Synthetic microbial consortia-based platform for flavonoids production using synthetic biology

Livrables

A printed project brochure summarizing the project and a video, which explains the project, displays the partners and describes the overall impact, will be produced.

Press Release 1

A press release will announce the project kick-off and it will be translated into the languages of all consortium members to be distributed to the national press agencies and general media.

Website

A website will be established and regular updates on project milestones, project related news and events will show the progress of the project. The website will also be equipped with a data repository of the most important files and data.

Press Release 2

A press release will inform about the project progress at M 36 - at the accumulation of major milestones. It will be translated into the languages of all consortium members to be distributed to the national press agencies and general media.

Project flyer

The project flyer will give a short overview of the project's aims and will introduce the consortium. It will be handed out on conferences and can be used to promote the project.

Analysis of synthetic sequences released
Benefits and Risks assessment

Related with Tasks 5.4.1-4 involving DIFE, BIO and UNIOVI results

Press Release 3

A press release will announce the conclusion of the project highlighting the most important outcomes. It will be translated into the languages of all consortium members to be distributed to the national press agencies and general media

Publications

A SsrA/NIa-based Strategy for Post-Translational Regulation of Protein Levels in Gram-negative Bacteria

Auteurs: Gonzalo Durante-Rodríguez, Belén Calles, Víctor Lorenzo, Pablo Nikel
Publié dans: BIO-PROTOCOL, Numéro 10/14, 2020, ISSN 2331-8325
Éditeur: Bio-Protocol
DOI: 10.21769/bioprotoc.3688

Propagation of Recombinant Genes through Complex Microbiomes with Synthetic Mini-RP4 Plasmid Vectors

Auteurs: Aparicio, T., Silbert, J., Cepeda, S. and de Lorenzo, V.
Publié dans: BioDesign Research, Numéro 26931257, 2022, ISSN 2693-1257
Éditeur: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.34133/2022/9850305

Pressure‐dependent growth controls <scp>3D</scp> architecture of Pseudomonas putida microcolonies

Auteurs: Juhyun Kim; Víctor de Lorenzo; Ángel Goñi‐Moreno
Publié dans: Environmental Microbiology Reports, Numéro 41, 2023, ISSN 1758-2229
Éditeur: Wiley-Blackwell
DOI: 10.1111/1758-2229.13182

Quantitative assessment of morphological traits of planktonic bacterial aggregates

Auteurs: Espeso, D.R., Martínez-García, E., de Lorenzo, V.
Publié dans: Water Research, 2020, ISSN 0043-1354
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.watres.2020.116468

Terpenoids and Polyphenols as Natural Antioxidant Agents in Food Preservation

Auteurs: Ignacio Gutiérrez-del-Río, Sara López-Ibáñez, Patricia Magadán-Corpas, Luis Fernández-Calleja, Álvaro Pérez-Valero, Mateo Tuñón-Granda, Elisa M. Miguélez, Claudio J. Villar, Felipe Lombó
Publié dans: Antioxidants, Numéro 10/8, 2021, Page(s) 1264, ISSN 2076-3921
Éditeur: MDPI
DOI: 10.3390/antiox10081264

CRISPR/Cas9-enhanced Targetron Insertion for Delivery of Heterologous Sequences into the Genome of Gram-Negative Bacteria

Auteurs: Velazquez, E., Al-Ramahi, Y. and de Lorenzo, V.
Publié dans: Current Protocols, Numéro 26911299, 2022, ISSN 2691-1299
Éditeur: John Wiley & Sons
DOI: 10.1002/cpz1.532

Entdeckung neuer bakterieller Chalconisomerasen durch eine Sequenz‐Struktur‐Funktions‐Evolutions‐Strategie für die enzymatische Synthese von ( S )‐Flavanonen

Auteurs: Hannes Meinert, Dong Yi, Bastian Zirpel, Eva Schuiten, Torsten Geißler, Egon Gross, Stephan I. Brückner, Beate Hartmann, Carsten Röttger, Jakob P. Ley, Uwe T. Bornscheuer
Publié dans: Angewandte Chemie, Numéro 133/31, 2021, Page(s) 17011-17016, ISSN 0044-8249
Éditeur: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/ange.202107182

Recent advances in model-assisted metabolic engineering

Auteurs: Steinn Gudmundsson, Juan Nogales
Publié dans: Current Opinion in Systems Biology, 2021, Page(s) 100392, ISSN 2452-3100
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.1016/j.coisb.2021.100392

ssDNA recombineering boosts in vivo evolution of nanobodies displayed on bacterial surfaces

