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Best practices reportDescription of knowledge exchange and best practices from coordination meetings
Protocol for computational methods for spatial cell mappingExtension of pipeline on spatial data sets development of a framework for analysis and presentation of single cell information in a spatial context
Protocols.io collection of tissue acquisition and processing methodsProtocolsio or similar platform collection of tissue acquisition and processing methods from discovAIR
Protocol for computational methods for microscopy-based single cell detection and phenotypingImprovement of framework to create a lung cell annotated single cell database for nuclei and extending with cytoplasm segmentation
Integrated spatial mapsIntegrated spatial maps of the cell types in each patient cohort based on ChloFISH Data from each disease cohort will be compared to the corresponding data from the deep dive and to each other
Github collection of discovAIR computational methodsGithub collection of computational methods developed within discovAIR
Project website online continuously updated with news progress reports and links to published papers datasets and information about upcoming meetings of discovAIR and HCA
Portal prototypePortal prototype developed for the scientific community for data handling data analysis and interactive presentation of the accumulated single cell information in a spatiotemporal context
Position paper on user groups perspective on discovAIR platformPosition paper on Human Lung Cell Atlas requirements from user groups perspective
Software application for annotation & visualization of multimodal dataSoftware application for annotation and visualisation of multimodal singlecell feature datasets
Publications
Auteurs:
Masahiro Yoshida, Kaylee B. Worlock, Ni Huang, Rik G.H. Lindeboom, Colin R. Butler, Natsuhiko Kumasaka, Cecilia Dominguez Conde, Lira Mamanova, Liam Bolt, Laura Richardson, Krzysztof Polanski, Elo Madissoon, Josephine L. Barnes, Jessica Allen-Hyttinen, Eliz Kilich, Brendan C. Jones, Angus de Wilton, Anna Wilbrey-Clark, Waradon Sungnak, J. Patrick Pett, Elena Prigmore, Henry Yung, Puja
Publié dans:
Nature, Numéro 602, 2022, Page(s) 321-327, ISSN 0028-0836
Éditeur:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41586-021-04345-x
Auteurs:
Giovanni Palla, Hannah Spitzer, Michal Klein, David Fischer, Anna Christina Schaar, Louis Benedikt Kuemmerle, Sergei Rybakov, Ignacio L. Ibarra, Olle Holmberg, Isaac Virshup, Mohammad Lotfollahi, Sabrina Richter & Fabian J. Theis
Publié dans:
Nature Methods, Numéro 19(2), 2022, Page(s) 171-178, ISSN 1548-7091
Éditeur:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41592-021-01358-2
Auteurs:
Christoph H Mayr, Lukas M Simon, Gabriela Leuschner, Meshal Ansari, Janine Schniering, Philipp E Geyer, Ilias Angelidis, Maximilian Strunz, Pawandeep Singh, Nikolaus Kneidinger, Frank Reichenberger, Edith Silbernagel, Stephan Böhm, Heiko Adler, Michael Lindner, Britta Maurer, Anne Hilgendorff, Antje Prasse, Jürgen Behr, Matthias Mann, Oliver Eickelberg, Fabian J Theis, Herbert B Schiller
Publié dans:
EMBO Molecular Medicine, Numéro 13/4, 2021, ISSN 1757-4676
Éditeur:
John Wiley & Sons Ltd.
