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CORDIS - Résultats de la recherche de l’UE
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Oligoarchive - Intelligent DNA Storage for Archival

CORDIS fournit des liens vers les livrables publics et les publications des projets HORIZON.

Les liens vers les livrables et les publications des projets du 7e PC, ainsi que les liens vers certains types de résultats spécifiques tels que les jeux de données et les logiciels, sont récupérés dynamiquement sur OpenAIRE .

Livrables

Kick-off meeting (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

This deliverable entails the report including minutes of the kick-off meeting, agenda, list of participants.

Multiplexed PCR and sequencing for block addressing. (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

The methods which are part of this deliverable use multiplexed PCR to read out data from multiple oligos simultaneously

Analysis of Existing Protocols for Hybridisation (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

This deliverable entails a complete overview of tools and protocols for hybridisation needed for the join operation

Data cleaning techniques for database restoration. (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

This deliverable entails the methods which exploit the structured data to clean the data decoded

Integrated end-to-end prototype. (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

This deliverable entails the endtoend prototype from synthesis FRS or short oligos to storage to sequencing and decoding the result to binary format

Image storage pipeline for free-run synthesis. (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

The deliverable contains the methods and algorithms to encode imaging information in FRS longer 200 nucleotide oligos

Prototype of enzymatic DNA synthesis approach. (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

This deliverable entails a first prototype for enzymatic synthesis of long, FRS oligos.

Machine learning and clustering techniques for image restoration. (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

This deliverable entails the methods exploiting that machine learning models can be used to improve speed of decoding when some of the structure of the data is known

Methods to improve strand quality. (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

This deliverable entails new methods and protocols to improve stand quality of oligos resulting from enzymatic FRS

Official logo of OligoArchive, website and intranet portal. (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

The deliverable entails the web page (including social media if feasible), logo ant intranet portal of the project.

Prototype for scaleable DNA synthesis. (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

This deliverable entails methods to automate enzymatic FRS synthesis for very oligos

Structured database encoding techniques for short-strand synthesis. (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

The deliverable entails the methods needed to encode and decode structured databases into oligos Key is the exploitation of the inherent structure in databases to this end The result is algorithms documentation as well as experimental analysis

Adapting/redesigning encodings for free-run synthesis. (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

This deliverable entails the encodings and algorithms to do so for information storage in FRS oligos

Access-path-enabled functionality for imaging and databases. (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Similarly this deliverable entails algorithms to implement access path for structure data and unstructured such as images

Encodings and protocols for the in-vitro join. (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

This deliverable entails the methods to encode the informationdatabase tuples such that they can be joined through hybridisation

Survey of Existing Encoding Techniques (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

This deliverable entails a survey of the state of the art in information encoding in DNA storage.

Access paths and data snapshoting based on block interface. (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

This deliverable contains the methods and algorithms to implement access paths for structure data based on a block interface

Image encoding techniques for short-strand synthesis. (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

This deliverable comprises the tools and techniques needed to encode images in short (<200 nucleotide) oligos. The deliverable includes algorithms as well as documentation for the algorithms.

Study of FRS and implication on encoding and protocols (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

This deliverable entails a study to understand how encodings need to be adapted for the error characteristics and biological constraints of FRS

Encodings/protocols for in-vitro selection and detection. (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

This deliverable entails protocols for content detection in oligos no matter the length encoding information

Completed communication activity. (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

See title

Database storage pipeline for free-run synthesis. (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

This deliverable entails the methods as a pipeline to encode structureddatabase data in long oligos

Publications

Nanopore Sequencing Simulator for DNA Data Storage (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: E. Gil San Antonio, T. Heinis, L. Carteron, M. Dimopoulou and M. Antonini
Publié dans: VCIP 2021, 2021
Éditeur: IEEE
DOI: 10.1109/vcip53242.2021.9675388

A constrained Shannon-Fano entropy coder for image storage in synthetic DNA (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: X. Pic, M. Antonini
Publié dans: EUSIPCO 2022, 2022
Éditeur: IEEE
DOI: 10.23919/eusipco55093.2022.9909833

DNA4DNA: Preserving Culturally Significant Digital Data with Synthetic DNA

Auteurs: Eugenio Marinelli, Eddy Ghabach, Thomas Bolbroe, Omer Sella, Thomas Heinis and Raja Appuswamy
Publié dans: iPRES 2021, 17th International Conference on Digital Preservation, 2021
Éditeur: N/A

Efficient Storage of Images onto DNA using Vector Quantization (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Melpomeni Dimopoulou, Marc Antonini
Publié dans: 2020 Data Compression Conference (DCC), 2020, Page(s) 363-363, ISBN 978-1-7281-6457-1
Éditeur: IEEE
DOI: 10.1109/dcc47342.2020.00085

Robust image coding on synthetic DNA: Reducing sequencing noise with inpainting (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Eva Gil San Antonio; Mattia Piretti; Melpomeni Dimopoulou; Marc Antonini
Publié dans: https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03100971, Numéro 2, 2020
Éditeur: IEEE
DOI: 10.1109/icpr48806.2021.9411920

Image storage in DNA using Vector Quantization

Auteurs: Melpomeni Dimopoulou, Marc Antonini
Publié dans: EUSIPCO, 2020
Éditeur: EURASIP

