Objetivo
In the human genome, many G-rich sequences have the potential to form 4-stranded non-canonical secondary structures known as G-quadruplexes (G4s). G4 structures have been visualized in nuclei by immunofluorescence and mapped genome-wide to regulatory chromatin regions linked to elevated transcription using G4 chromatin immunoprecipitation and high-throughput sequencing (G4 ChIP-seq). G4s are implicated in gene regulation, DNA replication and genome instability, yet little is known about their protein interaction partners or role in regulating genome activity.
We therefore propose to develop G4 Rapid Immunoprecipitation Mass Spectrometry of Endogenous Proteins (G4 RIME) methodologies to elucidate the G4 interactome within a native chromatin context. ChIP-seq of protein candidates coupled with G4 ChIP-seq will verify binding at endogenous G4 structures. Using established biophysical and biochemical techniques, we will investigate binding modes, recruitment and effects on G4 dynamics. Consecutive chromatin immunoprecipitation steps using antibodies targeting characteristic chromatin marks as well as G4 ChIP-seq supported by bioinformatics analysis of genomic databases will identify proteins involved in transcriptional regulation. We will then test the consequence of stabilising G4s with small molecule ligands on the G4 interactome and how this is modulated during genomic stress. Cells genetically deficient in G4-interacting proteins will enable detailed exploration of G4 formation and transcriptional effects.
This highly interdisciplinary project will provide a wide range of excellent training opportunities exploiting the Balasubramanian group’s unique position with laboratories at the Cancer Research UK Cambridge Institute (CRUK CI) and the Department of Chemistry. Overall, the studies will generate novel functional insights in the G4 biology that may ultimately lead to the identification of mechanisms and pathways for new anti-cancer agents.
Ámbito científico (EuroSciVoc)
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
- ciencias naturales ciencias biológicas bioquímica biomoléculas proteínas proteómica
- ciencias naturales ciencias biológicas genética ADN
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Programa(s)
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
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H2020-EU.1.3. - EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions
PROGRAMA PRINCIPAL
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H2020-EU.1.3.2. - Nurturing excellence by means of cross-border and cross-sector mobility
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Tema(s)
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Régimen de financiación
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
MSCA-IF-EF-ST - Standard EF
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Convocatoria de propuestas
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
(se abrirá en una nueva ventana) H2020-MSCA-IF-2016
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Aportación financiera neta de la UE. Es la suma de dinero que recibe el participante, deducida la aportación de la UE a su tercero vinculado. Considera la distribución de la aportación financiera de la UE entre los beneficiarios directos del proyecto y otros tipos de participantes, como los terceros participantes.
CB2 1TN CAMBRIDGE
Reino Unido
Los costes totales en que ha incurrido esta organización para participar en el proyecto, incluidos los costes directos e indirectos. Este importe es un subconjunto del presupuesto total del proyecto.