Objectif
The original objectives of the Concerted Action were to allow the participating groups to:
a. collaborate on various issues of automated cytogenetics, to optimize the use of national resources, and to avoid unnecessary duplication of work,
b. to contribute to the standardization of cytogenetic analytical and preparative techniques,
c. to promote common European scientific and economic interests in the international competition in the field,
d. to initiate further European research activities (eg in image processors and image analysis),
e. to recommend systems and methods to European industry and to potential users.
European collaboration on automated cytogenetics was resulted in the following achievements:
improved performance and specifications of automatic metaphase finders;
development of new and more efficient techniques for segmenting metaphases into isolated chromosomes;
development of new and more efficient procedures for features extraction and chromosome classification;
development of alternative hardware and software for automated cytogenetic analysis;
development of prototype instrumentation for automated molecular cytogeneticanalysis;
testing of European systems for cytogenetic analysis that are commercially available.
Through the collaborating network, a number of important problems of automated cytogenetics have been solved. Examples are in the refinement of karyotyping classifiers; in the use of the X windows standard for supporting interaction; in the evaluation of commercial systems; and in the sharing of data bases. Recently the groups have focused intensively on new staining techniques for cytogenetic analysis, the so called in situ hybridization (ISH) techniques. These techniques which may also be applied to interphase cells may eventually be shown to be more reliable and standardised than the conventional techniques used in the past. Furthermore the new ISH techniques may be ideal for automation because the results of analysis may be based on the statistical evaluation of data from many cells as compared to the present techniques where each cell is analysed individually.
In the course of the project a number of new groups have become involved with industry. Recently 3 new systems have been made commercially available on the basis of collaboration between groups and industry.
Cytogenetic analyses have become increasingly important for: 1) analysis of constitutional chromosomes abnormalities causing mental retardation and congenital malformations, eg Down Syndrome, 2) analysis of chromosome abnormalities associated with malignant diseases, and 3) monitoring biological effects of irradiation and of environmental mutagents by aberration scoring. All three kinds of cytogenetic analysis are time consuming and expensive, and automation is therefore required to cope with the increasing demands for cytogenetic analysis.
Methodology used
Automated cytogenetic analysis is a multidisciplinary task which requires input from many different specialities ranging from cytogenetics, biological dosimetry, and medicine to computer engineering, pattern recognition, image processing and physics. Furthermore, the various kinds of cytogenetic analyses require automated machines with different capabilities and specifications although some features are common. Consequently, the participating groups have conducted individual and different research projects, and the collaboration between the participating groups focused on:
a. Exchange of information through plenary workshops, mini (topic oriented) workshops, laboratory visits and newsletters.
b. Exchange of biological materials, eg slides.
c. Exchange of databases, eg images and extracted features.
d. Exchange of software (algorithms), eg for segmentation and classification.
e. Interlaboratory research projects on selected topics, eg development of classifiers and test of machines.
f. Collaboration with industry through exchange of information during workshops and through collaborative agreements between companies and individual groups.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
- sciences naturelles informatique et science de l'information logiciel
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- sciences naturelles sciences biologiques génétique chromosome
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Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Données non disponibles
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
Données non disponibles
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Coordinateur
2100 Copenhagen
Danemark
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.