Objetivo
We have chosen to study type II restriction endonucleases and DNA methyltransferases because they provide a rich source of information about protein-DNA interactions and because they have gained an enormous importance in Molecular Biology due to their applications in recombinant DNA technologies, genome mapping, manipulation of chromosomes and health care. Recent crystallographic studies have revealed novel DNA-binding motifs and new modes of DNA recognition.
To understand the precise mechanisms underlying sequence specific DNA recognition, these studies are extended in the present proposal to the development of novel specificities and include structural and biochemical work with mutated proteins complexed with DNA, along with a systematic examination of the roles of individual residues and bases implicated in specific DNA binding. Moreover, biochemical and biophysical methods are employed to understand the thermodynamics and kinetics of DNA binding, and computational techniques are used for modelling protein-DNA interactions. It will be attempted to apply the experience gained from these experiments to the engineering of modified enzymes with altered specificities, focusing on the commercially interesting restriction endonucleases with 8-base pair recognition sequences. The project uses the EcoRV restriction endonuclease and the DNA methyltransferases EcoRV and dam as model systems with the prime objective to explore the possibility of altering their specificities, as this is considered the most informative approach for understanding interactions with DNA and fruitful in terms of potential applications. To this end, the project: a) uses crystallographic studies of the above enzymes or of their variants complexed with DNA b) employs mutagenesis and advanced selection techniques to alter the specificity of wild-type enzymes c) attempts to engineer modified enzymes with altered DNA recognition specificities, focusing on 8-base pair cutters. d) employs biocomputing approaches to develop a deeper understanding of the spatial relations in protein-DNA recognition interactions. The work will be executed in interwoven cycles of random or site-directed mutagenesis of the proteins studied, selection, gene expression, biochemical and biophysical studies over several rounds until interesting enzyme variants are obtained. Structural work on those will iteratively redefine the regions to be mutated and the cycle will be started again with novel constructions. We have assembled an international team of academic and industrial laboratories with complementary expertise in of macromolecular crystallography, mutagenesis, selection techniques, gene expression, oligonucleotide synthesis, biophysical biochemical studies and biocomputing.
The work complies with the objectives of the Biotechnology programme as new structures will be determined, our understanding of the correlation between primary and tertiary structures will be improved and it will be attempted to redesign enzymatic properties using both in-vitro selection technologies, as well as rational, computer-assisted techniques.
Ámbito científico (EuroSciVoc)
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
- ciencias naturales ciencias biológicas genética ADN
- ciencias naturales ciencias de la tierra y ciencias ambientales conexas geología mineralogía cristalografía
- ciencias naturales ciencias biológicas genética cromosoma
- ciencias naturales ciencias biológicas bioquímica biomoléculas proteínas enzima
- ciencias naturales ciencias biológicas biología molecular
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Programa(s)
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
Tema(s)
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Convocatoria de propuestas
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
Datos no disponibles
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
Régimen de financiación
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Coordinador
71110 Heraklion
Grecia
Los costes totales en que ha incurrido esta organización para participar en el proyecto, incluidos los costes directos e indirectos. Este importe es un subconjunto del presupuesto total del proyecto.