Objetivo
Molecular evolutionary studies have traditionally concentrated on single genes or a single group of organisms. The advent of genome projects, and the rapid progress that has been made in sequencing the genomes of model organisms, has created a demand for changes in the way molecular evolutionary analysis is carried out.
First, there is a pressing need for increasingly automated methods of analysis to cope with increased volumes of data (for example, assignment of proteins to super families and reconstruction of phylogenetic trees). Second, there is an opportunity to develop new methods of analysis that exploit the wealth of data on chromosome organization that has recently become available from genome projects (for example, the variation of base composition and gene density along chromosomes). We propose to address these issues by developing new analytical methods and writing new software to implement them. Specifically, we will develop methods for six areas of analysis described below.
1. Ribosomal RNA Database: Development of a database for storing, retrieving, and aligning large sets of homologous rRNA sequences. This database will serve as a model for specialised gene family databases.
2. Gene Family Alignment: Development of algorithms for adding new sequences to existing alignments, with special reference to ribosomal RNA. 3. Chromosome Organization and Compartmentalization: Analysis of gene composition, gene density, and gene orientation as a function of gene location, particularly with respect to chromosome landmarks such as replication origins, centromeres and telomeres.
4. Gene Duplication and Genome Rearrangement: Identification of duplicate genes and duplicate chromosomal regions; use of molecular clocks to estimate the ages of duplication events; methods for converting observed extents of chromosomal rearrangement among species into quantitative measures of evolutionary distance.
5. Compositional Biases: Development of methods to study the effects of nucleotide and amino acid composition biases, and codon usage bias, on the accuracy of phylogenetic tree reconstruction and on the estimation of rates of molecular evolution. Analysis of the effects of bias on the efficiency of gene identification in genome sequence data.
6. Pattern Searching: Screening large datasets of functionally equivalent sequences to identify sequence motifs of functional importance, with special reference to promoter and other non-coding sequences.
Our network comprises six European laboratories that have strong individual track records in silico molecular evolutionary analysis and have complementary interests and experience. All software developed by the network will be written and implemented on UNIX workstations (with, where necessary, X-windows graphical interfaces), which are now the standard platform for the field, and will be made freely available through the European Bioinformatics Institute software distribution archives.
Ámbito científico (EuroSciVoc)
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
- ciencias naturales informática y ciencias de la información base de datos
- ciencias naturales ciencias químicas química orgánica aminas
- ciencias naturales ciencias biológicas genética cromosoma
- ciencias naturales ciencias biológicas genética genoma
- ciencias naturales ciencias biológicas biología molecular evolución molecular
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Programa(s)
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
Tema(s)
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Convocatoria de propuestas
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
Datos no disponibles
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
Régimen de financiación
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Coordinador
2 Dublin
Irlanda
Los costes totales en que ha incurrido esta organización para participar en el proyecto, incluidos los costes directos e indirectos. Este importe es un subconjunto del presupuesto total del proyecto.