L'immunopeptidome se dévoile
La plupart des cellules du corps présentent des fragments de protéines (dont celles dérivées des pathogènes) en surface grâce aux molécules MHC de classe I. Ces peptides sont généralement appelés immunopeptidomes et leur présentation aux cellules immunitaires influence l'immunité. Par ailleurs, l'immunopeptidome joue un rôle dans l'auto-immunité et l'immunosurveillance du cancer. Cependant, nos connaissances de la composition cellulaire et de la biogenèse de l'immunopeptidome sont encore lacunaires. Pour résoudre ce problème, les chercheurs du projet IMMUNOPEPTIDOMICS (Global immunopeptidome landscape of normal and Mycobacterium tuberculosis-infected human cells), financé par l'UE, ont mis au point un système de spectrométrie de masse à haut débit afin de réaliser une mesure quantitative des peptides présentés par les molécules MHC/HLA. Plus particulièrement, ils ont pu mesurer l'immunopeptidome avec un haut niveau de reproductibilité et une précision quantitative grâce à la spectrométrie de masse SWATH. Les membres du projet ont produit des bibliothèques de peptides composées de spectres d'ions fragments analysés afin de réaliser des cartes numériques quantitatives des immunopeptidomes MHC. Leurs travaux ont par ailleurs porté sur les cellules cancéreuses, où ils ont isolé des peptides mutants associés aux molécules MHC de classe I. Dans une autre partie du projet, les chercheurs ont déterminé l'immunopeptidome des cellules humaines infectées par le dangereux pathogène Mycobacterium tuberculosis (Mtb), à l'origine de la tuberculose (TB). Face à la menace permanente de la TB, le besoin de nouveaux vaccins plus efficaces se fait cruellement sentir. L'identification des peptides Mtb liés aux molécules MHC I pourrait faire office de vaccin candidat contre la TB. Par ailleurs, les chercheurs ont complété leurs recherches grâce à des données protéomiques, épigénétiques et transcriptomiques lors de leur quête de biomarqueurs TB. Les résultats du projet IMMUNOPEPTIDOMICS ont favorisé le lancement du projet sur l'immunopeptidome humain (HIPP) dans le cadre du projet sur le protéome humain (B/D-HPP). Les informations relatives à l'immunopeptidome sont disponibles gratuitement en ligne. Le projet HIPP est présenté sur le site de la Human Proteome Organization. Globalement, le système de spectrométrie de masse IMMUNOPEPTIDOMICS pourrait accélérer le développement de thérapies immunitaires de nouvelle génération. Selon les partenaires, l'adoption de cette méthode pourrait donner lieu à des vaccins plus efficaces contre un certain nombre de maladies.
Mots‑clés
Immunopeptidome, système immunitaire, biomarqueur, vaccin, MHC classe I, cancer, tuberculose