Auteurs: Al-ramahi, Y., Nyerges, A., Margolles, Y., Cerdán, L., Ferenc G., Pál, C., Fernández, L.A. and de Lorenzo, V.
Publié dans: Communications Biology, Numéro 23993642, 2021, ISSN 2399-3642
Éditeur: Springer Nature
DOI: 10.1038/s42003-021-02702-0

A portable library of phosphate‐depletion based synthetic promoters for customable and automata control of gene expression in bacteria

Auteurs: Jesús Torres‐Bacete, José Luís García, Juan Nogales
Publié dans: Microbial Biotechnology, 2021, ISSN 1751-7915
Éditeur: John Wiley & Sons
DOI: 10.1111/1751-7915.13808

Discovery of Novel Bacterial Chalcone Isomerases by a Sequence‐Structure‐Function‐Evolution Strategy for Enzymatic Synthesis of ( S )‐Flavanones

Auteurs: Hannes Meinert, Dong Yi, Bastian Zirpel, Eva Schuiten, Torsten Geißler, Egon Gross, Stephan I. Brückner, Beate Hartmann, Carsten Röttger, Jakob P. Ley, Uwe T. Bornscheuer
Publié dans: Angewandte Chemie International Edition, Numéro 60/31, 2021, Page(s) 16874-16879, ISSN 1433-7851
Éditeur: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/anie.202107182

Exploiting geometric similarity for statistical quantification of fluorescence spatial patterns in bacterial colonies

Auteurs: Espeso D. R., Algar, E., Martínez-García, E., de Lorenzo, V.
Publié dans: BMC Bioinformatics, 2020, ISSN 1471-2105
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12859-020-3490-1

Contextual dependencies expand the re-usability of genetic inverters

Auteurs: Huseyin Tas, Lewis Grozinger, Ruud Stoof, Victor de Lorenzo, Ángel Goñi-Moreno
Publié dans: Nature Communications, Numéro 12/1, 2021, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-020-20656-5

Environmental Performance of Pseudomonas putida with a Uracylated Genome

Auteurs: Elena Algar, Yamal Al‐Ramahi, Víctor Lorenzo, Esteban Martínez‐García
Publié dans: ChemBioChem, Numéro 21/22, 2020, Page(s) 3255-3265, ISSN 1439-4227
Éditeur: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/cbic.202000330

Deep learning-based kcat prediction enables improved enzyme-constrained model reconstruction

Auteurs: Li F, Yuan L, Lu H, Li G, Chen Y, Engqvist MKM, Kerkhoven EJ, Nielsen J
Publié dans: Nature Catalysis, 2022, ISSN 2520-1158
Éditeur: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41929-022-00798-z

A Standardized Inverter Package Borne by Broad Host Range Plasmids for Genetic Circuit Design in Gram-Negative Bacteria

Auteurs: Huseyin Tas, Ángel Goñi-Moreno, Víctor de Lorenzo
Publié dans: ACS Synthetic Biology, Numéro 10/1, 2021, Page(s) 213-217, ISSN 2161-5063
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acssynbio.0c00529

Naked Bacterium: Emerging Properties of a Surfome-Streamlined Pseudomonas putida Strain

Auteurs: Esteban Martínez-García, Sofía Fraile, David Rodríguez Espeso, Davide Vecchietti, Giovanni Bertoni, Víctor de Lorenzo
Publié dans: ACS Synthetic Biology, Numéro 9/9, 2020, Page(s) 2477-2492, ISSN 2161-5063
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acssynbio.0c00272

Toward merging bottom-up and top-down model-based designing of synthetic microbial communities

Auteurs: San León, D., Nogales, J.
Publié dans: Current Opinion in Microbiology, Numéro 13695274, 2022, ISSN 1369-5274
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.mib.2022.102169

Engineering Tropism of Pseudomonas putida toward Target Surfaces through Ectopic Display of Recombinant Nanobodies

Auteurs: Sofía Fraile, María Briones, Mónica Revenga-Parra, Víctor de Lorenzo, Encarnación Lorenzo, Esteban Martínez-García
Publié dans: ACS Synthetic Biology, Numéro 10/8, 2021, Page(s) 2049-2059, ISSN 2161-5063
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acssynbio.1c00227

Transcriptional control of 2,4‐dinitrotoluene degradation in Burkholderia sp . R34 bears a regulatory patch that eases pathway evolution

Auteurs: Danilo P´érez-Pantoja; Victor De Lorenzo; Pablo Ivan Nikel; Max Chavarría
Publié dans: Environmental Microbiology, Numéro 23, 2021, ISSN 1462-2920
Éditeur: John Wiley & Sons
DOI: 10.1111/1462-2920.15472

SEVA 4.0: an update of the Standard European Vector Architecture database for advanced analysis and programming of bacterial phenotypes. Nucleic Acids Res 51(D1):D1558-D1567. doi: 10.1093/nar/gkac1059.