XJoin: Portable, parallel hash join across diverse XPU architectures with oneAPI

Auteurs: Marinelli, Eugenio; Appuswamy, Raja
Publié dans: DAMON, 2021
Éditeur: ACM

Digital Preservation with Synthetic DNA

Auteurs: Eugenio Marinelli, Eddy Ghabach, Thomas Bolbroe, Omer Sella, Thomas Heinis and Raja Appuswamy
Publié dans: BDA 2021, 37ème Conférence sur la Gestion de Données – Principles, Technologies et Applications, 2021
Éditeur: N/A

A JPEG-based image coding solution for data storage on DNA

Auteurs: Dimopoulou, Melpomeni; GIl, Eva; Antonini, Marc
Publié dans: EUSIPCO 2021, IEEE, 2021
Éditeur: IEEE

Optimizing the Accuracy of Randomized Embedding for Sequence Alignment (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Yiqing Yan; Nimisha Chaturvedi; Raja Appuswamy
Publié dans: IPDPSW 2022, 2022
Éditeur: IEEE
DOI: 10.1109/ipdpsw55747.2022.00036

Generative DNA: Representation Learning for DNA-based Approximate Image Storage (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Franzese, Giulio; Yan, Yiqing; Serra, Giuseppe; D’Onofrio, Ivan; Appuswamy, Raja; Michiardi, Pietro
Publié dans: VCIP 2021, 2021
Éditeur: IEEE
DOI: 10.1109/vcip53242.2021.9675366

Decoding Of Nanopore-Sequenced Synthetic DNA Storing Digital Images (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Eva Gil San Antonio, Melpomeni Dimopoulou, Marc Antonini, Pascal Barbry, Raja Appuswamy
Publié dans: 2021 IEEE International Conference on Image Processing (ICIP), 2021, Page(s) 1899-1903, ISBN 978-1-6654-4115-5
Éditeur: IEEE
DOI: 10.1109/icip42928.2021.9506592

A Sequencing Noise Resistant Code Mapping Algorithm for Image Storage in DNA

Auteurs: Melpomeni Dimopoulou, Eva Gil San Antonio, Marc Antonini
Publié dans: CORESA, 2020
Éditeur: CORESA

Storing Digital Data Into DNA: A Comparative Study Of Quaternary Code Construction (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Melpomeni Dimopoulou, Marc Antonini, Pascal Barbry, Raja Appuswamy
Publié dans: ICASSP 2020 - 2020 IEEE International Conference on Acoustics, Speech and Signal Processing (ICASSP), 2020, Page(s) 4332-4336, ISBN 978-1-5090-6631-5
Éditeur: IEEE
DOI: 10.1109/icassp40776.2020.9054654

OneJoin: Cross-architecture, scalable edit similarity join for DNA data storage using oneAPI

Auteurs: Marinelli, Eugenio; Appuswamy, Raja
Publié dans: ADMS, 2021
Éditeur: ADMS

A quaternary code mapping resistant to the sequencing noise for DNA image coding

Auteurs: Melpomeni Dimopoulou, Eva Gil San Antonio, Marc Antonini
Publié dans: MMSP, 2020
Éditeur: IEEE Xplore

Universal Layout Emulation for Long-Term Database Archival

Auteurs: Raja Appuswamy, Vincent Joguin
Publié dans: Conference on Innovative Data Systems Research, 2021
Éditeur: Conference on Innovative Data Systems Research (CIDR)

Towards passive, migration-Free, standardized, long-term database archival (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Appuswamy, Raja
Publié dans: SIGMOD Record, 2022, ISSN 0163-5808
Éditeur: Association for Computing Machinary, Inc.
DOI: 10.1145/3552490.3552506

Direct oligonucleotide sequencing with nanopores (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Sachin Chalapati, Conor A Crosbie, Dixita Limbachiya, Nimesh Pinnamaneni
Publié dans: Open Research Europe, Numéro 1, 2021, Page(s) 47, ISSN 2732-5121
Éditeur: EU Commission
DOI: 10.12688/openreseurope.13578.2

Image storage onto synthetic DNA (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Melpomeni Dimopoulou, Marc Antonini, Pascal Barbry, Raja Appuswamy
Publié dans: Signal Processing: Image Communication, Numéro 97, 2021, Page(s) 116331, ISSN 0923-5965
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.image.2021.116331

Direct oligonucleotide sequencing with nanopores (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Sachin Chalapati, Conor Crosbie, Dixita Limbachiya and Nimesh Chandra Pinnamaneni
Publié dans: Protocol Exchange, 2020
Éditeur: Nature Research
DOI: 10.21203/rs.3.pex-914/v1

Droits de propriété intellectuelle

Methods for storing digital data as, and for transforming digital data into, synthetic DNA

Numéro de demande/publication: 20 2016811985
Date: 2020-03-06
Demandeur(s): CENTRE NATIONAL DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE CNRS

Methods for storing digital data as, and for transforming digital data into, synthetic DNA

Numéro de demande/publication: 20 2016811985
Date: 2020-03-06
Demandeur(s): UNIVERSITE DE NICE - SOPHIA ANTIPOLIS

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