The evolutionary epidemiology of commensal bacteria: the case of Escherichia coli from 1980 to 2025

Informations projet

EvoComBac

N° de convention de subvention: 949208

DOI

10.3030/949208

Date de signature de la CE 15 Decembre 2020

Date de début 1 Juin 2021

Date de fin 30 Novembre 2026

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 1 499 893,00

Contribution de l’UE

€ 1 499 893,00

Coordonné par

CENTRE NATIONAL DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE CNRS
France

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Publications

Peer reviewed articles (7)

Residence-colonization trade-off and niche differentiation enable coexistence of Escherichia coli phylogroups in healthy humans

Auteurs: Thibaut Morel-Journel, Sonja Lehtinen, Olivier Cotto, Rafika Amia, Sara Dion, Clarisse Figueroa, Jonathan N V Martinson, Pascal Ralaimazava, Olivier Clermont, Xavier Duval, Forough L Nowrouzian, Seth T Walk, Erick Denamur, François Blanquart
Publié dans: The ISME Journal, Numéro 19, 2025, ISSN 1751-7362
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1093/ismejo/wraf089

Strain phylogroup and environmental constraints shape <i>Escherichia coli</i> dynamics and diversity over a 20-year human gut time series

Auteurs: Bénédicte Condamine, Thibaut Morel-Journel, Florian Tesson, Guilhem Royer, Mélanie Magnan, Aude Bernheim, Erick Denamur, François Blanquart, Olivier Clermont
Publié dans: The ISME Journal, Numéro 19, 2025, ISSN 1751-7362
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1093/ismejo/wrae245

Within-Host Dynamics and Duration of Colonization of Travel-Acquired Multidrug-Resistant Enterobacterales in Untreated Individuals

Auteurs: Olivier Cotto, Laurence Armand-Lefèvre, Sophie Matheron, Etienne Ruppé, François Blanquart the VOYAG-R study group
Publié dans: Clinical Infectious Diseases, 2023, ISSN 1537-6591
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/cid/ciad369

A stochastic analysis of the interplay between antibiotic dose, mode of action, and bacterial competition in the evolution of antibiotic resistance

Auteurs: Peter Czuppon, Troy Day, Florence Débarre, François Blanquart
Publié dans: PLOS Computational Biology, Numéro 19, 2023, Page(s) e1011364, ISSN 1553-7358
Éditeur: Public Library of Science (PLoS)
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1011364

Drivers and impact of the early silent invasion of SARS-CoV-2 Alpha

Auteurs: Benjamin Faucher, Chiara E. Sabbatini, Peter Czuppon, Moritz U. G. Kraemer, Philippe Lemey, Vittoria Colizza, François Blanquart, Pierre-Yves Boëlle, Chiara Poletto
Publié dans: Nature Communications, Numéro 15, 2024, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-46345-1

The evolution of antibiotic resistance in Europe, 1998–2019

Auteurs: Martin Emons, François Blanquart, Sonja Lehtinen
Publié dans: PLOS Pathogens, Numéro 21, 2025, Page(s) e1012945, ISSN 1553-7374
Éditeur: Public Library of Science (PLoS)
DOI: 10.1371/journal.ppat.1012945

The bacterial genetic determinants of Escherichia coli capacity to cause bloodstream infections in humans

Auteurs: Judit Burgaya, Julie Marin, Guilhem Royer, Bénédicte Condamine, Benoit Gachet, Olivier Clermont, Françoise Jaureguy, Charles Burdet, Agnès Lefort, Victoire de Lastours, Erick Denamur, Marco Galardini, François Blanquart, the Colibafi/Septicoli and Coliville groups
Publié dans: PLOS Genetics, 2023, ISSN 1553-7404
Éditeur: PLOS
DOI: 10.1371/journal.pgen.1010842