Objectif
The general objective is to develop an integrated European protein structure database and knowledge base. This will be achieved through the integration of data, algorithmic and knowledge based computational approaches.
Progress has been made in the design of a standard schema of object types and relations describing protein structure and sequence.
The user interface to SESAMI, ALI, contains metaknowledge about SESAM. Commands have been developed in ALI to introduce this metaknowledge interactively, thereby allowing the user to bring ALI up to date on changes made in SESAM. Further improvements have been made to the automatic query building algorithm in ALI. The MENU of ALI has been reorganized into a tree structure that reflects the hierarchic concepts of protein structure. This greatly facilitates the specification of data fields and conditions in accessing SESAM. A set of PLOT and GRAPH commands have been introduced to produce 2-dimensional graphic output (screen or printer) of any pair of numerical data fields extracted from SESAM. Information on aligned sequences of 28 protein families have been stored in SESAM. An exhaustive repertoire of sequence patterns, uniquely associated with secondary structures at specific positions, and their respective territories in all known protein structures has also been stored in SESAM.
2 algorithms to extract from the database representative sets of protein chains with maximum coverage and minimum redundancy have been developed. A sequence alignment tool has been developed which performs all pairwise comparisons and generates protein families by single linkage cluster analysis. To identify motifs, a method for generating local structural alignments has been developed.
A prototype extension to the object-oriented database has been implemented which allows relational database storage routines to be used to store objects. Progress has been made in the addition and validation of protein topology data in the TOPOL database and in the development of user interfaces.
The project is concerned with the development of an integrated protein structure environment and with the development of new computer methods for relating protein sequence, structure and function, by exploiting methods of logic programming, automatic learning procedures, and models of expert problem solving. Data, algorithmic and knowledge based computational approaches will be pooled, cross validated and applied to improve protein structure analysis, prediction methods and computer aided protein design techniques.
Among the more specific goals are the following important developments:
Deriving standard forms for manipulating and exchanging data entities among the project partners and between software developed by them or commercially.
Cross validation of data and software developed by the different partners through direct comparisons facilitated by the use of a common data scheme and storage environment. This includes development of data validation software, testing data programs and scientific methodology in the context of structure prediction and modelling.
Shared development of user interfaces (front end), efficient data storage (back end), as well as programs and methods.
Improved integration of advanced methods of database management and AI technology into the field of molecular biology.
Improved knowledge based methods for protein structure prediction.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
- sciences naturelles informatique et science de l'information logiciel
- sciences naturelles mathématiques mathématiques pures topologie
- sciences naturelles sciences biologiques biochimie biomolécule protéines
- sciences naturelles informatique et science de l'information bases de données base de données relationnelle
- sciences naturelles sciences biologiques biologie moléculaire
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Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Données non disponibles
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
Données non disponibles
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Coordinateur
1050 BRUXELLES
Belgique
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.