Auteurs: Martinez-Garcia E., Sofia F., Algar E., Aparicio T., Velázquez E.; Calles B., Tas, H., Blas, B., ; Martin B., Bruno; Prieto C., Sánchez-Sampedro L., Nørholm M., Daniel V., Wirth N., Dvorak P., Alejaldre L., Grozinger L., Crowther M., Goñi-Moreno A., Nikel, P.I., Nogales J., de Lorenzo V.
Publié dans: Nucleic Acids Research, 2023, ISSN 1362-4962
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkac1059

An updated structural model of the A domain of the Pseudomonas putida XylR regulator poses an atypical interplay with aromatic effectors

Auteurs: Pavel Dvořák, Carlos Alvarez‐Carreño, Sergio Ciordia, Alberto Paradela, Víctor Lorenzo
Publié dans: Environmental Microbiology, Numéro 23/8, 2021, Page(s) 4418-4433, ISSN 1462-2912
Éditeur: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/1462-2920.15628

Targetron-assisted delivery of exogenous DNA sequences into Pseudomonas putida through CRISPR-aided counterselection

Auteurs: Velázquez, V., Al-Ramahi, Y., Tellechea-Luzardo, J., Krasnogor, N., de Lorenzo, V.
Publié dans: ACS Synthetic Biology, Numéro 21615063, 2021, ISSN 2161-5063
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acssynbio.1c00199

In Vivo Sampling of Intracellular Heterogeneity of Pseudomonas putida Enables Multiobjective Optimization of Genetic Devices

Auteurs: Angeles Hueso-Gil; Belén Calles; Víctor de Lorenzo
Publié dans: ACS Synthetic Biology, Numéro 40, 2023, ISSN 2161-5063
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acssynbio.3c00009

Evaluation of double expression system for co-expression and co-immobilization of flavonoid glucosylation cascade

Auteurs: Agata Matera, Kinga Dulak, Sandra Sordon, Kacper Waśniewski, Ewa Huszcza, Jarosław Popłoński
Publié dans: Applied Microbiology and Biotechnology, 2022, ISSN 1432-0614
Éditeur: Springer Nature
DOI: 10.1007/s00253-022-12259-5

Reconfiguration of metabolic fluxes in Pseudomonas putida as a response to sub-lethal oxidative stress

Auteurs: Pablo I. Nikel, Tobias Fuhrer, Max Chavarría, Alberto Sánchez-Pascuala, Uwe Sauer, Víctor de Lorenzo
Publié dans: The ISME Journal, 2021, ISSN 1751-7362
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41396-020-00884-9

Flavonoid-Modifying Capabilities of the Human Gut Microbiome—An In Silico Study

Auteurs: Tobias Goris, Rafael RC Cuadrat, Annett Braune
Publié dans: Nutrients, Numéro 20726643, 2021, ISSN 2072-6643
Éditeur: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/nu13082688

Automated design and implementation of a NOR gate in Pseudomonas putida.

Auteurs: Huseyin Tas; Lewis Grozinger; Angel Goñi-Moreno; Angel Goñi-Moreno; Víctor de Lorenzo
Publié dans: Synthetic Biology, Numéro 1, 2021, ISSN 2397-7000
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/synbio/ysab024

Water potential governs effector specificity of the transcriptional regulator XylR of Pseudomonas putida

Auteurs: Dvořák, P., Calcagno Galvão, T., Pflüger-Grau, K., Banks, A.M., de Lorenzo, V. and Jiménez, J.I.
Publié dans: Environmental Microbiology, 2023, ISSN 1462-2920
Éditeur: John Wiley & Sons
DOI: 10.1111/1462-2920.16342

Biotransformation of d ‐xylose to d ‐xylonate coupled to medium‐chain‐length polyhydroxyalkanoate production in cellobiose‐grown Pseudomonas putida EM42

Auteurs: Pavel Dvořák, Jozef Kováč, Víctor Lorenzo
Publié dans: Microbial Biotechnology, Numéro 13/4, 2020, Page(s) 1273-1283, ISSN 1751-7915
Éditeur: Society for Applied Microbiology
DOI: 10.1111/1751-7915.13574

In vivo diversification of target genomic sites using processive base deaminase fusions blocked by dCas9

Auteurs: Beatriz Álvarez, Mario Mencía, Víctor de Lorenzo, Luis Ángel Fernández
Publié dans: Nature Communications, Numéro 11/1, 2020, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-020-20230-z

Synthetic Biology─High Time to Deliver?

