Le microbiome intestinal, cet organe oublié
Nos corps contiennent des milliers d'espèces bactériennes différentes qui dépassent de plus de dix fois celui des cellules. Leur impact sur la physiologie, l'immunité et la nutrition ne fait aucun doute même s'il parait dans le même temps, extrêmement complexe. L'identification et la caractérisation des différentes communautés microbiennes du corps humain ont fait l'objet de nombreuses recherches différentes. Pourtant, pour pouvoir établir une comparaison des données entre différentes études et minimiser les variations, des protocoles uniformes sont absolument nécessaires. La portée de l'initiative IHMS (International human microbiome standards), financée par l'UE, a normalisé les procédures de la recherche du microbiome humain. Se concentrant principalement sur les communautés du microbiote intestinal, les groupes participants ont comparé et optimisé les procédures standard et les protocoles dans la compilation d'échantillons, le séquençage de génomes microbiens et l'analyse de données. Toutes les procédures opératoires standard (POS) sont accessibles par le site web d'IHMS. Fin janvier 2016, le site web avait enregistré plus de 1 000 téléchargements de fichiers POS. Les partenaires ont optimisé plusieurs paramètres de la procédure de prélèvement, y compris le temps et la température de collecte, de stockage et de livraison sur la qualité des échantillons. Idéalement, les échantillons prélevés à domicile devraient être transportés le jour même et de préférence conservés au froid, dans des conditions anaérobie. Les deux méthodes proposées par IHMS de collecte d'échantillons et de transport garantissent la préservation des espèces microbiennes à analyser. Le consortium a développé 3 POS pour le séquençage de l'ADN en utilisant des données de plus de 20 laboratoires. Ils ont également analysé et compilé ces données en utilisant deux POS pour réaliser une évaluation phylogénétique dans chaque échantillon. Cela constitue un outil important dans la caractérisation des communautés microbiennes, l'une se base sur la taxonomie et l'autre s'appuie sur la fonction. Une procédure générique a été développée pour regrouper les gènes codés par les mêmes génomes et pour assembler des génomes complets avec une qualité élevée. Cela a permis la découverte de plus de 500 nouvelles espèces et près de 5 000 éléments génétiques plus petits, comme les virus et les plasmides. Les recherches de l'IHMS permettront de déterminer comment différents terrains génétiques, régimes alimentaires ou, plus généralement, différents modes de vie affectent la composition des communautés microbiennes d'un appareil digestif normal. L'élaboration de nouveaux composés pharmaceutiques destinés à améliorer la compétitivité de notre flore microbienne endogène permettra quant à elle d'améliorer ou de restaurer notre santé.
Mots‑clés
Intestin humain, microbiome, communautés microbiennes, microbiome humain, procédures opératoires standard
