Des outils bioinformatiques pour la biotechnologie
Parmi les objectifs clés de la biotechnologie se trouve l'identification des nouveaux enzymes et micro-organismes qui fourniront de nouveaux produits et des processus améliorés. Notamment, les protéines trouvent des applications dans divers processus comme les enzymes dans la synthèse chimique, dans le diagnostic, comme protéines thérapeutiques dans le traitement des maladies et dans des applications industrielles. Les progrès rapides du séquençage de l'ADN ont grandement facilité la première cartographie des génomes microbiens. Cela nécessite toutefois une analyse subséquente, à l'aide de systèmes bioinformatiques de mise en correspondance. Dans cet objectif, les scientifiques du projet BIOLEDGE (Bio knowledge extractor and modeller for protein production), financé par l'UE, se sont engagés à développer des outils de modélisation axés sur la bioinformatique pour intégrer et interpréter ces données. L'idée était de guider la recherche d'abord in silico, avant de mener des travaux coûteux et exigeants. Ces modèles prédictifs réduiraient la main-d'œuvre et les besoins financiers, et permettraient de surmonter les difficultés qui l'accompagnent. Parmi les accomplissements de BIOLEDGE citons une plateforme informatique haute performance pour la modélisation biologique et des outils de data mining pour l'analyse des données bioinformatique. Bien qu'axés sur la production de protéines, ces outils peuvent intégrer des données hétérologues. Par ailleurs, des modèles métaboliques des microbes industriellement pertinents Trichoderma reesei et Komagataella pastoris ont été générés, pour améliorer les souches et les conditions de culture. Ces modèles prédictifs des résultats des processus biologiques reposent sur des données à l'échelle du génome, et évaluent la relation entre différents facteurs dans tout processus de production de protéine donné. À l'avenir, les variantes des protéines modifiées devraient accroître la diversité les produits protéiques et étendre davantage les applications biotechnologiques des protéines. En même temps, le besoin de production efficace de protéines de haute qualité et le critère pour l'analyse de données ou des modèles prédictifs devraient augmenter. La biotechnologie industrielle étant un atout important de l'industrie européenne, les produits livrables de BIOLEDGE contribueront à sa compétitivité future.
Mots‑clés
Bioinformatique, biotechnologie, enzymes, micro-organismes, protéines, BIOLEDGE
