jonathan Mandl, Kobi Shapira, Eli Eisenberg, Ely Porat, Yaron Orenstein
Publié dans: Proceedings of the 15th ACM International Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Health Informatics, 2025, Page(s) 1-10
Éditeur: ACM
DOI: 10.1145/3698587.3701363

The Streaming k-Mismatch Problem: Tradeoffs Between Space and Total Time

Auteurs: Golan, Shay; Kociumaka, Tomasz; Kopelowitz, Tsvi; Porat, Ely
Publié dans: 31st Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching, {CPM} 2020, 2020, Page(s) 15:1--15:15
Éditeur: "Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum f{\""{u}}r Informatik"
DOI: 10.4230/lipics.cpm.2020.15

Distance Labeling for Families of Cycles

Auteurs: Shur, Arseny M.; Rubinchik, Mikhail
Publié dans: SOFSEM 2024: Theory and Practice of Computer Science, Numéro 49, 2024, Page(s) 471–484, ISBN 978-3-031-52113-3
Éditeur: Springer, Cham
DOI: 10.1007/978-3-031-52113-3_33

String synchronizing sets: sublinear-time BWT construction and optimal LCE data structure

Auteurs: Dominik Kempa; Tomasz Kociumaka
Publié dans: Proceedings of the 51st Annual {ACM} {SIGACT} Symposium on Theory of Computing, {STOC}, Numéro 5, 2019
Éditeur: ACM
DOI: 10.1145/3313276.3316368

A Simple Algorithm for Approximating the Text-To-Pattern Hamming Distance

Auteurs: Kopelowitz, Tsvi ; Porat, Ely
Publié dans: 1st Symposium on Simplicity in Algorithms (SOSA 2018), 2018
Éditeur: Schloss Dagstuhl--Leibniz-Zentrum fuer Informatik
DOI: 10.4230/oasics.sosa.2018.10

Improved Worst-Case Deterministic Parallel Dynamic Minimum Spanning Forest

Auteurs: Tsvi Kopelowitz, Ely Porat, Yair Rosenmutter
Publié dans: Proceeding SPAA '18 Proceedings of the 30th on Symposium on Parallelism in Algorithms and Architectures, 2018, Page(s) 333-341, ISBN 978-1-4503-5799-9
Éditeur: ACM
DOI: 10.1145/3210377.3210403

Towards Optimal Approximate Streaming Pattern Matching by Matching Multiple Patterns in Multiple Streams

Auteurs: Golan, Shay ; Kopelowitz, Tsvi ; Porat, Ely
Publié dans: 45th International Colloquium on Automata, Languages, and Programming (ICALP 2018), 2018, Page(s) 65:1--65:16, ISBN 978-3-95977-076-7
Éditeur: Schloss Dagstuhl--Leibniz-Zentrum fuer Informatik
DOI: 10.4230/lipics.icalp.2018.65

Weighted Shortest Common Supersequence Problem Revisited

Auteurs: Panagiotis Charalampopoulos, Tomasz Kociumaka, Solon P. Pissis, Jakub Radoszewski, Wojciech Rytter, Juliusz Straszyński, Tomasz Waleń, Wiktor Zuba
Publié dans: String Processing and Information Retrieval - 26th International Symposium, SPIRE 2019, Segovia, Spain, October 7–9, 2019, Proceedings, Numéro 11811, 2019, Page(s) 221-238, ISBN 978-3-030-32685-2
Éditeur: Springer International Publishing
DOI: 10.1007/978-3-030-32686-9_16

Quasi-Linear-Time Algorithm for Longest Common Circular Factor

Auteurs: Alzamel, Mai; Crochemore, Maxime; Iliopoulos, Costas S.; Kociumaka, Tomasz; Radoszewski, Jakub; Rytter, Wojciech; Straszynski, Juliusz; Walen, Tomasz; Zuba, Wiktor
Publié dans: 30th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM 2019), Numéro 30, 2019, Page(s) 25:1-25:14, ISBN 978-3-95977-103-0
Éditeur: Schloss-Dagstuhl - Leibniz Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/lipics.cpm.2019.25