Auteurs: Andrew D. Hanson; Víctor de Lorenzo
Publié dans: ACS Synthetic Biology, Numéro 38, 2023, ISSN 2161-5063
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acssynbio.3c00238

Targeted Depletion of Bacteria from Mixed Populations by Programmable Adhesion with Antagonistic Competitor Cells.

Auteurs: Ting, S.Y., Martinez-Garcia, E., Huang, S., Bertolli, S.K., Kelly, K.A., Cutler, K.J., Su, E.D., Zhi, H., Tang, Q., Radey, M.C., Raffatellu, M., Peterson, S.B., de Lorenzo, V. and Mougous, J.D.
Publié dans: Cell Host & Microbe, 2020, ISSN 1934-6069
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.1016/j.chom.2020.05.006

Rewiring carbon metabolism in yeast for high level production of aromatic chemicals

Auteurs: Quanli Liu, Tao Yu, Xiaowei Li, Yu Chen, Kate Campbell, Jens Nielsen, Yun Chen
Publié dans: Nature Communications, Numéro 10/1, 2019, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-019-12961-5

De novo biosynthesis of garbanzol and fustin in Streptomyces albus based on a potential flavanone 3‐hydroxylase with 2‐hydroxylase side activity

Auteurs: Laura Marín, Ignacio Gutiérrez‐del‐Río, Claudio Jesús Villar, Felipe Lombó
Publié dans: Microbial Biotechnology, 2021, ISSN 1751-7915
Éditeur: John Wiley & Sons
DOI: 10.1111/1751-7915.13874

An automated DIY framework for experimental evolution of Pseudomonas putida

Auteurs: David R. Espeso, Pavel Dvořák, Tomás Aparicio, Víctor Lorenzo
Publié dans: Microbial Biotechnology, 2020, ISSN 1751-7915
Éditeur: John Wiley and Sons Ltd
DOI: 10.1111/1751-7915.13678

Optimized De Novo Eriodictyol Biosynthesis in Streptomyces albidoflavus Using an Expansion of the Golden Standard Toolkit for Its Use in Actinomycetes

Auteurs: Magadán-Corpas, P., Ye, S., Pérez-Valero, A., MacAlpine, P. L., Valdés-Chiara, P., Torres-Bacete, J., Nogales, J., Villar, C. J., Lombó, F.
Publié dans: International Journal of Molecular Sciences, 2023, ISSN 1422-0067
Éditeur: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms24108879

The four Fs of the knowledge-based BioEconomy – A homage to Christian Patermann

Auteurs: de Lorenzo, V.
Publié dans: EFB Bioeconomy Journal, Numéro 26670410, 2022, ISSN 2667-0410
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.1016/j.bioeco.2022.100035

Recent trends in biocatalysis

Auteurs: Dong Yi, Thomas Bayer, Christoffel P. S. Badenhorst, Shuke Wu, Mark Doerr, Matthias Höhne, Uwe T. Bornscheuer
Publié dans: Chemical Society Reviews, Numéro 50/14, 2021, Page(s) 8003-8049, ISSN 0306-0012
Éditeur: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d0cs01575j

Surface Display of Designer Protein Scaffolds on Genome-Reduced Strains of Pseudomonas putida

Auteurs: Pavel Dvořák, Edward A. Bayer, Víctor de Lorenzo
Publié dans: ACS Synthetic Biology, Numéro 9/10, 2020, Page(s) 2749-2764, ISSN 2161-5063
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acssynbio.0c00276

Picking the right metaphors for addressing microbial systems: economic theory helps understanding biological complexity

Auteurs: Juhyun Kim; Rafael Silva-Rocha; Víctor de Lorenzo
Publié dans: International Microbiology, Numéro 24, 2021, ISSN 1618-1905
Éditeur: Springer-Nature
DOI: 10.1007/s10123-021-00194-w

Versioning biological cells for trustworthy cell engineering

Auteurs: Tellechea-Luzardo, J., Hobbs, L., Velázquez, E., Pelechova E., Woods, S., de Lorenzo, V. and Krasnogor, N.
Publié dans: Nature Communications, Numéro 20411723, 2022, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-28350-4

Environmental Galenics: large-scale fortification of extant microbiomes with engineered bioremediation agents.

