Intégration des transcrits alternatifs
La production de l'ARNm mature à partir de l'ADN génomique est un processus extrêmement contrôlé, régulé à plusieurs niveaux (initiation de la transcription, épissage et polyadénylation). Ce processus est donc sujet à variations et donne naissance à partir d'un même gène à des isoformes d'ARNm qui diffèrent au niveau de leur site d'initiation (traduction protéique), de leurs exons et même au niveau des régions non traduites. Ces isoformes d'ARNm sont le plus souvent spécifiques d'un stade de développement ou de certains tissus et le disfonctionnement de leur expression conduit la plupart du temps à des maladies comme le cancer ou la sclérose en plaques. De tels transcrits alternatifs (TA) sont fondamentaux pour la conception de nouvelles molécules et de stratégies thérapeutiques ciblées. L'intégration de toutes les informations disponibles sur les transcrits alternatifs a donc été l'objectif du projet ATD («The alternate transcript diversity project») financé par l'UE. Les partenaires du projet ont réussi à générer l'une des meilleures ressources disponibles au niveau mondial sur l'épissage alternatif, cette banque de données appelée ASTD pour «Alternative Splicing and Transcript Diversity» est hébergée sur le serveur de l'Institut de bioinformatique européen (http://www.ebi.ac.uk/astd/). Cette banque de données fournit des informations sur les transcrits alternatifs de la souris, du rat et de l'homme. La mise en place d'une interface ASTD conviviale a largement contribué à l'utilisation généralisée de cette base de données et constitue l'une des réussites majeures du projet. Cette interface permet par exemple aux chercheurs de rechercher un transcriptome alternatif sur de nombreuses lignées différentes. Les utilisateurs peuvent ainsi localiser les transcrits alternatifs tout en visualisant des informations détaillées sur les isoformes du gène et leur expression. De plus, le serveur web d'ASTD permet d'associer certains transcrits alternatifs avec des tissus spécifiques ou des maladies bien précises. Les chercheurs du projet ATD ont spécialement insisté sur la validation expérimentale de plus de 500 transcrits alternatifs potentiels chez l'homme et la souris. Ils ont sélectionné les transcrits humains en se basant soit sur leur expression potentielle dans les cellules cancéreuses soit à partir d'essais de dépistage, 73 d'entre eux ont ainsi montré une expression spécifique en relation avec le cancer. Dans l'ensemble, le projet ATD a ainsi développé plusieurs outils et méthodes utiles de détermination et d'analyse des transcrits alternatifs. La base de données ATD constitue ainsi un moyen extraordinaire qui permettra aux chercheurs d'associer les variations de l'expression génétique avec certaines situations physiologiques ou pathologiques.
