Une plateforme de spectrométrie de masse pour la protéomique
La spectrométrie de masse permet d'identifier la nature et la quantité d'une substance présente dans un échantillon ionisé, en la séparant selon sa masse et sa charge. Cette technique analytique a permis aux chercheurs de faire d'immenses progrès concernant la nature de divers matériaux et échantillons dans un grand nombre de domaines de recherche et plus particulièrement dans celui de la protéomique. Néanmoins, l'outil ultime permettant l'identification de biomarqueurs via la protéomique clinique restait à inventer. Les biomolécules ont tendance à se fragiliser et à se fragmenter lorsqu'elles sont ionisées. La désorption/ionisation laser assistée par matrice (MALDI) est une technique d'ionisation douce dont le protocole est moins brutal et donc plus adapté aux échantillons biologiques. La MALDI MS permet de mesurer directement de multiples analytes à partir de tissus intacts comme les échantillons cliniques sans avoir besoin de réactifs spécifiques pour les cibles visées. Le projet EUROMALDI (Ultra high performance MALDI mass spectrometer for basic research use and clinical applications), financé par l'UE, a donc été mis en place pour établir une plateforme protéomique de pointe basée sur cette technique. Le projet réunit une entreprise du Royaume-Uni leader mondial dans le domaine et un consortium universitaire de recherche français constitué de six équipes différentes venant de l'université, du milieu hospitalier et de l'Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM). Les chercheurs ont optimisé l'instrumentation MALDI MS conçue par la société britannique afin de permettre une analyse haute résolution et un haut débit en protéines, lipides et glucides pour une application clinique. Le prototype a permis d'aborder deux des carcinomes les plus meurtriers: le glioblastome (un type très agressif de tumeur maligne du cerveau et de la moelle épinière) et le cancer du pancréas. Des analyses médico-légales ont également été réalisées sur cette nouvelle solution protéomique, démontrant la polyvalence du système. Le consortium a également développé un logiciel de pointe pour une analyse spectrométrique et lipidomique y compris un nouveau logiciel pour MS-Imaging hautement compatible avec une utilisation clinique. Le partenariat entre l'industrie et l'université à l'origine du succès du projet, permet ainsi de renforcer la position d'une société privée tout en apportant d'importants investissements au consortium public de recherche grâce à sa plus grande notoriété mondiale. Qui plus est, la capacité d'identifier en temps réel la palette de protéines, de lipides et de glucides associés à certaines pathologies permettra de révolutionner le diagnostic, la prévention et le traitement des malades.
Mots‑clés
Spectrométrie de masse, protéomique, désorption-ionisation laser assistée par matrice, EUROMALDI, lipidomique