Auteurs: de Lorenzo, V.
Publié dans: Philosophical transactions of the Royal Society B, Numéro 09628436, 2022, ISSN 0962-8436
Éditeur: Royal Society of London
DOI: 10.1098/rstb.2021.0395

Reconstruction of a Genome-Scale Metabolic Model of Streptomyces albus J1074: Improved Engineering Strategies in Natural Product Synthesis

Auteurs: Cheewin Kittikunapong, Suhui Ye, Patricia Magadán-Corpas, Álvaro Pérez-Valero, Claudio J. Villar, Felipe Lombó, Eduard J. Kerkhoven
Publié dans: Metabolites, Numéro 11/5, 2021, Page(s) 304, ISSN 2218-1989
Éditeur: MDPI
DOI: 10.3390/metabo11050304

The faulty SOS response of Pseudomonas putida KT2440 stems from an inefficient RecA‐LexA interplay

Auteurs: Özlem Akkaya, Tomás Aparicio, Danilo Pérez‐Pantoja, Víctor Lorenzo
Publié dans: Environmental Microbiology, 2021, ISSN 1462-2912
Éditeur: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/1462-2920.15384

Hypermutation of specific genomic loci of Pseudomonas putida for continuous evolution of target genes

Auteurs: Velázquez, E., Álvarez, B., Fernández, L.A. and de Lorenzo, V.
Publié dans: Microbial Biotechnology, Numéro 17517915, 2022, ISSN 1751-7915
Éditeur: John Wiley & Sons
DOI: 10.1111/1751-7915.14098

Innovation vs. novelty in microbial systems

Auteurs: de Lorenzo, V.
Publié dans: Environmental Microbioly, 2023, ISSN 1462-2920
Éditeur: John Wiley & Sons
DOI: 10.1111/1462-2920.16278

Antiproliferative and palliative activity of flavonoids in colorectal cancer

Auteurs: Javier Fernández, Blanca Silván, Rodrigo Entrialgo-Cadierno, Claudio J. Villar, Raffaele Capasso, José Antonio Uranga, Felipe Lombó, Raquel Abalo
Publié dans: Biomedicine & Pharmacotherapy, Numéro 143, 2021, Page(s) 112241, ISSN 0753-3322
Éditeur: Elsevier Masson
DOI: 10.1016/j.biopha.2021.112241

Advances in constraint-based models: methods for improved predictive power based on resource allocation constraints.

Auteurs: Kerkhoven, EJ
Publié dans: Current Opinion in Microbiology, Numéro 13695274, 2022, ISSN 1369-5274
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.mib.2022.102168

High‐quality genome‐scale metabolic modelling of Pseudomonas putida highlights its broad metabolic capabilities

Auteurs: Juan Nogales, Joshua Mueller, Steinn Gudmundsson, Francisco J. Canalejo, Estrella Duque, Jonathan Monk, Adam M. Feist, Juan Luis Ramos, Wei Niu, Bernhard O. Palsson
Publié dans: Environmental Microbiology, Numéro 22/1, 2019, Page(s) 255-269, ISSN 1462-2912
Éditeur: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/1462-2920.14843

Digitalizing heterologous gene expression in Gram‐negative bacteria with a portable ON/OFF module

Auteurs: Belén Calles, Ángel Goñi‐Moreno, Víctor Lorenzo
Publié dans: Molecular Systems Biology, Numéro 15/12, 2019, ISSN 1744-4292
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/msb.20188777

High-Efficiency Multi-site Genomic Editing of Pseudomonas putida through Thermoinducible ssDNA Recombineering

Auteurs: Tomas Aparicio, Akos Nyerges, Esteban Martínez-García, Víctor de Lorenzo
Publié dans: iScience, Numéro 23/3, 2020, Page(s) 100946, ISSN 2589-0042
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.1016/j.isci.2020.100946

Multiple-Site Diversification of Regulatory Sequences Enables Interspecies Operability of Genetic Devices

Auteurs: Angeles Hueso-Gil, Ákos Nyerges, Csaba Pál, Belén Calles, Víctor de Lorenzo
Publié dans: ACS Synthetic Biology, Numéro 9/1, 2019, Page(s) 104-114, ISSN 2161-5063
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acssynbio.9b00375

Recombination-Independent Genome Editing through CRISPR/Cas9-Enhanced TargeTron Delivery

Auteurs: Elena Velázquez, Víctor de Lorenzo, Yamal Al-Ramahi
Publié dans: ACS Synthetic Biology, Numéro 8/9, 2019, Page(s) 2186-2193, ISSN 2161-5063
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acssynbio.9b00293

SEVA 3.0: an update of the Standard European Vector Architecture for enabling portability of genetic constructs among diverse bacterial hosts

