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European gene vector database and repository

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Une base de données européennes pour la thérapie génique

Ces dernières années, la communauté scientifique internationale a assisté aux progrès de la thérapie génique dans le traitement des maladies incurables. Cette thérapie repose principalement sur les vecteurs de transfert de gène. L'EGDR (European gene vector database and repository) répond à un réel besoin dans le domaine actuel de la thérapie génique (communauté des chercheurs, industrie biotechnologique, pouvoirs publics) et a développé une base de données et une banque de vecteurs de gène.

Santé

Le traitement des maladies humaines par thérapie génique est en passe de devenir réalité. Ce dernier consiste principalement à introduire et exprimer des gènes spécifiques qui exercent dans les cellules humaines une activité thérapeutique (pour les troubles génétiques), toxique (pour les cancers) ou préventive (dans le cas de maladies infectieuses) et qui sont guidés par les vecteurs de transfert de gène. Il existe une grande variété de vecteurs de transfert de gène. Issus des plasmides ou des virus (rétrovirus, adénovirus, MV et HSV), ils sont rangés dans la catégorie des médicaments biotechnologiques. La plupart des vecteurs de gène ont été développés et testés sur des cellules cultivées in vitro ainsi que dans divers modèles animaux, tandis que de nombreux essais cliniques sont en cours ou ont été achevés avec succès. Les gouvernements et les industries pharmaceutiques et biotechnologiques ont ainsi concentré leurs efforts sur le développement de vecteurs de gène performants, efficaces et sans danger. Il restait à l'EGDR un ultime défi à relever, celui d'intégrer toutes les informations éparses accumulées sur les vecteurs de gène, objectif atteint par le développement d'une base de données pertinente et viable et d'une banque de vecteurs de gène. La base de données informatique constitue la première source de données compilées précise et fiable sur les vecteurs de gène actuellement disponibles en termes de structure et d'origine ainsi que sur les utilisations et les particularités de vecteurs de gène spécifiques et de leurs lignées cellulaires (tropisme, promoteurs, unités d'expression génétique, stabilité génétique, toxicité, efficacité biologique, résultats cliniques, qualité des préparations de vecteurs, disponibilité). La banque de matériel biologique (BM) contenant des informations sur les aliquotes parfaitement caractérisés des vecteurs disponibles (en termes de structure, séquence, origine, qualité de la préparation, titre, présence de contaminants) permet aux utilisateurs d'accéder à des informations de grande qualité sur le matériel biologique. La base de données comprend une centaine d'éléments différents (73 plasmides, 9 lignées cellulaires et 18 vecteurs) provenant des banques propres à chaque partenaire. Ces éléments sont conservés en sécurité par Genethon, qui les met sur demande à disposition de la communauté scientifique. Ce premier ensemble comprend les lignées cellulaires des producteurs, les squelettes plasmidiques permettant de créer des vecteurs viraux comme les adénovirus, les virus adéno-associés, les parvovirus autonomes de la souris, les rétrovirus, les lentivirus, les vecteurs basés sur le virus SV40 ainsi que le matériel nécessaire pour effectuer des tests de contrôle qualitatif (lignées cellulaires et virus pour le titrage des vecteurs). Tous ces vecteurs de gène sont ou peuvent être exploités lors des expérimentations de transfert de gène pour la recherche fondamentale et/ou le développement de vecteurs, les approches des essais pré-cliniques et cliniques (in vivo/ex vivo, marquage des gènes), les projets de recherche et les projets pré-cliniques ciblant des maladies acquises et génétiques et de manière directe lors des essais cliniques. La base de données a été intégrée au site web de l'EGDR (http://www.egdr.org). En bref, ce site contient: les objectifs du projet initial dans le contexte du programme de travail de la CE; la liste des membres du consortium, accompagnée des liens conduisant à leurs sites Web respectifs; une note explicative sur la façon de soumettre ou d'obtenir le matériel biologique auprès de l'EGDR; la liste du matériel biologique disponible dans la banque, tout comme le résultat de la première entrée effectuée par les partenaires et les directives de sélection du matériel; des informations sur chaque élément comme par exemple des cartes et des séquences pour les plasmides, des spécifications de qualité et des références bibliographiques; des formulaires téléchargeables pour obtenir/soumettre du matériel. La création de bases de données informatiques et d'ensembles/de banques de matériel biologique facilite l'organisation, la caractérisation et la standardisation des informations sur les vecteurs de transfert de gène. Par ailleurs, la mise en place de services d'assurance qualité et de contrôle de qualité garantit la qualité des deux types d'information. Grâce à ce nouveau système, les conditions variées de production, de test et d'évaluation mises en oeuvre pour obtenir les données produisent des informations comparables sur les vecteurs de gène. En outre, il est possible malgré la grande quantité de données disponibles, le degré de variabilité des conditions expérimentales et le nombre de variantes différentes des vecteurs de gène, de tirer des conclusions générales claires à partir des expériences de transfert de gène. De plus, l'accès aux vecteurs de gène, y compris à ceux du domaine public, est devenu plus facile et leur qualité en termes d'origine, de titre, de contaminants et de structure est garantie. Une analyse de contrôle qualité a été réalisée pour certifier l'identité des spécifications matérielles, physiques et biologiques. Les partenaires de l'EGDR ont fourni ces différents éléments provenant de leurs activités respectives de R&D en cours ou passées et les ont assortis d'une note sur les résultats obtenus et leur exploitation potentielle. La dimension européenne de ce projet montre que l'utilisation de l'EGDR en tant qu'outil de routine dans le domaine de la thérapie génique peut servir de catalyseur à tous les chercheurs de vecteurs de gène et tous les décideurs l'ayant adopté. La communauté scientifique est extrêmement intéressée par cette initiative normalisatrice, comme en témoignent les 13000 visites et plus enregistrées sur le site durant les 6 premiers mois. A ce stade de développement dans le domaine de la thérapie génique, l'existence d'une base de données clairement organisée, couplée à une banque recensant le matériel biologique dûment répertorié (vecteurs de gène) représente un outil important pour la communauté scientifique ainsi que pour l'industrie biotechnologique et les pouvoirs publics.

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