Hypermutated tumors: insight into genome maintenance and cancer vulnerabilities provided by an extreme burden of somatic mutations

Informations projet

HYPER-INSIGHT

N° de convention de subvention: 757700

DOI 10.3030/757700

Projet clôturé

Date de signature de la CE 19 Septembre 2017

Date de début 1 Février 2018

Date de fin 31 Janvier 2024

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total € 1 499 812,50

Contribution de l’UE € 1 499 812,50

Coordonné par

FUNDACIO INSTITUT DE RECERCA BIOMEDICA (IRB BARCELONA)
Spain

Publications

Peer reviewed articles (22)

Matching cell lines with cancer type and subtype of origin via mutational, epigenomic, and transcriptomic patterns

Auteurs: Marina Salvadores, Francisco Fuster-Tormo, Fran Supek
Publié dans: Science Advances, Numéro 6/27, 2020, Page(s) eaba1862, ISSN 2375-2548
Éditeur: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/sciadv.aba1862

Loss of the abasic site sensor HMCES is synthetic lethal with the activity of the APOBEC3A cytosine deaminase in cancer cells

Auteurs: Josep Biayna; Isabel Garcia-Cao; Miguel M. Álvarez; Marina Salvadores; Jose Espinosa-Carrasco; Marcel McCullough; Fran Supek; Travis H. Stracker
Publié dans: PLoS Biology, Numéro 15449173, 2022, Page(s) e3001176, ISSN 1544-9173
Éditeur: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pbio.3001176

The evolutionary signal in metagenome phyletic profiles predicts many gene functions

Auteurs: Vedrana Vidulin, Tomislav Šmuc, Sašo Džeroski, Fran Supek
Publié dans: Microbiome, Numéro 6/1, 2018, ISSN 2049-2618
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/s40168-018-0506-4

Whole genome DNA sequencing provides an atlas of somatic mutagenesis in healthy human cells and identifies a tumor-prone cell type

Auteurs: Irene Franco, Hafdis T. Helgadottir, Aldo Moggio, Malin Larsson, Peter Vrtačnik, Anna Johansson, Nina Norgren, Pär Lundin, David Mas-Ponte, Johan Nordström, Torbjörn Lundgren, Peter Stenvinkel, Lars Wennberg, Fran Supek, Maria Eriksson
Publié dans: Genome Biology, Numéro 20/1, 2019, ISSN 1474-760X
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/s13059-019-1892-z

The impact of rare germline variants on human somatic mutation processes

Auteurs: Mischan Vali-Pour, Ben Lehner, Fran Supek
Publié dans: Nature Communications, Numéro 20411723, 2022, Page(s) 3724, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-31483-1

Cell cycle gene alterations associate with a redistribution of mutation risk across chromosomal domains in human cancers

Auteurs: Marina Salvadores, Fran Supek
Publié dans: Nature Cancer, Numéro 5, 2024, Page(s) 330-346, ISSN 2662-1347
Éditeur: Springer Nature
DOI: 10.1038/s43018-023-00707-8

Proton and alpha radiation-induced mutational profiles in human cells

Auteurs: Tiffany Delhomme, Maia Munteanu, Manuela Buonanno, Veljko Grilj, Josep Biayna, Fran Supek
Publié dans: Scientific Reports, Numéro 13, 2023, Page(s) 9791, ISSN 2045-2322
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-023-36845-3

DNA mismatch repair promotes APOBEC3-mediated diffuse hypermutation in human cancers

Auteurs: David Mas-Ponte, Fran Supek
Publié dans: Nature Genetics, Numéro 52/9, 2020, Page(s) 958-968, ISSN 1061-4036
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41588-020-0674-6

Prevalence, causes and impact of TP53-loss phenocopying events in human tumors

Auteurs: Bruno Fito-Lopez, Marina Salvadores, Miguel-Martin Alvarez, Fran Supek
Publié dans: BMC Biology, Numéro 21, 2023, Page(s) 92, ISSN 1741-7007
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12915-023-01595-1

Spectrum of DNA mismatch repair failures viewed through the lens of cancer genomics and implications for therapy

Auteurs: David Mas-Ponte, Marcel McCullough, Fran Supek
Publié dans: Clinical Science, Numéro 01435221, 2022, Page(s) 383–404, ISSN 0143-5221
Éditeur: Portland Press, Ltd.
DOI: 10.1042/cs20210682

Pan-cancer analysis of whole genomes identifies driver rearrangements promoted by LINE-1 retrotransposition

Auteurs: Bernardo Rodriguez-Martin, Eva G. Alvarez, Adrian Baez-Ortega, Jorge Zamora, Fran Supek, Jonas Demeulemeester, Martin Santamarina, Young Seok Ju, Javier Temes, Daniel Garcia-Souto, Harald Detering, Yilong Li, Jorge Rodriguez-Castro, Ana Dueso-Barroso, Alicia L. Bruzos, Stefan C. Dentro, Miguel G. Blanco, Gianmarco Contino, Daniel Ardeljan, Marta Tojo, Nicola D. Roberts, Sonia Zumalave, Paul A. W.
Publié dans: Nature Genetics, Numéro 52/3, 2020, Page(s) 306-319, ISSN 1061-4036
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41588-019-0562-0

To NMD or Not To NMD: Nonsense-Mediated mRNA Decay in Cancer and Other Genetic Diseases.