DOI:
10.15252/emmm.202012871
Auteurs:
Simon G. Pfisterer, Ivonne Brock, Kristiina Kanerva, Iryna Hlushchenko, Lassi Paavolainen, Pietari Ripatti, Mohammad Majharul Islam, Aija Kyttälä, Maria D. Di Taranto, Annalisa Scotto di Frega, Giuliana Fortunato, Johanna Kuusisto, Peter Horvath, Samuli Ripatti, Markku Laakso, Elina Ikonen
Publié dans:
Cell Reports Methods, Numéro Volume 2 issue 2, 2022, Page(s) 100166, ISSN 2667-2375
Éditeur:
Elsevier
DOI:
10.1016/j.crmeth.2022.100166
Auteurs:
Mohammad Lotfollahi, Mohsen Naghipourfar, Malte D. Luecken, Matin Khajavi, Maren Büttner, Marco Wagenstetter, Žiga Avsec, Adam Gayoso, Nir Yosef, Marta Interlandi, Sergei Rybakov, Alexander V. Misharin & Fabian J. Theis
Publié dans:
Nature Biotechnology, Numéro 40, 2022, Page(s) 121-130, ISSN 1087-0156
Éditeur:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41587-021-01001-7
Auteurs:
Marie Deprez, Laure-Emmanuelle Zaragosi, Marin Truchi, Christophe Becavin, Sandra Ruiz García, Marie-Jeanne Arguel, Magali Plaisant, Virginie Magnone, Kevin Lebrigand, Sophie Abelanet, Frédéric Brau, Agnès Paquet, Dana Pe’er, Charles-Hugo Marquette, Sylvie Leroy, Pascal Barbry
Publié dans:
American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine, Numéro 202/12, 2020, Page(s) 1636-1645, ISSN 1073-449X
Éditeur:
American Thoracic Society
DOI:
10.1164/rccm.201911-2199oc
Auteurs:
Christoph Muus, Malte D. Luecken, Gökcen Eraslan, Lisa Sikkema, Avinash Waghray, Graham Heimberg, Yoshihiko Kobayashi, Eeshit Dhaval Vaishnav, Ayshwarya Subramanian, Christopher Smillie, Karthik A. Jagadeesh, Elizabeth Thu Duong, Evgenij Fiskin, Elena Torlai Triglia, Meshal Ansari, Peiwen Cai, Brian Lin, Justin Buchanan, Sijia Chen, Jian Shu, Adam L. Haber, Hattie Chung, Daniel T. Montoro, Taylor
Publié dans:
Nature Medicine, Numéro 27/3, 2021, Page(s) 546-559, ISSN 1078-8956
Éditeur:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41591-020-01227-z
Auteurs:
Malte D. Luecken, Laure-Emmanuelle Zaragozi, Elo Madissoon, Lisa Sikkema, Alexandra B. Firsova, Elena De Domenico, Louis Kümmerle, Adem Saglam, Marijn Berg, Aurore C.A. Gay, Janine Schniering, Christoph H. Mayr, Xesús M. Abalo, Ludvig Larsson, Alexandros Sountoulidis, Sarah Teichmann, Karen van Eunen, Gerard H. Koppelman, Kourosh Saeb-Parsy, Sylvie Leroy, Pippa Powell, Ugis Sarkans, Wim Timens,
Publié dans:
European Respiratory Journal, Numéro Feb 3, 2022, 2022, ISSN 0903-1936
Éditeur:
European Respiratory Society
DOI:
10.1183/13993003.02057-2021
Auteurs:
Daniel Wendisch, Oliver Dietrich, Tommaso Mari, Saskia von Stillfried, Ignacio L. Ibarra, Mirja Mittermaier, Christin Mache, Robert Lorenz Chua, Rainer Knoll, Sara Timm, Sophia Brumhard, Tobias Krammer, Henrik Zauber, Anna Luisa Hiller, Anna Pascual-Reguant, Ronja Mothes, Roman David Bülow
Jessica Schulze, Alexander M. Leipold, Sonja Djudjaj, Florian Erhard, Robert Geffers, Fabian Pott, Julia Kaz
Publié dans:
Cell, Numéro Volume 184, Numéro 26, 2021, Page(s) 6243*6261, ISSN 0092-8674
Éditeur:
Cell Press
DOI:
10.1016/j.cell.2021.11.033
Auteurs:
Hananeh Aliee,Florian Massip,Cancan Qi,Maria Stella de Biase,Jos van Nijnatten,Elin T. G. Kersten,Nazanin Z. Kermani,Basil Khuder,Judith M. Vonk,Roel C. H. Vermeulen,U-BIOPRED study group,Cambridge Lung Cancer Early Detection Programme,INER-Ciencias Mexican Lung Program,Margaret Neighbors,Gaik W. Tew,Michele A. Grimbaldeston,Nick H. T. ten Hacken,Sile Hu,Yike Guo,Xiaoyu Zhang,Kai Sun,Pieter S. Hie
Publié dans:
Allergy, Numéro Volume 77, Numéro 2, 2021, Page(s) 690-694, ISSN 1398-9995
Éditeur:
John Wiley and Sons, Ltd
DOI:
