Integracja informacji o alternatywnych transkryptach
Wytwarzanie dojrzałego mRNA z genomicznego DNA jest procesem wymagającym ścisłej kontroli i regulacji na różnych etapach (inicjacja transkrypcji, splicing i poliadenylacja). Pozwala ono uzyskać inherentne warianty izoformów mRNA z tego samego genu, różniących się miejscem inicjacji, eksonami i regionem niepoddanym translacji. Otrzymane izoformy mRNA są swoiste dla tkanki lub etapu rozwojowego, a zakłócenie ich ekspresji często powoduje choroby, takie jak rak czy stwardnienie rozsiane. Tego rodzaju transkrypty alternatywne (AT) mają duże znaczenie dla projektowania nowych leków i prowadzenia terapii celowanych. Zebranie istniejących informacji na temat AT w ramach jednej bazy danych było celem finansowanej ze środków UE inicjatywy "Projekt na rzecz różnorodności transkryptów alternatywnych" (ATD). Partnerzy projektu stworzyli jeden z najlepszych zasobów dotyczących transkryptów alternatywnych na świecie: bazę danych ASTD (Alternative Splicing and Transcript Diversity), mieszczącą się na stronie internetowej Europejskiego Instytutu Bioinformatyki (EBI) (http://www.ebi.ac.uk/astd/). Baza zawiera dane transkryptów alternatywnych człowieka, myszy i szczura. Ważnym osiągnięciem projektu było stworzenie przyjaznego dla użytkownika interfejsu przeszukiwania ASTD, ułatwiającego powszechne korzystanie z bazy. Interfejs umożliwia naukowcom wyszukiwanie transkryptów alternatywnych według różnych kryteriów. Użytkownicy mogą określać lokalizację transkryptów, wyświetlając szczegółowe informacje dotyczące izoformów i ekspresji genów. Serwer ASTD pozwala ponadto na kojarzenie AT z konkretnymi tkankami i schorzeniami. Uczestnicy projektu ATD zajmowali się także doświadczalnym testowaniem ponad 500 potencjalnych transkryptów ludzi i myszy. Wyselekcjonowano transkrypty ludzkie pod kątem ewentualnej ekspresji w komórkach rakowych oraz, na drodze badań przesiewowych, zidentyfikowano 73 AT o potwierdzonej ekspresji swoistej dla nowotworu. Podsumowując, w ramach projektu ATD stworzono szereg narzędzi i metod pozwalających identyfikować i analizować AT. Baza danych ATD ma ogromny potencjał w zakresie określania powiązań między odmianami ekspresji genów a stanami fizjologicznymi i patologicznymi.