Objectif
Arabidopsis has been adopted as a model organism for the molecular analysis of complex plant processes, and consequently there has been a very large increase in the number of genes isolated by map-based cloning methods. Accompanying this work, physical maps of the 5 chromosomes are being established which will increase the ease and effectiveness of gene isolation. In addition, techniques for insertional mutagenesis, using transposons and T-DNA, have been developed and are being applied on a scale commensurate with obtaining multiple insertions in every gene. The next step in developing the full utility of Arabidopsis is the systematic sequencing of the genome, which is a foundation for significant advances for increasing the scope of many aspects of plant research, for making it more cost-effective, and for making the quality and likelihood of success of research programmes more assessable. The goal of sequencing the entire genome of selected model organisms is the first step in defining the structure of all transcripts, the expression patterns of all genes and the phenotypes of mutations in all genes. The conceptual framework and tools for this are now available in Arabidopsis. Therefore a strategy of genome sequencing which accumulates sequence at known positions in the genome, thus permitting an orderly strategy for completion and providing an immediate resource for systematic function search, has a high priority in plant science research.
This proposal aims to extend the pilot-scale genome sequencing project launched by the EC in 1993 to complete the sequence of chromosome 4. This is the first plant chromosome to be physically mapped, and several discoveries relevant to sequencing strategies were made in this work. The first is the assembly of 4 YAC contigs covering approximately 17 Mb of the chromosome, the second is the definition of the boundaries of the centromere, and the third is the extreme clustering of repeats at the centromere, subtelomeric and NOR regions. Thus the 17 Mb YAC contigs contain a very low level of repetitive DNA, indicating that a straightforward approach to sequencing, without having to consider low-accuracy sequencing of repetitive regions, will yield nearly all of the sequence of protein-coding DNA of this chromosome. The parameters of chromosome 4 can be used to estimate the relative size of Arabidopsis low-copy sequence as about 105 Mb. The aims of this proposal are to sequence the low-copy regions of chromosome 4 of Arabídopsis thaliana (Arabidopsis) and to contribute to an international strategy to complete the sequence of the 105 Mb low copy regions of the genome in an efficient, cost effective and timely manner. The Work Programme calls for 1O Mb of sequence; the remaining regions on the bottom arm of chr 4 cover 11.4 Mb, which will be sequenced using the potential funding available. An existing collaboration with US colleagues presently sequencing on the top arm of chromosome 4 will be extended such that they will complete the 3.5 Mb top arm as part of the contemporaneous US Arabidopsis genome sequencing project. The final deliverable of this collaboration will be the first sequence of a plant chromosome, from which important information about genome organization, repeat structures, recombination frequency as well as the sequence of about 3200 new genes can be obtained.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
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- sciences naturelles sciences biologiques génétique ADN
- sciences naturelles sciences biologiques génétique mutation
- sciences naturelles sciences biologiques génétique chromosome
- sciences naturelles sciences biologiques génétique génome
- sciences naturelles sciences biologiques botanique
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Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
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Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
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Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
Données non disponibles
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Coordinateur
NR4 7UH NORWICH
Royaume-Uni
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.