10.1111/all.15152
Auteurs:
Janette K. Burgess, Marnix R. Jonker, Marijn Berg, Nick T.H. ten Hacken, Kerstin B. Meyer, Maarten van den Berge, Martijn C. Nawijn, Irene H. Heijink
Publié dans:
European Respiratory Journal, Numéro 57/2, 2021, Page(s) 2001286, ISSN 0903-1936
Éditeur:
European Respiratory Society
DOI:
10.1183/13993003.01286-2020
Auteurs:
David S. Fischer; Meshal Ansari; Karolin I. Wagner; Sebastian Jarosch; Yiqi Huang; Christoph H. Mayr; Maximilian Strunz; Niklas J. Lang; Elvira D’Ippolito; Monika Hammel; Laura Mateyka; Simone Weber; Lisa S. Wolff; K. Witter; Isis E. Fernandez; Gabriela Leuschner; Katrin Milger; Marion Frankenberger; Lorenz Nowak; Katharina Heinig-Menhard; Ina Koch; Mircea Gabriel Stoleriu; Anne Hilgendorff; Jü
Publié dans:
Nature Communications, Numéro 12(1), 2021, Page(s) 4515, ISSN 2041-1723
Éditeur:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41467-021-24730-4
Auteurs:
Pascal Barbry, Brice Marcet, Ignacio Caballero
Publié dans:
American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine, Numéro 203/10, 2021, Page(s) 1214-1216, ISSN 1073-449X
Éditeur:
American Thoracic Society
DOI:
10.1164/rccm.202012-4434ed
Auteurs:
Pablo Moreno, Silvie Fexova, Nancy George, Jonathan R Manning, Zhichiao Miao, Suhaib Mohammed, Alfonso Muñoz-Pomer, Anja Fullgrabe, Yalan Bi, Natassja Bush, Haider Iqbal, Upendra Kumbham, Andrey Solovyev, Lingyun Zhao, Ananth Prakash, David García-Seisdedos, Deepti J Kundu, Shengbo Wang, Mathias Walzer, Laura Clarke, David Osumi-Sutherland, Marcela Karey Tello-Ruiz, Sunita Kumari, Doreen Ware, J
Publié dans:
Nucleic Acid Research, Numéro volume 50, issue D1, 2021, Page(s) D129-D140, ISSN 0305-1048
Éditeur:
Oxford University Press
DOI:
10.1093/nar/gkab1030
Auteurs:
James L. Daly, Boris Simonetti, Katja Klein, Kai-En Chen, Maia Kavanagh Williamson, Carlos Antón-Plágaro, Deborah K. Shoemark, Lorena Simón-Gracia, Michael Bauer, Reka Hollandi, Urs F. Greber, Peter Horvath, Richard B. Sessions, Ari Helenius, Julian A. Hiscox, Tambet Teesalu, David A. Matthews, Andrew D. Davidson, Brett M. Collins, Peter J. Cullen, Yohei Yamauchi
Publié dans:
Science, Numéro 370/6518, 2020, Page(s) 861-865, ISSN 0036-8075
Éditeur:
American Association for the Advancement of Science
DOI:
10.1126/science.abd3072
Auteurs:
Angela Serra, Michele Fratello, Antonio Federico, Ravi Ojha, Riccardo Provenzani, Ervin Tasnadi, Luca Cattelani, Giusy del Giudice, Pia A S Kinaret, Laura A Saarimäki, Alisa Pavel, Suvi Kuivanen, Vincenzo Cerullo, Olli Vapalahti, Peter Horvath, Antonio Di Lieto, Jari Yli-Kauhaluoma, Giuseppe Balistreri, Dario Greco
Publié dans:
Briefings in Bioinformatics, Numéro Volume 23, Numéro 1, 2022, ISSN 1467-5463
Éditeur:
Oxford University Press
DOI:
10.1093/bib/bbab507
Auteurs:
Daniel F. Dwyer, Jose Ordovas-Montanes, Samuel J. Allon, Kathleen M. Buchheit, Marko Vukovic, Tahereh Derakhshan, Chunli Feng, Juying Lai, Travis K. Hughes, Sarah K. Nyquist, Matthew P. Giannetti, Bonnie Berger, Neil Bhattacharyya, Rachel E. Roditi, Howard R. Katz, Martijn C. Nawijn, Marijn Berg, Maarten van den Berge, Tanya M. Laidlaw, Alex K. Shalek, Nora A. Barrett, Joshua A. Boyce
Publié dans:
Science Immunology, Numéro 6/56, 2021, Page(s) eabb7221, ISSN 2470-9468
Éditeur:
American Association for the Advancement of Science
DOI:
10.1126/sciimmunol.abb7221
Auteurs:
Joseph Bergenstråhle, Ludvig Larsson, Joakim Lundeberg
Publié dans:
BMC Genomics, Numéro 21/1, 2020, ISSN 1471-2164
Éditeur:
BioMed Central
DOI:
10.1186/s12864-020-06832-3
Auteurs:
Réka Hollandi, Ákos Diósdi, Gábor Hollandi, Nikita Moshkov, Péter Horváth
