La bioinformatica amplifica le applicazioni biotecnologiche
Il progetto MICRO B3 (Marine microbial biodiversity, bioinformatics and biotechnology), finanziato dall’UE, è stato fondato per migliorare la capacità dell’Europa di integrare bioinformatica e dati marini microbiologici. L’obiettivo era quello di beneficiare di una gamma di discipline per ambiti quali scienze biologiche, tecnologia, informatica e legge. Un consorzio fortemente interdisciplinare ha incluso 32 partner accademici e industriali da tutta Europa. Tale consorzio comprende anche esperti leader a livello mondiale in fatto di bioinformatica, informatica, biologia, ecologia, oceanografia, bioprospezione e biotecnologia, come anche in fatto di aspetti legali. Il lavoro ha mobilitato la più ampia comunità di ricerca per il campionamento dell’oceano mondiale durante tre giornate dette Ocean Sampling days OSD. Gli eventi OSD hanno incluso MYOSD, la prima campagna scientifica per il cittadino, la quale consente ai cittadini di eseguire il campionamento microbico dell’oceano di tutto il mondo. I partner del progetto hanno inoltre impiegato le attuali tecnologie di sequenziamento con lo scopo di sfruttare in modo efficiente i dati di sequenza su larga scala, in un contesto ambientale. I dati sono stati utilizzati per creare una conoscenza integrata al fine di informare settori quali biologia e modellizzazione degli ecosistemi marini. Diversi strumenti di bioinformatica sono stati sviluppati e testati. Questi hanno incluso il sistema database 3DM, il quale ha utilizzato flussi di lavoro dedicati per previsioni computazionali in quanto a selettività dei substrati relativi agli enzimi. Un nuovo strumento ha utilizzato reti di co-occorrenza per determinare le ipotetiche funzioni dei geni sconosciuti, trovati nei microbi marini. Tutto ciò, in combinazione a un selezionatore ultra-veloce di cluster genici biosintetici, è stato utilizzato per generare target enzimatici rilevanti a livello biotecnologico, partendo dalla metagenomica. In aggiunta, il consorzio ha sviluppato accordi in fatto di proprietà intellettuale per la protezione e lo sviluppo di risorse genetiche microbiche precompetitive e il loro sfruttamento in applicazioni commerciali a elevato potenziale. Sono state condotte attività di promozione e formazione, nonché eventi OSD/MyOSD, con il fine di rendere accessibili i risultati del progetto e ottenere i preziosi feedback da parte degli utenti. Il progetto MICRO B3 ha contribuito a superare gli attuali ostacoli in ambito di ricerca sulla biodiversità marina e biotecnologia blu, permettendo a scienziati marini e sviluppatori di biotecnologia di unire le forze con esperti di politica giuridica e comunicazione, per lavorare insieme in modo integrato e raggiungere i massimi risultati.
Parole chiave
Genomi, metagenomi, MICRO B3, biodiversità, bioinformatica, biotecnologia, Ocean Sampling days, accordi sulla proprietà intellettuale