Auteurs: Esteban Martínez-García, Angel Goñi-Moreno, Bryan Bartley, James McLaughlin, Lucas Sánchez-Sampedro, Héctor Pascual del Pozo, Clara Prieto Hernández, Ada Serena Marletta, Davide De Lucrezia, Guzmán Sánchez-Fernández, Sofía Fraile, Víctor de Lorenzo
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 48/D1, 2019, Page(s) D1164-D1170, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkz1024

Assembly of a Custom-made Device to Study Spreading Patterns of Pseudomonas putida Biofilms

Auteurs: David Espeso, Esteban Martínez-García, Víctor Lorenzo
Publié dans: BIO-PROTOCOL, Numéro 9/10, 2019, ISSN 2331-8325
Éditeur: Bio-protocol
DOI: 10.21769/bioprotoc.3238

Mismatch repair hierarchy of Pseudomonas putida revealed by mutagenic ssDNA recombineering of the pyrF gene

Auteurs: Tomas Aparicio, Akos Nyerges, István Nagy, Csaba Pal, Esteban Martínez‐García, Víctor Lorenzo
Publié dans: Environmental Microbiology, Numéro 22/1, 2019, Page(s) 45-58, ISSN 1462-2912
Éditeur: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/1462-2920.14814

Pseudomonas putida in the quest of programmable chemistry

Auteurs: Esteban Martínez-García, Víctor de Lorenzo
Publié dans: Current Opinion in Biotechnology, Numéro 59, 2019, Page(s) 111-121, ISSN 0958-1669
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.copbio.2019.03.012

Functional implementation of a linear glycolysis for sugar catabolism in Pseudomonas putida

Auteurs: Alberto Sánchez-Pascuala, Lorena Fernández-Cabezón, Víctor de Lorenzo, Pablo I. Nikel
Publié dans: Metabolic Engineering, Numéro 54, 2019, Page(s) 200-211, ISSN 1096-7176
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.1016/j.ymben.2019.04.005

A p-Coumaroyl-CoA Biosensor for Dynamic Regulation of Naringenin Biosynthesis in Saccharomyces cerevisiae

Auteurs: Dany Liu; Maria Sole Sica; Jiwei Mao; Lucy Fang-I Chao; Verena Siewers
Publié dans: ACS Synthetic Biology vol.In Press(2022), Numéro 2, 2022, ISSN 2161-5063
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acssynbio.2c00111

Novel flavonoid C-8 hydroxylase from Rhodotorula glutinis: identification, characterization and substrate scope

Auteurs: Dulak Kinga, Sordon Sandra, Matera Agata, Bartosz Kozak, Ewa Huszcza, Jarosław Popłoński
Publié dans: Microbial Cell Factories, 2022, ISSN 1475-2859
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12934-022-01899-x

Concomitant prediction of environmental fate and toxicity of chemical compounds

Auteurs: Juan Antonio Garcia-Martin, Max Chavarría, Victor de Lorenzo, Florencio Pazos
Publié dans: Biology Methods and Protocols, Numéro 5/1, 2020, ISSN 2396-8923
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/biomethods/bpaa025

The Wsp intermembrane complex mediates metabolic control of the swim‐attach decision of Pseudomonas putida

Auteurs: Ángeles Hueso‐Gil, Belén Calles, Víctor Lorenzo
Publié dans: Environmental Microbiology, Numéro 22/8, 2020, Page(s) 3535-3547, ISSN 1462-2912
Éditeur: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/1462-2920.15126

Metabolic modelling approaches for describing and engineering microbial communities

Auteurs: Beatriz García-Jiménez, Jesús Torres-Bacete, Juan Nogales
Publié dans: Computational and Structural Biotechnology Journal, Numéro 19, 2021, Page(s) 226-246, ISSN 2001-0370
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.1016/j.csbj.2020.12.003

For the sake of the Bioeconomy: define what a Synthetic Biology Chassis is!

Auteurs: Víctor de Lorenzo, Natalio Krasnogor, Markus Schmidt
Publié dans: New Biotechnology, Numéro 60, 2021, Page(s) 44-51, ISSN 1871-6784
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.nbt.2020.08.004

Subcellular Architecture of the xyl Gene Expression Flow of the TOL Catabolic Plasmid of Pseudomonas putida mt-2

Auteurs: Juhyun Kim, Angel Goñi-Moreno, Víctor de Lorenzo
Publié dans: mBio, Numéro 12/1, 2021, ISSN 2150-7511
Éditeur: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/mbio.03685-20

Multifunctional SEVA shuttle vectors for actinomycetes and Gram‐negative bacteria

