Determinación del inmunopeptidoma
La mayoría de células del organismo expresan fragmentos de proteínas (incluso proteínas de patógenos) en su superficie a través del CMH de clase I. A este grupo de péptidos se les denomina inmunopeptidoma y su presentación a las células inmunitarias conforma la inmunidad. Además, se está descubriendo un papel del inmunopeptidoma en la autoinmunidad y la inmunovigilancia del cáncer. Sin embargo, su composición molecular y su biogénesis en personas sanas y enfermas se conocen poco. Para abordar esta cuestión se inició el proyecto IMMUNOPEPTIDOMICS (Global immunopeptidome landscape of normal and Mycobacterium tuberculosis-infected human cells), financiado con fondos europeos, en el que se desarrolló una técnica de espectrometría de masas de alto rendimiento para cuantificar los péptidos presentados por las moléculas de CMH/HLA. En concreto, se trató de medir el inmunopeptidoma con un alto grado de reproducibilidad y precisión cuantitativa mediante espectrometría de masas SWATH. Se elaboraron quimiotecas de péptidos en función del espectro iónico de los fragmentos que se analizaron para elaborar mapas cuantitativos de inmunopeptidomas de CMH. El trabajo se amplió a las células cancerosas donde identificaron péptidos mutados asociados a moléculas del CMH de clase I. En otra fase del proyecto, se determinó el inmunopeptidoma de células humanas infectadas por el patógeno potencialmente mortal Mycobacterium tuberculosis (Mtb), que es responsable de la tuberculosis (TB). La TB es una amenaza continua que requiere vacunas nuevas y más eficaces. Los péptidos Mtb unidos al CMH I podrían constituir candidatos de vacuna contra la TB. Además, junto con datos proteómicos, epigenéticos y transcriptómicos, esta información contribuirá a la identificación de biomarcadores para la TB. Los resultados de IMMUNOPEPTIDOMICS contribuyeron al lanzamiento del proyecto inmunopeptidoma (HIPP) como parte del Proyecto del Proteoma Humano (B/D-HPP). La información sobre el inmunopeptidoma está disponible para el público en Internet. Para más información sobre la iniciativa HIPP se puede acceder a la página web de la Organización del Proteoma Humano. En conjunto, la plataforma de espectrometría de masas diseñada en IMMUNOPEPTIDOMICS tiene la capacidad de acelerar el desarrollo de tratamientos inmunitarios de nueva generación. Se prevé que la rápida implementación de esta técnica permita optimizar el diseño de vacunas contra numerosas enfermedades.
Palabras clave
Inmunopeptidoma, sistema inmunitario, biomarcador, vacuna, CMH de clase I, cáncer, tuberculosis