Integrare le informazioni del trascritto alternativo
La produzione di mRNA maturo partendo da DNA genomico è un processo altamente controllato, regolato a diverse fasi (inizio della trascrizione, splicing e poliadenilazione). Ciò fornisce un'intrinseca variazione delle isoforme di mRNA dello stesso gene, che si differenziano per sito iniziale, esoni e regione non tradotta. Queste isoforme di mRNA sono specifiche per tessuto o fase di sviluppo, e il disturbo nella loro espressione spesso causa malattie quali cancro e sclerosi multipla. Questi trascritti alternativi (AT) hanno importanti conseguenze per la progettazione di nuovi farmaci e terapie mirate. Integrare le informazioni esistenti sugli AT in un database era l'oggetto dell'iniziativa finanziata dall'UE intitolata ATD ("The alternate transcript diversity project"). I partner del progetto hanno creato una delle migliori risorse sulla trascrizione alternativa a livello mondiale, nota come ASTD, database dello Splicing Alternativo e della Diversità del Trascritto, ospitata sul sito web dell'Istituto Europeo Di Bioinformatica (EBI): http://www.ebi.ac.uk/astd/. Il database ha fornito informazioni sul trascritto alternativo di umani, topi e ratti. Un risultato importante è stata l'interfaccia di ricerca ASTD, di facile utilizzo, che ha contribuito ulteriormente alla diffusione del suo uso. L'interfaccia ha permesso agli studiosi di eseguire ricerche nel trascrittoma alternativo seguendo numerosi criteri diversi. Gli utenti potevano localizzare i trascritti alternativi visualizzando contemporaneamente informazioni su isoforme ed espressioni genetiche dettagliate. Inoltre il server ASTD permetteva l'associazione di AT a tessuti o malattie specifici. Il progetto ATD ha dato particolare risalto alla convalida sperimentale di oltre 500 trascritti previsti negli esseri umani e nei topi. I trascritti umani sono stati selezionati per la loro espressione di geni putativi nelle cellule del cancro, e in seguito a procedure di screening 73 AT sono stati identificati con comprovata espressione cancro-specifica. In generale, il progetto ATD ha sviluppato diversi strumenti e metodi per determinare e analizzare gli AT. Il database ATD ha un grande potenziale come mezzo per associare la variazione dell'espressione genica alle situazioni fisiologiche e patologiche.