Auteurs: Coral García‐Gutiérrez, Tomás Aparicio, Lucía Torres‐Sánchez, Esteban Martínez‐García, Víctor Lorenzo, Claudio J. Villar, Felipe Lombó
Publié dans: MicrobiologyOpen, Numéro 9/6, 2020, Page(s) 1135-1149, ISSN 2045-8827
Éditeur: John Wiley and Sons Inc.
DOI: 10.1002/mbo3.1024

Low CyaA expression and anti‐cooperative binding of cAMP to CRP frames the scope of the cognate regulon of Pseudomonas putida

Auteurs: Alejandro Arce‐Rodríguez, Pablo I. Nikel, Belén Calles, Max Chavarría, Raúl Platero, Tino Krell, Victor Lorenzo
Publié dans: Environmental Microbiology, 2021, ISSN 1462-2912
Éditeur: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/1462-2920.15422

Standardization of inducer-activated broad host range expression modules: debugging and refactoring an alkane-responsive AlkS/PalkB device

Auteurs: Alejandro Arce-Rodríguez; Alejandro Arce-Rodríguez; Ilaria Benedetti; José Manuel Borrero-de Acuña; Rafael Silva-Rocha; Rafael Silva-Rocha; Víctor de Lorenzo
Publié dans: Synthetic Biology, Numéro 4, 2021, ISSN 2397-7000
Éditeur: Oxfor University Press
DOI: 10.1093/synbio/ysab030

Discovery of Novel Tyrosine Ammonia Lyases for the Enzymatic Synthesis of p-Coumaric Acid

Auteurs: Yannik Brack, Chenghai Sun, Dong Yi, Uwe T. Bornscheuer
Publié dans: ChemBioChem, Numéro 14394227, 2022, ISSN 1439-4227
Éditeur: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/cbic.202200062

Technical upgrade of an open-source liquid handler to support bacterial colony screening

Auteurs: del Olmo Lianes, I., Yubero, P., Gómez-Luengo, A., Nogales, J., Espeso, D.
Publié dans: Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, 2023, ISSN 2296-4185
Éditeur: Frontiers Media S.A.
DOI: 10.3389/fbioe.2023.1202836

ArsH protects Pseudomonas putida from oxidative damage caused by exposure to arsenic

Auteurs: Páez-Espino, A.D., Nikel, P., Chavarría, M., de Lorenzo, V.
Publié dans: Environmental Microbiology, 2020, ISSN 1462-2912
Éditeur: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/1462-2920.14991

System metabolic engineering of Escherichia coli W for the production of 2-ketoisovalerate using unconventional feedstock

Auteurs: Darwin Carranza-Saavedra; Jesús Torres-Bacete; Blas Blázquez; Claudia Patricia Sánchez Henao; José Edgar Zapata Montoya; Juan Nogales
Publié dans: Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, Numéro 32, 2023, ISSN 2296-4185
Éditeur: Frontiers Media S.A.
DOI: 10.3389/fbioe.2023.1176445

Missing Links Between Gene Function and Physiology in Genomics

Auteurs: Collado-Vides, J., Gaudet, P and de Lorenzo, V.
Publié dans: Frontiers in Physiology, Numéro 1664042X, 2022, ISSN 1664-042X
Éditeur: Frontiers Research Foundation
DOI: 10.3389/fphys.2022.815874

Repositioning microbial biotechnology against COVID‐19: the case of microbial production of flavonoids

Auteurs: Tobias Goris, Álvaro Pérez‐Valero, Igor Martínez, Dong Yi, Luis Fernández‐Calleja, David San León, Uwe T. Bornscheuer, Patricia Magadán‐Corpas, Felipe Lombó, Juan Nogales
Publié dans: Microbial Biotechnology, 2020, ISSN 1751-7915
Éditeur: Society for applied Microbiology
DOI: 10.1111/1751-7915.13675

Optimizing yeast for high-level production of kaempferol and quercetin

Auteurs: Musa Tartik, Juan Liu, Marta Tous Mohedano, Jiwei Mao, Yun Chen
Publié dans: Microbial Cell Factories, 2023, ISSN 1475-2859
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12934-023-02084-4

Golden Standard: a complete standard, portable, and interoperative MoClo tool for model and non-model proteobacteria.