Auteurs: Fran Supek; Ben Lehner; Ben Lehner; Rik G.H. Lindeboom
Publié dans: Trends in Genetics, Numéro 01689525, 2022, Page(s) 657-668, ISSN 0168-9525
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tig.2020.11.002

Loss of G9a preserves mutation patterns but increases chromatin accessibility, genomic instability and aggressiveness in skin tumours

Auteurs: Alexandra Avgustinova, Aikaterini Symeonidi, Andrés Castellanos, Uxue Urdiroz-Urricelqui, Llorenç Solé-Boldo, Mercè Martín, Ivan Pérez-Rodríguez, Neus Prats, Ben Lehner, Fran Supek, Salvador Aznar Benitah
Publié dans: Nature Cell Biology, Numéro 20/12, 2018, Page(s) 1400-1409, ISSN 1465-7392
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41556-018-0233-x

Patterns of diverse gene functions in genomic neighborhoods predict gene function and phenotype

Auteurs: Matej Mihelčić, Tomislav Šmuc, Fran Supek
Publié dans: Scientific Reports, Numéro 9/1, 2019, ISSN 2045-2322
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-019-55984-0

Passenger mutations accurately classify human tumors

Auteurs: Marina Salvadores, David Mas-Ponte, Fran Supek
Publié dans: PLOS Computational Biology, Numéro 15/4, 2019, Page(s) e1006953, ISSN 1553-7358
Éditeur: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1006953

Scales and mechanisms of somatic mutation rate variation across the human genome

Auteurs: Fran Supek, Ben Lehner
Publié dans: DNA Repair, Numéro 81, 2019, Page(s) 102647, ISSN 1568-7864
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.dnarep.2019.102647

The impact of nonsense-mediated mRNA decay on genetic disease, gene editing and cancer immunotherapy

Auteurs: Rik Lindeboom, Michiel Vermeulen, Ben Lehner, Fran Supek
Publié dans: Nature Genetics, Numéro in press, 2019, ISSN 1061-4036
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41588-019-0517-5

The CAFA challenge reports improved protein function prediction and new functional annotations for hundreds of genes through experimental screens

Auteurs: Naihui Zhou, Yuxiang Jiang, Timothy R. Bergquist, Alexandra J. Lee, Balint Z. Kacsoh, Alex W. Crocker, Kimberley A. Lewis, George Georghiou, Huy N. Nguyen, Md Nafiz Hamid, Larry Davis, Tunca Dogan, Volkan Atalay, Ahmet S. Rifaioglu, Alperen Dalkıran, Rengul Cetin Atalay, Chengxin Zhang, Rebecca L. Hurto, Peter L. Freddolino, Yang Zhang, Prajwal Bhat, Fran Supek, José M. Fernández, Branislava Ge
Publié dans: Genome Biology, Numéro 20/1, 2019, ISSN 1474-760X
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/s13059-019-1835-8

A framework for mutational signature analysis based on DNA shape parameters

Auteurs: Aleksandra Karolak; Jurica Levatić; Fran Supek
Publié dans: PLoS ONE, Numéro 19326203, 2022, Page(s) e0262495, ISSN 1932-6203
Éditeur: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pone.0262495

Mutational signatures are markers of drug sensitivity of cancer cells

Auteurs: Jurica Levatic, Marina Salvadores, Francisco Fuster-Tormo, Fran Supek
Publié dans: Nature Communications, Numéro 20411723, 2022, Page(s) 2926, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-30582-3

TP53-dependent toxicity of CRISPR/Cas9 cuts is differential across genomic loci and can confound genetic screening

Auteurs: Miguel Alvarez, Josep Biayna, Fran Supek
Publié dans: Nature Communications, Numéro 20411723, 2022, Page(s) 4520, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-32285-1

Higher order genetic interactions switch cancer genes from two-hit to one-hit drivers.

Auteurs: Park, Solip; Supek, Fran; Lehner, Ben; park
Publié dans: Nature Communications, Numéro 20411723, 2021, Page(s) 7051, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-27242-3

Other (3)

Variable efficiency of nonsense-mediated mRNA decay across human tissues, tumors and individuals

Auteurs: Guillermo Palou-Marquez, Fran Supek
Publié dans: bioRxiv, Numéro 2024.02.29.582778, 2024, ISSN 2692-8205
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.02.29.582778

Copy number losses of oncogenes and gains of tumor suppressor genes generate common driver events of human cancer

Auteurs: Elizaveta Besedina, Fran Supek
Publié dans: bioRxiv, Numéro 2023.08.05.552104, 2023, ISSN 2692-8205
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2023.08.05.552104

Genome-scale quantification and prediction of pathogenic stop codon readthrough by small molecules

Auteurs: Ignasi Toledano, Fran Supek, Ben Lehner
Publié dans: bioRxiv, Numéro 2023.08.07.552350, 2023, ISSN 2692-8205
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2023.08.07.552350