Mikrobiom jelitowy człowieka — pomijany narząd
W organizmie człowieka żyją tysiące różnych gatunków bakterii, a ich liczba przewyższa dziesięciokrotnie liczbę ludzkich komórek. Ich wpływ na fizjologię, odporność i stan odżywienia jest bezdyskusyjny, a jednocześnie bardzo złożony. Określenie i scharakteryzowanie społeczności mikroorganizmów w ciele człowieka było przedmiotem licznych badań naukowych. Jednakże w celu porównania danych z różnych badań i zminimalizowania zmienności potrzebne są jednolite protokoły naukowe. W ramach projektu IHMS (International human microbiome standards), finansowanego ze środków UE, dokonano standaryzacji badań nad mikrobiomem człowieka. Skupiając się głównie na jelitowych społecznościach drobnoustrojów, uczestniczące grupy porównały i zoptymalizowały standardowe procedury i protokoły pobierania próbek, sekwencjonowania genomów drobnoustrojów i analizy danych. Wszystkie standardowe procedury operacyjne (SOP) są dostępne na stronie internetowej projektu IHMS. Do końca stycznia 2016 r. plik SOP pobrano ponad tysiąc razy. Partnerzy zoptymalizowali różne parametry procedury pobierania próbek, włączając w to czas i temperaturę, jak również przechowywanie, transport i jakość próbek. Wzorcowo, próbki pobrane w domu powinny zostać przetransportowane w ciągu jednego dnia, najlepiej w beztlenowych warunkach chłodniczych. W projekcie IHMS zaproponowano metody pobierania próbki i transportu, które gwarantują zachowanie gatunków mikroorganizmów do analizy. Dzięki wykorzystaniu danych z 20 laboratoriów, konsorcjum opracowało 3 SOPy do sekwencjonowania DNA. Te dane poddano analizie i opracowano przy użyciu dwóch SOPów, aby przeprowadzić filogenetyczną ewaluację każdej próbki. Jest to ważne narzędzie do charakterystyki społeczności drobnoustrojów, gdzie pierwsza procedura oferowała charakterystykę taksonomiczną, a druga funkcjonalną. Stworzono ogólną procedurę tworzenia klasterów genów z tych samych genomów i do składania całych genomów o wysokiej jakości. Umożliwiło to odkrycie ponad 500 nowych gatunków i około 5000 mniejszych elementów genetycznych, takich jak wirusy i plazmidy. Badania projektu IHMS pozwolą określić, w jaki sposób różne uwarunkowania genetyczne, dieta i ogólnie rozumiany styl życia wpływają na mikroflorę jelitową. Zaprojektowanie innowacyjnych farmaceutyków do wspomagania endogennej mikroflory przełoży się na poprawę lub przywrócenie zdrowia ludzi.
Słowa kluczowe
Jelito człowieka, mikrobiom, społeczności drobnoustrojów, mikrobiom człowieka, standardowe procedury operacyjne
