Objetivo
The process of proviral integration has been intensively studied but relatively little attention has been paid to the localisation of the integrated provirus in the host's cell genome. The widespread and persistent opinion that viral integration is random was challenged 15 years ago by a new approach based on the compositional fractionation of mammalian genomes. These genomes are mosaics of isochores, namely of very long (>300 kb) DNA segments that are compositionally homogeneous, belong to a small number of families, and cover a very extended GC range (30-60% for the human genome).
The large DNA fragments, 50-100 kb in size, form routine DNA preparations and reflect the base composition of the isochores from which they derive. They can be fractionated by preparative equilibrium centrifugation in Cs2SO4 density gradients in the presence of sequence-specific DNA ligands. In the human genome, two GC-poor isochore families, L1 and L2, form 62% of the genome, and three GC-rich isochore families, H1, H2 and H3, make up 20%, 10% and 3-5% of the genome, respectively, the rest being represented by satellite and ribosomal DNA. Gene concentration is low and constant in GC-poor isochore families, and increasingly higher in GC-rich isochore. The latter correspond to reverse and telomeric bands, the former to Giemsa bands on metaphase chromosomes.
Hybridisation with appropriate probes of the integrated viral sequences in compositional fractions of host cell DNA has shown that, in all cases investigated so far, integration of expressed viral sequence is compartmentalised, i.e. it takes place in isochore families that show a compositional match with the viral sequences. This compartmentalised integration was found for bovine leukaemia virus BLV, hepatitis B virus HBV, and Rous sarcoma virus RSV, sequences which all integrate in GC-rich regions of the host genome, and for mouse mammary tumour virus MMTV, sequences which integrate in GC-rich regions. Recent results indicate that the GC-rich genome of HTLV-I is integrated in the GC-rich isochores of the human genome. Moreover, transcribed viral sequences appear to be located in compartments characterised by higher GC levels than untranscribed sequences.
Ámbito científico (EuroSciVoc)
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
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Programa(s)
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
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Tema(s)
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
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Convocatoria de propuestas
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
Datos no disponibles
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
Régimen de financiación
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Datos no disponibles
Coordinador
75005 Paris
Francia
Los costes totales en que ha incurrido esta organización para participar en el proyecto, incluidos los costes directos e indirectos. Este importe es un subconjunto del presupuesto total del proyecto.