El microbioma del intestino humano, el órgano desatendido
El organismo humano contiene miles de especies bacterianas diferentes, las cuales superan en diez veces el número de células. Su impacto en la fisiología, la inmunidad y la nutrición es indiscutible, pero al mismo tiempo es muy complejo. La determinación y caracterización de las comunidades microbianas presentes en los seres humanos han sido el objeto de estudio de muchos proyectos de investigación. Sin embargo, se necesitan protocolos estandarizados para comparar datos entre estudios y reducir la variabilidad. La iniciativa financiada con fondos europeos IHMS (International human microbiome standards) ha realizado una labor de normalización de procedimientos aplicados en la investigación sobre el microbioma humano. Centrados en las comunidades microbianas del intestino, los grupos participantes compararon y optimizaron los protocolos y procedimientos estándar para la recogida de muestras, la secuenciación de genomas microbianos y el análisis de datos. Se puede acceder a todos los procedimientos operativos estándar (POE) a través de la web de IHMS. El sitio web registró hasta finales de enero de 2016, en total, más de mil descargas del archivo de un POE. Los socios optimizaron varios parámetros del procedimiento de muestreo, incluyendo la hora y la temperatura de recogida, almacenamiento y envío, factores que influyen en la calidad de las muestras. Idealmente, las muestras recolectadas en casa deberían ser enviadas en el plazo de un día y preferentemente en condiciones de frío. El método propuesto por los socios del proyecto IHMS para la toma y el envío de muestras garantiza la preservación de las especias microbianas para su análisis. El consorcio desarrolló tres POE para la secuenciación del ADN empleando datos procedentes de más de una veintena de laboratorios. Además, analizó y recopiló estos datos empleando dos POE para efectuar una evaluación filogenética en cada muestra. Estos constituyen herramientas importantes para la caracterización de las comunidades microbianas, uno basado en la taxonomía y otro basado en la función. Se ha desarrollado un nuevo procedimiento genérico para agrupar los genes codificados por los mismos genomas y para ensamblar genomas completos con gran calidad. Ello ha permitido descubrir más medio millar de especies nuevas y cerca de cinco mil elementos genéticos más pequeños, como virus y plásmidos. La investigación del proyecto IHMS identificará cómo diferentes trasfondos genéticos, dietas y, en sentido más amplio, estilos de vida diferentes afectan a las comunidades microbianas más comunes del tracto intestinal. También ayudará a mejorar o restablecer la salud gracias al desarrollo de nuevos productos farmacéuticos para mejorar la eficacia de la microbiota endógena.
Palabras clave
Intestino humano, microbioma, comunidades microbianas, microbioma humano, procedimientos operativos estándar (POE)
