Une étude recommande une intervention sur la population canine pour prévenir les épidémies de rage en Asie Des scientifiques ont analysé la dynamique de propagation du virus de la rage chez les chiens domestiques et estimé son taux de transmission et de diffusion en Chine rurale. Santé © nobeastsofierce, Shutterstock La rage est une maladie virale évitable qui touche plus de 150 pays. Plus de 59 000 personnes meurent de la rage chaque année. Selon l’Organisation mondiale de la santé, 95 % des cas de rage humaine observés concernent l’Asie et l’Afrique. Et ce sont les chiens domestiques qui sont responsables de la transmission à l’homme du virus de la rage (RABV) dans 99 % des cas. Il est par conséquent crucial de comprendre comment il se propage. Des scientifiques partiellement soutenus par trois projets financés par l’UE, ReservoirDOCs, PATHPHYLODYN et VIROGENESIS, ont reconstitué l’histoire récente de sa diffusion chez les chiens domestiques dans la province du Yunnan, en Chine, où l’on observe un retour de la rage depuis 1999. Ils ont se sont servis de 17 années de données génomiques et épidémiologiques et ont combiné une approche phylogéographique à une modélisation mathématique pour estimer le taux de transmission du RABV entre chiens et des chiens vers les humains. Leurs conclusions ont été publiées dans la revue «PLOS Pathogens». La phylogéographie est l’étude des principes et processus qui gouvernent la distribution géographique des lignées généalogiques. Prévention et contrôle Les chercheurs ont constaté que l’absence de données précises obtenues en temps opportun entravait le contrôle du virus de la rage dans les pays en développement. Ils ont également souligné que le nombre de décès humains dus à la contamination par le RABV était sous-estimé. «Ces incertitudes entravent inévitablement les efforts d’amélioration de la stratégie de contrôle de l’épidémie et l’évaluation de l’efficacité des mesures de suivi.» Ils concluent: «Nos résultats indiquent que des interventions dans la population canine seraient efficaces pour réduire la transmission aux êtres humains, en particulier parce que cela permettrait potentiellement de combattre la propension à l’auto-entretien de l’épidémie chez les chiens.» Et les chercheurs ajoutent: «Mieux comprendre la diffusion du RABV en termes de dynamique spatiale et temporelle est nécessaire pour disposer des informations qui contribueront à prévenir et à contrôler la rage humaine dans les vastes zones rurales chinoises.» Le projet ReservoirDOCs (The evolutionary dynamics of pathogen emergence and establishment: from Reservoir Detection to Outbreak Control), qui a alloué des fonds à l’étude, a été lancé afin d’analyser comment les agents pathogènes viraux apparaissent et se transmettent. Comme l’explique le site CORDIS, l’équipe du projet «étudiera en détail les dynamiques de réservoir du HCV [virus de l’hépatite C] en procédant au séquençage complet de génomes d’hépacivirus prélevés sur des échantillons infectés à partir d’un dépistage à grande échelle chez les rongeurs africains, et analysera l’histoire de sa transmission d’une espèce à l’autre en recourant à des méthodes évolutives novatrices qui prennent en compte la variabilité temporelle et spatiale dans des pressions de sélection». Par ailleurs, le projet en cours se penchera sur l’implantation précoce du HIV-1 et utilisera les données relatives à la récente épidémie d’Ebola en Afrique de l’Ouest «en tant que modèles pour mettre au point des approches statistiques de haut niveau dans le but d’extraire des informations épidémiologiques pratiques en temps utile à partir de séquences du génome au cours des épidémies et au fur et à mesure de leur développement.» Un autre projet ayant soutenu ces recherches, VIROGENESIS (Virus discovery and epidemic tracing from high throughput metagenomic sequencing), a mis au point des outils bio-informatiques pour le diagnostic des virus en ayant recours à une technologie de séquençage de prochaine génération. Achevé mi-2018, le projet a créé des algorithmes et des applications logicielles permettant de suivre les épidémies en temps réel. La problématique génétique est également au cœur du projet en cours PATHPHYLODYN (Pathogen Phylodynamics: Unifying Evolution, Infection and Immunity) qui a contribué aux conclusions du même document de recherche. Ce projet «a pour objectif de développer et d’appliquer de nouvelles méthodes mathématiques, informatiques et statistiques afin d’analyser la vaste quantité, qui ne cesse d’augmenter, de données génétiques sur les maladies infectieuses», comme l’explique le site CORDIS. Ses recherches couvrent les virus humains, y compris le HIV-1 et la grippe. Il étudie également «comment les réponses immunitaires et les populations de virus réagissent et s’adaptent en réaction les unes aux autres». Pour plus d’informations, veuillez consulter: page web de ReservoirDOCs site web du projet VIROGENESIS projet PATHPHYLODYN sur le site CORDIS Pays Belgique