Improved Circular $k$-Mismatch Sketches

Auteurs: Golan, Shay; Kociumaka, Tomasz; Kopelowitz, Tsvi; Porat, Ely; Uznański, Przemysław
Publié dans: Approximation, Randomization, and Combinatorial Optimization. Algorithms and Techniques, {APPROX/RANDOM}, Numéro 1, 2020
Éditeur: "Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum f{\""{u}}r Informatik"

On the Hardness of Set Disjointness and Set Intersection with Bounded Universe

Auteurs: Goldstein, Isaac; Lewenstein, Moshe; Porat, Ely
Publié dans: 30th International Symposium on Algorithms and Computation, {ISAAC} 2019, Numéro 2, 2019
Éditeur: "Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum f{\""{u}}r Informatik"
DOI: 10.4230/lipics.isaac.2019.7

Resolution of the Burrows-Wheeler Transform Conjecture

Auteurs: Dominik Kempa; Tomasz Kociumaka
Publié dans: 61st {IEEE} Annual Symposium on Foundations of Computer Science, {FOCS}, Numéro 1, 2020
Éditeur: IEEE
DOI: 10.1109/focs46700.2020.00097

Searching 2D-Strings for Matching Frames

Auteurs: Itai Boneh, Dvir Fried, Shay Golan, Matan Kraus, Adrian Miclaus, Arseny Shur
Publié dans: 35th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching, CPM 2024, Fukuoka, Japan, June 25-27, 2024, Numéro 296, 2024, Page(s) 10:1--10:19
Éditeur: "Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum f{""}ur Informatik"
DOI: 10.4230/lipics.cpm.2024.10

An Improved Algorithm for The <i>k</i>-Dyck Edit Distance Problem

Auteurs: Fried, Dvir; Golan, Shay; Kociumaka, Tomasz; Kopelowitz, Tsvi; Porat, Ely; Starikovskaya, Tatiana
Publié dans: Proceedings of the 2022 Annual ACM-SIAM Symposium on Discrete Algorithms (SODA), 2022, Page(s) 3650 - 3669, ISBN 978-1-61197-707-3
Éditeur: Society for Industrial and Applied Mathematics (SIAM)
DOI: 10.1137/1.9781611977073.144

On Longest Common Property Preserved Substring Queries

Auteurs: Kazuki Kai, Yuto Nakashima, Shunsuke Inenaga, Hideo Bannai, Masayuki Takeda, Tomasz Kociumaka
Publié dans: String Processing and Information Retrieval - 26th International Symposium, SPIRE 2019, Segovia, Spain, October 7–9, 2019, Proceedings, Numéro 11811, 2019, Page(s) 162-174, ISBN 978-3-030-32685-2
Éditeur: Springer International Publishing
DOI: 10.1007/978-3-030-32686-9_12

Peer reviewed articles (9)

Iteration-Free quantum approximate optimization algorithm using neural networks

Auteurs: Ohad Amosy, Tamuz Danzig, Ohad Lev, Ely Porat, Gal Chechik, Adi Makmal
Publié dans: Quantum Machine Intelligence, Numéro 6, 2024, ISSN 2524-4906
Éditeur: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1007/s42484-024-00159-y

Indexing weighted sequences: Neat and efficient

Auteurs: Carl Barton; Tomasz Kociumaka; Tomasz Kociumaka; Chang Liu; Solon P. Pissis; Jakub Radoszewski
Publié dans: Information and Computation,, Numéro 270, 2020, ISSN 0890-5401
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.1016/j.ic.2019.104462

Internal Dictionary Matching

Auteurs: Panagiotis Charalampopoulos; Tomasz Kociumaka; Manal Mohamed; Jakub Radoszewski; Jakub Radoszewski; Wojciech Rytter; Tomasz Waleń
Publié dans: Algorithmica, Numéro 83, 2021, Page(s) 2142–2169, ISSN 1432-0541
Éditeur: Springer
DOI: 10.1007/s00453-021-00821-y