Auteurs: Blázquez, B., San León, D., Torres-Bacete, J., Gómez-Luengo, Á., Kniewel, R., Martínez, I., Sordon, S., Wilczak, A., Salgado, S. Huszcza, E., Popłoński, J., Prieto, A., Nogales, J.
Publié dans: Nucleic Acids Research, 2023, ISSN 1362-4962
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkad758

Standardization of regulatory nodes for engineering heterologous gene expression: a feasibility study

Auteurs: Nikel, P.I., Benedetti, I., Wirth, N.T., de Lorenzo, V. and Calles, B.
Publié dans: Microbial Biotechnology, Numéro 17517915, 2022, ISSN 1751-7915
Éditeur: John Wiley and Sons
DOI: 10.1111/1751-7915.14063

Transformation of flavonoids by human gut microbiota – from in silico analyses to experimental confirmation

Auteurs: Tobias Goris, Annett Braune
Publié dans: Abstract Book - International Conference on Polyphenols, 2022
Éditeur: ICPH Conference

Multiple-site diversification of regulatory sequences enables inter-species operability of genetic devices

Auteurs: Angeles Hueso-Gil; Victor de Lorenzo; Akos Nyerges
Publié dans: bioRxiv, 2019
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/771782

Surface display of designer protein scaffolds on genome-reduced strains of Pseudomonas putida

Auteurs: Pavel Dvořák; Edward A. Bayer; Víctor de Lorenzo
Publié dans: bioRxiv, 2020
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2020.05.13.093500

Metabolic Modelling Approaches for Describing and Engineering Microbial Communities

Auteurs: Beatriz García-Jiménez , Jesús Torres, Juan Nogales
Publié dans: 2020
Éditeur: Preprints
DOI: 10.20944/preprints202009.0548.v1

Insights on Metabolic Features of Bacillus subtilis Based on Multistrain Genome-Scale Metabolic Modeling

Auteurs: San León Granado, David; Blázquez, Blas; Nogales, Juan
Publié dans: International Journal of Molecular Sciences, Numéro 37, 2023, ISSN 1422-0067
Éditeur: MDPI
DOI: 10.5281/zenodo.8171332

Modular synthetic biology toolkit in Streptomyces for flavonoids biosynthesis and cellular chassis engineering

Auteurs: Suhui Ye, Patricia Magadán-Corpas, Álvaro Pérez-Valero, Jesús Torres-Bacete, Juan Nogales, Claudio J. Villar, Felipe Lombó
Publié dans: 2022
Éditeur: 3rd Synthetic Biology of Natural Products Conference

De novo biosynthesis of o-methylated flavonoids in the microbial factory Streptomyces albus

Auteurs: Álvaro Pérez-Valero, Suhui Ye, Patricia Magadán-Corpas, Claudio J. Villar, Felipe Lombó
Publié dans: 2022
Éditeur: 3rd Synthetic Biology of Natural Products Conference

Improvement in flavonoids production combining different strategies

Auteurs: Patricia Magadán-Corpas, Suhui Ye, Álvaro Pérez-Valero, Claudio J. Villar, Felipe Lombó
Publié dans: 2022
Éditeur: 3rd Synthetic Biology of Natural Products Conference

Living architecture: metabolic applications for next-generation, selectively programmable bioreactors

Auteurs: Molly Hogle, Barbara Imhof, Waltraut Hoheneder, Rachel Armstrong, Ioannis Ieropoulos, Lauren Wallis, Jiseon You, Juan Nogales. Ed. Peter Droege
Publié dans: Urban and Regional Agriculture. Building Resilient Food Systems, 2023, ISBN 9780128202869
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.1016/b978-0-12-820286-9.00004-2

A Broad Host Range Plasmid-Based Roadmap for ssDNA-Based Recombineering in Gram-Negative Bacteria.

Auteurs: Aparicio T., de Lorenzo V., Martínez-García E.
Publié dans: Horizontal Gene Transfer, 2019, ISBN 978-1-4939-9877-7
Éditeur: Humana, New York
DOI: 10.1007/978-1-4939-9877-7_27

High-Efficiency Multi-site Genomic Editing (HEMSE) Made Easy

Auteurs: Aparicio, T., de Lorenzo, V., Martínez-García, E.
Publié dans: Methods in Molecular Biology, 2022, ISBN 978-1-0716-2232-2
Éditeur: Humana
DOI: 10.1007/978-1-0716-2233-9_4

Golden Standard: A complete standard, portable, and interoperative MoClo tool for model and non-model bacterial hosts

Auteurs: Blas Blázquez, Jesús Torres-Bacete, David San Leon, Ryan Kniewel, Igor Martinez, Sandra Sordon, Aleksandra Wilczak, Sergio Salgado, Ewa Huszcza, Jarosław Popłoński, M. Auxiliadora Prieto, Juan Nogales
Publié dans: bioRxiv, Numéro 26928205, 2022, ISSN 2692-8205
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2022.09.20.508659

Recherche de données OpenAIRE...

Livrables

Publications

Partager cette page

Télécharger