La bioinformatique pour dynamiser l'utilisation des biotechnologies
Le projet MICRO B3 (Marine microbial biodiversity, bioinformatics and biotechnology), financé par l'UE, a été lancé pour améliorer la capacité de l'Europe à intégrer la bioinformatique et les données de microbiologie marine. Il visait une gamme de disciplines en biologie, technologie, informatique et législation. Le consortium regroupait une grande variété de disciplines et se composait de 32 universités et entreprises partenaires, venant de toute l'Europe, avec des experts mondiaux en bioinformatique, informatique, biologie, écologie, océanographie, prospection biologique, biotechnologies et aspects juridiques. Les travaux ont consisté à mobiliser la recherche pour effectuer des prélèvements dans les océans, lors de trois Ocean Sampling Days OSD. Ces activités incluaient MYOSD, la première campagne scientifique grand public appelant les citoyens à effectuer des prélèvements microbiens dans les océans du monde entier. Les partenaires du projet ont aussi employé les techniques actuelles de séquençage, pour exploiter efficacement la masse de données résultante, dans le contexte de l'environnement. Ces données ont servi à générer des connaissances intégrées, à destination de la modélisation et de la biologie des écosystèmes marins. L'équipe a développé et testé plusieurs outils de bioinformatique. Il s'agissait d'une base de données 3DM, utilisant des processus dédiés pour les calculs de prévision de la sélectivité des enzymes pour le substrat. Un nouvel outil a utilisé des réseaux de concomitance pour déterminer les fonctions possibles de gènes découverts dans les microbes marins. Cet outil, associé à un recruteur de groupes de gènes, ultrarapide et biosynthétique, a été utilisé pour générer des cibles enzymatiques intéressantes pour les biotechnologies, à partir des métagénomes. Le consortium a aussi rédigé des accords de propriété intellectuelle pour la protection et l'usage durable de ressources génétiques microbiennes pré-concurrentielles, et leur exploitation dans le cadre d'applications commerciales à fort potentiel. Des activités de promotion et de formation ont été conduites en parallèle à celles des OSD et de MyOSD, pour rendre disponibles les résultats du projet et recevoir des avis des utilisateurs. MICRO B3 a contribué à surmonter les obstacles rencontrés par la recherche sur la biodiversité marine et les biotechnologies bleues, en permettant aux scientifiques de la mer et aux développeurs de biotechnologies de s'associer avec des experts en communication et en politique légale, d'une manière intégrée, en vue d'optimiser les résultats.
Mots‑clés
Génomes, métagénomes, MICRO B3, biodiversité, bioinformatique, biotechnologie, Ocean Sampling Days, accords de propriété intellectuelle