Description du projet
Étude du rôle complexe des protéines de liaison à l’ARN dans la stabilité de l’ARN
Les lymphocytes T CD8+ sont essentiels au contrôle des infections et à l’élimination des cellules tumorales grâce aux cytokines inflammatoires et aux molécules cytotoxiques. La production de ces molécules effectrices passe par la régulation afin d’éviter leur dysfonctionnement, ce qui est susceptible d’entraîner des maladies potentiellement mortelles. La régulation de la stabilité de l’ARN et de l’efficacité de la traduction par de nombreuses protéines de liaison à l’ARN (RBP pour «RNA-binding proteins») demeure mal comprise. Le projet PRinTERs, financé par l’UE, aura recours à la génétique de la souris ainsi qu’à la biologie moléculaire et cellulaire pour étudier le contrôle de la production de cytokines par les RBP. Des techniques protéomiques extrêmement sensibles identifieront le répertoire des RBP dans les lymphocytes T humains, tandis que des cribles fonctionnels identifieront les RBP qui contrôlent des effecteurs spécifiques. Les RBP retenus seront étudiés dans le but de définir leur rôle dans la réponse des lymphocytes T aux infections et à la formation de tumeurs.
Objectif
CD8+ T cells are critical to fight infections and to clear tumor cells through the production of inflammatory cytokines and cytotoxic molecules. These effector molecules must be tightly controlled: too little leads to the inability to control the pathogen, and too much can result in a life-threatening cytokine storm and tissue damage. While transcriptional control of effector genes is well-studied, regulation at the levels of RNA stability and translation efficiency by RNA-binding proteins (RBPs) has remained underappreciated. We recently found that several cytokines are tightly regulated through these processes, and we identified ZFP36L2 as one of the responsible RBPs. However, much is still to be learned about the underlying molecular mechanisms. Moreover, there are >1000 putative RBPs, and a systematic analysis of their regulatory activity in T cells is lacking, particularly with regard to the control of effector proteins.
Here, we will use a combination of mouse genetics, and molecular and cellular biology to gain a deep understanding of the control of cytokine production by RBPs, using ZFP36L2 as a paradigm. Next, we will take a novel, highly sensitive proteomics approach to systematically identify the RBP repertoire in resting and activated primary human T cells. Complementary functional screens will identify those RBPs that control specific effectors. Selected RBPs identified in these screens will be studied in-depth to understand their roles in T cell responses to acute infection and in tumor models. Lastly, we will define how RBPs can imprint and/or maintain the killer phenotype of human CD8+ T cells.
This research will significantly advance our understanding of post-transcriptional regulation of T cell effector activity, and it should help us to develop novel tools to drive effective T cell responses against pathogens and malignant cells.
Champ scientifique
Programme(s)
Régime de financement
ERC-COG - Consolidator GrantInstitution d’accueil
1006 AN Amsterdam
Pays-Bas