Publié dans:
Molecular Biology of the Cell, Numéro 31/20, 2020, Page(s) 2179-2186, ISSN 1059-1524
Éditeur:
American Society for Cell Biology
DOI:
10.1091/mbc.e20-02-0156
Auteurs:
Akos Diosdi, Dominik Hirling, Maria Kovacs, Timea Toth, Maria Harmati, Krisztian Koos, Krisztina Buzas, Filippo Piccinini, Peter Horvath
Publié dans:
Data in Brief, Numéro 36, 2021, Page(s) 107090, ISSN 2352-3409
Éditeur:
Elsevier BV
DOI:
10.1016/j.dib.2021.107090
Auteurs:
Alexandros Sountoulidis, Andreas Liontos, Hong Phuong Nguyen, Alexandra B. Firsova, Athanasios Fysikopoulos, Xiaoyan Qian, Werner Seeger, Erik Sundström, Mats Nilsson, Christos Samakovlis
Publié dans:
PLOS Biology, Numéro 18/11, 2020, Page(s) e3000675, ISSN 1545-7885
Éditeur:
Public Library of Science
DOI:
10.1371/journal.pbio.3000675
Auteurs:
Abel Szkalisity, Filippo Piccinini, Attila Beleon, Tamas Balassa, Istvan Gergely Varga, Ede Migh, Csaba Molnar, Lassi Paavolainen, Sanna Timonen, Indranil Banerjee, Elina Ikonen, Yohei Yamauchi, Istvan Ando, Jaakko Peltonen, Vilja Pietiäinen, Viktor Honti, Peter Horvath
Publié dans:
Nature Communications, Numéro 12/1, 2021, ISSN 2041-1723
Éditeur:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41467-021-22866-x
Auteurs:
Akos Diosdi, Dominik Hirling, Maria Kovacs, Timea Toth, Maria Harmati, Krisztian Koos, Krisztina Buzas, Filippo Piccinini, Peter Horvath
Publié dans:
Computational and Structural Biotechnology Journal, Numéro 19, 2021, Page(s) 1233-1243, ISSN 2001-0370
Éditeur:
Elsevier
DOI:
10.1016/j.csbj.2021.01.040
Auteurs:
Andreas Mund, Fabian Coscia, András Kriston, Réka Hollandi, Ferenc Kovács, Andreas-David Brunner, Ede Migh, Lisa Schweizer, Alberto Santos, Michael Bzorek, Soraya Naimy, Lise Mette Rahbek-Gjerdrum, Beatrice Dyring-Andersen, Jutta Bulkescher, Claudia Lukas, Mark Adam Eckert, Ernst Lengyel, Christian Gnann, Emma Lundberg, Peter Horvath & Matthias Mann
Publié dans:
Nature Biotechnology, 2022, ISSN 1087-0156
Éditeur:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41587-022-01302-5
Auteurs:
Malte D. Luecken, M. Büttner, K. Chaichoompu, A. Danese, M. Interlandi, M. F. Mueller, D. C. Strobl, L. Zappia, M. Dugas, M. Colomé-Tatché & Fabian J. Theis
Publié dans:
Nature Methods, Numéro 19, 2022, Page(s) 41-50, ISSN 1548-7091
Éditeur:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41592-021-01336-8
Auteurs:
Eva Gracia Villacampa, Ludvig Larsson, Reza Mirzazadeh, Linda Kvastad, Alma Andersson, Annelie Mollbrink, Georgia Kokaraki, Vanessa Monteil, Niklas Schultz, Karin Sofia Appelberg, Nuria Montserrat, Haibo Zhang, Josef M. Penninger, Wolfgang Miesbach, Ali Mirazimi, Joseph Carlson, JoakimLundeberg
Publié dans:
Cell Genomics, Numéro Volume 1 Isuue 3, 2021, Page(s) 100065, ISSN 2666-979X
Éditeur:
Elsevier
DOI:
10.1016/j.xgen.2021.100065
Auteurs:
Waradon Sungnak, Ni Huang, Christophe Bécavin, Marijn Berg, Rachel Queen, Monika Litvinukova, Carlos Talavera-López, Henrike Maatz, Daniel Reichart, Fotios Sampaziotis, Kaylee B. Worlock, Masahiro Yoshida, Josephine L. Barnes
Publié dans:
Nature Medicine, Numéro 26/5, 2020, Page(s) 681-687, ISSN 1078-8956
Éditeur:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41591-020-0868-6
Auteurs:
Istvan Grexa, Akos Diosdi, Andras Kriston, Nikita Moshkov, Maria Harmati, Krisztina Buzas, Vilja Pietiainen, Krisztian Koos, Peter Horvath
Publié dans:
Scientific Reports, Numéro 11(1), 2021, Page(s) 14813, ISSN 2045-2322
Éditeur:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41598-021-94217-1
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