Partial permutations comparison, maintenance and applications

Auteurs: Avivit Levy, Ely Porat, B. Riva Shalom
Publié dans: Theoretical Computer Science, Numéro 1054, 2025, Page(s) 115433, ISSN 0304-3975
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tcs.2025.115433

String Periods in the Order-Preserving Model

Auteurs: Garance Gourdel; Tomasz Kociumaka; Tomasz Kociumaka; Jakub Radoszewski; Wojciech Rytter; Arseny M. Shur; Tomasz Waleń
Publié dans: Information and Computation, Numéro 270, 2020, ISSN 0890-5401
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.1016/j.ic.2019.104463

Optimal-Time Dictionary-Compressed Indexes

Auteurs: Anders Roy Christiansen; Mikko Berggren Ettienne; Tomasz Kociumaka; Gonzalo Navarro; Nicola Prezza
Publié dans: ACM Transactions on Algorithms, Numéro 17, 2021, Page(s) 8:1-8:39, ISSN 1549-6333
Éditeur: Association for Computing Machinery, New York, NY, United States
DOI: 10.1145/3426473

Toward a Definitive Compressibility Measure for Repetitive Sequences

Auteurs: Tomasz Kociumaka; Gonzalo Navarro; Nicola Prezza
Publié dans: IEEE Transactions on Information Theory, Numéro 69, 2023, Page(s) 2074 - 2092, ISSN 1557-9654
Éditeur: IEEE
DOI: 10.1109/tit.2022.3224382

Circular Pattern Matching with k Mismatches.

Auteurs: Panagiotis Charalampopoulos; Tomasz Kociumaka; Tomasz Kociumaka; Solon P. Pissis; Jakub Radoszewski; Wojciech Rytter; Juliusz Straszyński; Tomasz Waleń; Wiktor Zuba
Publié dans: Journal of Computer and System Sciences, Numéro 115, 2024, Page(s) 73-85, ISSN 0022-0000
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jcss.2020.07.003

Maximal unbordered factors of random strings

Auteurs: Patrick Hagge Cording; Travis Gagie; Mathias Bæk Tejs Knudsen; Tomasz Kociumaka; Tomasz Kociumaka
Publié dans: Theor. Comput. Sci., Numéro 2, 2021, ISSN 0304-3975
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tcs.2020.11.019

Book chapters (3)

Burst Edit Distance

Auteurs: Itai Boneh, Shay Golan, Avivit Levy, Ely Porat, B. Riva Shalom
Publié dans: Lecture Notes in Computer Science, String Processing and Information Retrieval, Numéro 41--56, 2024, Page(s) 41-56
Éditeur: Springer Nature Switzerland
DOI: 10.1007/978-3-031-72200-4_4

Locally Consistent Parsing for Text Indexing in Small Space

Auteurs: Or Birenzwige, Shay Golan, Ely Porat
Publié dans: Proceedings of the Fourteenth Annual ACM-SIAM Symposium on Discrete Algorithms, 2019, Page(s) 607-626
Éditeur: Society for Industrial and Applied Mathematics
DOI: 10.1137/1.9781611975994.37

Monitoring Distributed Systems Based on Partial Order Executions with Global States

Auteurs: Moran Omer, Doron Peled, Ely Porat, Vijay K. Garg
Publié dans: Lecture Notes in Computer Science, Runtime Verification, 2025, Page(s) 252-273
Éditeur: Springer Nature Switzerland
DOI: 10.1007/978-3-032-05435-7_15

Other (2)

$\{-1,0,1\}$-APSP and (min,max)-Product Problems

Auteurs: Barr, Hodaya; Kopelowitz, Tsvi; Porat, Ely; Roditty, Liam
Publié dans: ARXIV, Numéro 1, 2019
Éditeur: ARXIV

The Strong 3SUM-INDEXING Conjecture is False

Auteurs: Kopelowitz, Tsvi; Porat, Ely
Publié dans: ARXIV, Numéro 1, 2019
Éditeur: ARXIV