Objectif
The molecular recognition of nucleic acids by proteins is central to many cellular and biochemical processes. One important type of interaction, which is poorly understood, is the contact of phosphodiester linkages in RNA and DNA to basic amino acids such as arginine, lysine and histidine. Such interactions provide both hydrogen-bonding and electrostatic components and appear to be crucial in many cases of protein-nucleic acid recognition. This research project focuses on a novel technique of chemical cross-linking (developed in Moscow) that relies on spatial proximity of a basic amino acid in a protein to an activated pyrophosphate to identify essential phosphate interactions in nucleic acids substrates. The pyrophosphate is introduced chemically into a specific location in a synthetic DNA substrate. It is planned to extend this technique to the introduction of activated pyrophosphates into synthetic RNA duplexes.
This technique will be applied to the study of RNA-protein interactions by focusing on two essential Human Immunodeficiency Virus gene regulatory proteins: tat and rev (studied in Cambridge) which both contain regions of highly basic amino acids that are crucial for recognition of their respective RNA targets (TAR and RRE). The technique will also be developed further to study the interaction of the Vsr mismatch endonuclease with its substrate DNA (studied in Göttingen) which is important in a newly discovered pathway of macromolecular DNA metabolism. Pyrophosphate-modified DNA will be useful here also to act as an enzyme inhibitor for kinetic studies of the enzyme and also for DNA-protein cross-linking studies. The two sections of the project act as general paradigms of RNA-protein and DNA-protein interactions from which fundamental principles should emerge. The Moscow laboratory has pioneered the cross-linking chemistry in DNA whilst the laboratories in Cambridge and Göttingen have specialist expertise in RNA-protein and DNA-protein interactions respectively.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
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Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
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Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
Données non disponibles
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Données non disponibles
Coordinateur
CB2 2QH Cambridge
Royaume-Uni
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.