Laying the Biological, Computational and Architectural Foundations for Human Cell Lineage Discovery

Informations projet

LineageDiscovery

N° de convention de subvention: 670535

DOI

10.3030/670535

Projet clôturé

Date de signature de la CE 7 Août 2015

Date de début 1 Septembre 2015

Date de fin 31 Janvier 2021

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 2 250 000,00

Contribution de l’UE

€ 2 250 000,00

Coordonné par

WEIZMANN INSTITUTE OF SCIENCE
Israel

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Les liens vers les livrables et les publications des projets du 7e PC, ainsi que les liens vers certains types de résultats spécifiques tels que les jeux de données et les logiciels, sont récupérés dynamiquement sur OpenAIRE .

Publications

Peer reviewed articles (9)

Whole-Genome Amplification—Surveying Yield, Reproducibility, and Heterozygous Balance, Reported by STR-Targeting MIPs

Auteurs: Ofir Raz, Liming Tao, Tamir Biezuner, Tzipy Marx, Yaara Neumeier, Narek Tumanyan, Ehud Shapiro
Publié dans: International Journal of Molecular Sciences, 2022, ISSN 1422-0067
Éditeur: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms23116161

A generic, cost-effective, and scalable cell lineage analysis platform

Auteurs: Tamir Biezuner, Adam Spiro, Ofir Raz, Shiran Amir, Lilach Milo, Rivka Adar, Noa Chapal-Ilani, Veronika Berman, Yael Fried, Elena Ainbinder, Galit Cohen, Haim M. Barr, Ruth Halaban, Ehud Shapiro
Publié dans: Genome Research, Numéro 26/11, 2016, Page(s) 1588-1599, ISSN 1088-9051
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gr.202903.115

eSTGt: a programming and simulation environment for population dynamics

Auteurs: Adam Spiro, Ehud Shapiro
Publié dans: BMC Bioinformatics, Numéro 17/1, 2016, ISSN 1471-2105
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12859-016-1004-y

Erratum to: eSTGt: a programming and simulation environment for population dynamics

Auteurs: Spiro, Adam; Shapiro, Ehud
Publié dans: BMC Bioinformatics, Numéro 1, 2016, ISSN 1471-2105
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12859-016-1155-x

Accuracy of Answers to Cell Lineage Questions Depends on Single-Cell Genomics Data Quality and Quantity

Auteurs: Adam Spiro; Ehud Shapiro
Publié dans: PLoS Computational Biology, Numéro 1, 2016, ISSN 1553-734X
Éditeur: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1004983

On the journey from nematode to human, scientists dive by the zebrafish cell lineage tree

Auteurs: Ehud Shapiro
Publié dans: Genome Biology, Numéro 19/1, 2018, ISSN 1474-760X
Éditeur: BMC
DOI: 10.1186/s13059-018-1453-x

Short tandem repeat stutter model inferred from direct measurement of in vitro stutter noise

Auteurs: Ofir Raz, Tamir Biezuner, Adam Spiro, Shiran Amir, Lilach Milo, Alon Titelman, Amos Onn, Noa Chapal-Ilani, Liming Tao, Tzipy Marx, Uriel Feige, Ehud Shapiro
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 47/5, 2019, Page(s) 2436-2445, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gky1318

Benchmarked approaches for reconstruction of in vitro cell lineages and in silico models of C. elegans and M. musculus developmental trees

Auteurs: W Gong, AA Granados, J Hu, MG Jones, O Raz, I Salvador-Martínez,…Ehud Shapiro, MichaelB.Elowitz, Pablo Meyer
Publié dans: Cell Systems, 2021, ISSN 2405-4712
Éditeur: CellPress
DOI: 10.1016/j.cels.2021.05.008

Retrospective cell lineage reconstruction in humans by using short tandem repeats

Auteurs: Liming Tao, Ofir Raz, Zipora Marx, Manjusha S Ghosh, Sandra Huber, Julia Greindl-Junghans, Tamir Biezuner, Shiran Amir, Lilach Milo, Rivka Adar, Ron Levy, Amos Onn, Noa Chapal-Ilani, Veronika Berman, Asaf Ben Arie, Guy Rom, Barak Oron, Ruth Halaban, Zbigniew T.Czyz, Melanie Warner-Klein, Christoph A. Klein, Ehud Shapiro
Publié dans: Cell reports methods, 2021, ISSN 2667-2375
Éditeur: CellPress
DOI: 10.1016/j.crmeth.2021.100054