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CORDIS - Résultats de la recherche de l’UE
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Contenu archivé le 2024-04-30

Novel approaches for the development of new and sensitive molecular diagnosis for detection of sulfate reducing bacteria in environmental samples like oil

Objectif



SRB would be identified by genetic fingerprint and detected by molecular hybridization and/or polymerase chain reaction (PCR). Furthermore, incubation time before analysis could be canceled or signifcantly reduced. rRNAs and related genes play an important role in micro-organisms identification because they combine many advantages. Analysis of rRNAs sequences is one of the main concept in bacterial populations studies. rRNAs are abundant in each bacteria (e.g.: 10,000 copies in E. coli). rRNAs sequences present regions with high variability useful for determination of specific probes for each microbial species. They also present more conserved region leading to determination of specific probes for groups or bacterial species. rRNAs are easily used as targets for PCR amplification, which could allow detection of viable but non cultivable species. Furthermore PCR amplifications of variables regions lead to a synthesis of new probes. Many studies have been realized in many laboratories (more than 4,000 sequences of 16S rRNAs specific of each bacterial species). Each bacterial cell contains important quantities of rRNAs which could be detected by in situ hybridization. We will try to develop fluorescent probes species-specific or taxon-specific for enumeration of diffent SRB. Membranes treatment will be developed and associated with computing associated images analysis systems. PCR is a very powerful tool to obtain and to analyze high quantities of target DNA sequences. Its high sensitivity is important when there are few bateria and/or when biological samples are not cultivable. Furthermore, its high quickness is particularly interesting in the case of emergency diagnosis and when a short delay is allowed (traditional microbiological analysis require a long time before results can be read). PCR is perfectly adapted to rRNAs structures with variable and conserved sequences. We will have to identify the most perfroming sequences (specificity, sensitivity and relativity) to develop the most efficient molecular diagnosis tool. So we will have to test these sequences, individually and in multiplex PCR reactions, on control samples and contaminated samples.

Champ scientifique (EuroSciVoc)

CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.

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Programme(s)

Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.

Thème(s)

Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.

Appel à propositions

Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.

Données non disponibles

Régime de financement

Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.

EAW - Exploratory awards

Coordinateur

GENOLIFE S.A.
Contribution de l’UE
Aucune donnée
Adresse
Biopole Clermont Limagne
63360 SAINT BEAUZIRE
France

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Coût total

Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.

Aucune donnée

Participants (1)

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